李鸿章指挥淮军镇压了捻军，用贫苦人民的鲜血换得了太子太保、协办大学士的头衔，按常理，似应感到欣慰，但事实上恰恰相反。他具有丰富的政治经验和历史知识，懂得以慈禧为首的清廷对于自己是既倚重又压制，随着捻军的溃败和淮军的势盛，必将加剧自己同清廷的紧张关系。清廷把直隶和两江这两个关系南北大局的总督桂冠，分别授予“剿捻败将”曾 国藩和“威望过轻”的马新贻（字谷山），谕令自诩为“剿捻功臣”的李鸿章来京陛见，并催促因“剿捻”而进入近畿的淮军撤回黄河以南。凡此种种，使李鸿章切实感到清廷疑忌之深和自身处境之险，因而决意仿效湘军攻陷天京后曾国藩的做法，裁兵自敛，持盈保泰。他一面奏请陆续裁撤淮军；一面向朋僚表露“撤军归农”之意。他致函马新贻说：
弟为养此军，平中原之贼，而冒中外之不韪，吴人之怨，今幸句当已了，撤军归农是吾素志，此后扁舟垂钓，不复与闻军事，可告无罪。或谓宜留骁健，以备后患，滌相亦请留二万余人，未知主人翁能不惮烦否？所谓“撤军归农”云云，实际上是李鸿章对清廷玩弄的一种以退为进的策略，他既想保留淮军精锐，又欲巩固已有权势，并没有放弃军权、退隐山林之意。后来他致函挚友郭嵩焘说：“鸿章于捻平时，亦欲抽身，踌躇四顾，无可与言，姑就疆事，与为委蛇。”
1868 年 10 月 5 日李鸿章抵京入觐。他在北京逗留将近一月， 首次拜谒慈禧和同治，被赐予紫禁城内骑马如仪。他还访亲问友， 会见军机大臣奕䜣、文祥、宝等权贵。他向当轴陈述了自己对国事的看法，进言“军国以一事权为要”，并推崇郭嵩焘“通达夷务治体”，“请召用京秩为宜”。他还进一步了解了清廷核心人物的心态及其对淮军和曾国藩的意向。他致函丁宝桢说：“内意虑左帅难了西事，欲留敝军以作后劲”。他通报曾国藩说：“侧闻天语，留待撤军议定再行北上。枢廷自恭邸以次，皆属鸿章赴金陵劝驾，并商筹善后各事。……内意必欲吾师坐镇畿疆，入都后必有不可中止之势，望预为筹备。”从这些信件中可以看出，清廷决意让曾国藩议定撤军事宜，然后移督直隶，并令李鸿章保留部分淮军，以备“助左平回”。11 月 1 日李鸿章出京南下，沿途照料各营，直至 12 月 9 日始抵南京，曾国藩亲自出城迎接。李鸿章与曾国藩、马新贻会筹淮军撤留事宜，决定裁遣马步 50 营，藉以缓解清廷疑忌：并以“中原甫定，南北尚有伏莽，百战劲旅必须酌留镇压”为由，奏请保留 75 营，其中铭军 20 余营留防直鲁交界，以备曾国藩履任后调遣，庆、勋两军 20 余营驻防江苏，交马新贻调遣；自带郭松林武毅军、周盛传盛军和亲军枪炮队等 19 营赴鄂，以资钤制。后因潘鼎新回任山东藩司，留鼎军 7 营分防鲁境。经过“剿捻”战役，淮军防区从江苏一省而扩展至苏、鄂、直、鲁四省。直、鲁为畿辅重地，苏、鄂为财富之区。淮军酌留精锐 3万，并获得优厚地理条件，从而为李鸿章淮系政治势力的膨胀奠定了基础。
南京会商之后，曾国藩启程北上，就任直督；李鸿章始则返乡省亲，继而于 1869 年 2 月抵达武昌，接任湖广总督。起初他因“诸务生疏”，“尘牍山积，殊形竭蹶”，甚至无暇给“四方旧好”“一通尺素”。后来他更为淮军的衰败而焦虑不安。刘铭传、潘鼎新、郭松林及其所部，是淮军的主力。李鸿章说：“吾军惟三君为大枝，诸将以三君为最大且老也”。然而除郭松林外，刘、潘二人却相继辞官，刘氏拒赴直隶提督之任，潘氏不愿奉旨赴左宗棠军营差遣。李鸿章致函曾国藩说：“近来淮将暮气颇深，纷纷乞退，鸿章忝窃虚誉，每惧兵事不得脱身，旧部日渐零落，势难再兴，致负期许。”
正当淮将纷纷乞退之际，李鸿章奉命入川查办四川总督吴棠被参案。云贵总督刘嶽昭参幼吴棠赴任扰索、收受属员规礼、卖缺卖差、调济私人、收受滇抚差官馈贻。孪鸿章深知吴棠“圣眷颇隆”，查办“殊难下手”，因而始则磨磨蹭蹭，6 月 29 日接到命令，8 月 9 日从武昌动身，10 月 22 日才抵达成都；继而草率结案，11 月 6 日就奏上《查复吴棠参案折》，说所参各节，均属空言，在籍绅士僉称吴棠善政宜民。李鸿章曲意包庇吴棠，正中慈禧下怀，致使被告蒙混过关，而原告却受到申斥处分。
1870 年 2 月，李鸿章回到武昌不久，便奉旨督办贵州军务，镇压苗民起义，由李瀚章署理湖广总督。李鸿章对清廷的决策，十分反感，分别致函潘鼎新、曾国藩大发牢骚：“昨奉旨驰赴贵州，督办军务，但令整顿川湘援黔各军，酌调旧部，并未拨给何处实饷。甘军岁得饷九百万，鄙人南征无足重轻之地，乃可不名一钱耶？”“军兴二十年，尚不知兵饷为何事，若只身前往即可了贼者。”他上奏清廷，强调饷事、地势军情、采办转运困难，不宜贸然前往，恳请“勿责速效”，表示“俟李瀚章到鄂交替，并后路筹有规模，即行启程，由湘赴黔”。
正当李鸿章故作迟迴之际，陕西形势发生突变，回民义军击毙湘军悍将刘松山，挺进陕西榆绥延各属，大有同当地所谓“土匪溃勇”联合抗清之势。3 月中旬清廷决定移缓就急，饬令李鸿章挥师援陕。其实，李鸿章既不愿“南征”，也不愿“北指”。如果说，他不愿“南征”，主要是因为视贵州为“无足重轻之地”，那么他不愿“北指”，就主要是左宗棠的缘故了。左、李各争雄长，左宗棠把西北视作禁脔，以镇压回民义军为己任，对于李鸿章之来，“颇涉惊疑”，而李鸿章也不愿跟左宗棠共事，入陕“即觉味如嚼蜡”。李鸿章对待援陕之命，犹如援黔一样，采取了拖延战术，直至 7 月下旬才到达西安，并且声称“愿借防秦养拙，作壁上观耳”。李鸿章到达西安仅仅七天，就接到“酌带各军剋日起程驰赴近畿一带相机驻扎”的密谕，如猿得芋，匆促成行，表示“在陕本为赘疣，藉此销差，氓然无迹，壹意驱车渡河”。8月末李鸿章在获鹿县行次，接到调补直隶总督的上谕，“当即恭设香案望阙叩头谢恩”。至此，李鸿章结束了在湖广的任职。
李鸿章移督直隶，同两个偶发事件有关。1870 年 6 月 21 日天津发生了火烧望海楼教堂、殴毙法国领事丰大业等人的教案。奉命查办的直隶总督曾国藩“谤议丛积”，旧病复发。天津教案尚未了结，江南又起波澜。8 月 22日两江总督马新贻被张文祥刺杀， 震动朝野。此事与裁撤之湘军有关。面对如此严重的“内忧外患”，清廷不得不借重李鸿章及其淮军。清廷起初是让李鸿章移师入直，预防法国水师侵扰；继而调李鸿章为直隶总督，以代替调任两江总督的曾国藩，而湖广总督一缺，则令李瀚章调补。这次人事变动，标志着在清朝的政治天平上，李鸿章压倒了曾国藩。清廷让曾国藩从直隶移督两江，显然是为了推卸天津教案办理不善之责和借助其威望镇抚“江表疆，东南财赋”。曾国藩辞让不就，李鸿章致函劝慰：“谷山近事奇绝，亦向来所无。两江理大物博，断非师门莫办。”“若七年秋不妄更动，或谷山僻在海滨，竟免斯厄。每读负乘致寇之语，不禁瞿然。江介伏莽最多，非极威重，不足销无形之隐慝也。”在这里，李鸿章公然把曾国藩、马新贻的厄运，统统归咎于 1868 年清廷人事安排的失误，倾吐了长期郁积于心头的不满情绪。
清屯令李鸿章受代畿篆，意甚深远。畿辅为首善之区，清朝统治中心。直隶总督系疆臣之首，肩负拱卫京师、就近顾问之责。清廷让李鸿章移督直隶，首先是想借重由他控制的淮军。
1868 年清廷曾因重视练军，不愿勇营参与畿辅防务，而谕令淮军移撤黄河以南。当时让曾国藩移督直隶的目的之一，就是借重其经验，整顿练军。直隶练军，始建于 1863 年直隶总督刘长佑。他用湘军营制办法改造绿营兵勇，使之从绿营营汛中独立出来，单独成军。共设 6 军，每 5 营为 1 军，军有统领，下设文武翼长。
每营 500 人，6 军共 15000 人。直隶练军虽经曾国藩进一步用湘军勇营的治军精神加以改造，取得了一些成效，但仍无力单独保护畿辅。而湘军早已衰败，曾国藩督直时并没有嫡系武装以作后盾，只得依恃淮系铭军，摆脱“孤立无助”的困境。淮军装备和操练的近代化程度，超越所有清军而独占鳖头，是当时最精锐的部队。清廷环顾左右，认识到要确保京师安全，只有借重淮军。李鸿章不仅是淮军的统帅，而且具备外交的经验和才能。正如工部尚书毛昶熙所说：李鸿章“昔在江南，曾能驱策洋将，使为我用。知己知彼，成竹在胸”。清廷以李代曾总督直隶，就是企图依靠李鸿章及其淮军安内攘外，防患固本。李鸿章深知清廷用意，也就更加“赤胆忠心保皇朝”了。他上疏“恭谢天恩”，并陈述施政方略。他说：兹蒙简命，调任畿疆，值海防吃紧之秋，正臣职难宽之日。惟畿辅要区，为皇都拱卫，根本大计，纲纪攸关，稍存瞻顾之心，即昧公忠之义。现在津案未结，河工待修，凡柔远能迩、练军、保民诸事，皆当规划闳远，非老成硕望如曾国藩不足以资镇抚。特以江表疆，东南财赋，亟须得人而治。臣虽梼昧，何敢畏难诿卸，上负圣明。惟有勉竭愚忱， 一守曾国藩旧章，实力讲求，倍矢兢惕，以图报称而慰宸廑。
在这里，李鸿章表示决心信守“公忠之义”，遵循曾国藩“旧章”，兢兢业业地作好外交、练兵、保民等各项工作，以报答清廷知遇之恩。
9 月 20 日李鸿章到达天津。30 日从曾国藩手中接受直隶总督关防印信，从此开始了历时二十五年的直隶总督生涯。
李鸿章上任不久，直隶总督的权势就有所扩大。10 月 10 日工部尚书毛昶熙呈递请撤三口通商大巨条陈一折，认为办理外交通商事务大臣，脱离本省督抚而设专职，“有绥靖地方之责，无统辖文武之权”，地方官往往“坐视成败”，不肯相助，以致发生严重问题，因而奏请撤销三口通商大臣，所有洋务海防各事宜，著归直隶总督经管，一如南洋通商大臣之例。奕䜣等总署大臣遵旨议复，支持毛氏建议。11 月 12 日上谕称：
总理各国事务衙门奏，遵议毛昶熙请撤三口通商大臣条陈一折，洋务海防，本直隶总督应办之事。前因东豫各省匪纵未靖，总督远驻保定兼顾为难，特设三口通商大臣，驻津筹办，系属因时制宜。而现在情形，则天津洋务海防，较之保定省防，关系尤重，必须专归总督一手经理，以免推诿而责专成。著照所议，三口通商大臣一缺，即行裁撤，所有洋务海防事宜，著归直隶总督经营，照南洋通商大臣之例，颁给钦差大臣关防，以昭信守。其山东登莱青道所管之东海关、奉天奉锡道所管之牛庄关，均归该大臣统辖。通商大臣业已裁撤，总督自当长驻津郡，就近弹压，呼应较灵。并著照所议，将通商大臣衙署，改为直隶总督行馆。每年于海口春融开冻后，移驻天津，至冬令封河，再回省城，如天津遇有要件，亦不必拘定封河回省之制。
这次“改定章程”，既解决了直隶总督和三口通商大臣各自为政、互相掣肘的矛盾，使李鸿章身兼二职、“权一而责巨”；又解决了“省防”和“洋务海防”的战略地位问题，使李鸿章的工作重心，从传统的“保定省防”转向“天津洋务海防”。清廷的决策，适应了国内外形垫的变化，有利于推进“洋务”活动和“海防”建设，防患固本。
对于清廷此次“变计”，李鸿章一则以喜，一则以忧。忧在“事烦责重，深虞丛脞贻误”。他致函曾国藩，倾述“惴惧”之情：
通商海防各事归并，权一而责巨，鸿章才力实不克胜， 兼之内无代理笺奏之人，外无堪寄兵政之选。津保分驻，必误地方，且亦疲于奔命。至三口陵夷已久，振刷为难。思之万分惴惧，丛傍负咎在指顾间。尚求随时教掖之。当然，忧虑并非主要倾向。李鸿章清醒地认识到出任内受清廷依寄、外而表率督抚的直隶总督、北洋大臣要职，地位提高了，权势增强了，因而兴奋不已，特地向李鹤章表示“兄以深沐皇恩，遇事必再三慎重。”他遵旨酌议应办事宜，认为“天下大势，首重畿辅”，清廷此次“变计”，“询属未雨绸缪之策”。目前最急者，须先添设津海关道一缺，专管中外交涉事件及新、钞两关税务，兼充直隶总督海防行营翼长。至于选将、练兵、筹备海防一节，“尤为目今要务”。畿辅重地，形势严峻，“外人窥伺，内匪窃发，刻刻堪虞”，而绿营官兵腐败不堪，从中挑选加饷操练，“外貌即似整齐，实恐难当大敌”。因此，他一面奏调淮军“为拱卫畿捕之师”，一面整饬练军，装备近代枪炮，增加洋枪教官，努力提高其战斗力。平时以淮军守卫海口，练军镇守内地要冲，一旦外敌入侵，练军也被调往沿海助战。
李鸿章深知“备位近畿”，必得“要路之助”，方能立足。然而，他环顾左右，触绪增悲。他师事近卅年、“患难相依最久，艰难时局赖共支持”的曾国藩，不幸于 1872 年 3 月突然病逝，这使他“忧悸欲绝”，“夜阑依斗，辄用愀然”。此时此刻，他只能表示继承乃师衣钵，使“薪尽火传”，却再也得不到“仙逝”者的余荫了。他原先所赖以疏通慈禧的奕䜣，也江河日下，“晃荡不能立足”。慈禧对奕䜣采取两面政策，既让他主持“权而要”的军机处和总理衙门，又利用顽固派奕譞、李鸿藻牵制他。奕譞是道光第七子，奕䜣异母兄弟，慈禧妹夫，1851 年封为醇郡王，1872 年晋封醇亲王。慈禧把他拉过来，使之由奕䜣的支持者变为反对者。奕譞“疾其兄之专权，久有眈眈之意”。李鸿藻（直隶高阳人，字寄云，号兰孙），咸丰进士，1861 年诏为太子载淳师傅，1864 年摧内阁学士，署户部尚书。慈禧于 1865 年底把他派入军机处，使之同奕䜣唱反调。奕䜣“当国，阴行肃顺政策，亲用汉臣”，李鸿章“尤所倚赖”。然而，奕譞、李鸿藻却秉承慈禧意旨，抑制奕䜣及其所“倚赖”的李鸿章。1875 年 1 月同治载淳病死，慈禧为了继续垂帘听政，独揽大权，强寥譞之子、年仅四岁的载湉为帝，改元光绪。奕譞“挟太上之尊，树用私人，结党相倾，恭王之势渐孤”。李鸿藻也依仗军机大臣的职权和门生故旧众多的条件，“引荐端士”，把大批新进的御史、翰林聚结在自己周围，壮大声势。这些人自视甚高，大胆敢言，议论风发，专事搏击，号称“清流”，有“四谏”、“十朋”等名称。其中张之洞、张佩纶尤为李鸿藻所器重。张之洞（字孝达，号香涛，晚号抱冰，同治进士）历任翰林院侍讲学土、内阁学士等职。张佩纶（字幼樵，又字篑斋，同治进士）历任侍讲、署都察院左副都御史等职。他们都是直隶人，李鸿藻籍隶高阳，张之洞祖籍南皮，张佩纶家乡丰润，固结门户，相互利用。时人有云：“二张一李，内外唱和，张则挟李以为重，李则饵张以为用，窥探朝旨，广结党援”，“排斥异己”，主张整饬纪纲，反对列强侵凌，但对“师夷长技”则因人而异。清流派的崛起，并不是清政府允许议政的表现，清流派成员也绝不是真能改革朝政、抵抗侵略、打倒权贵的勇士。相反地，清流派是从封建统治阶级内部洋务派与顽固派、湘系集团和淮系集团斗争的夹缝里钻出来的一种舆论力量，实质上是清朝统治者面临危机时进行调节的工具，是掌握最高统治权的慈禧操纵不同政治派系力量天平上的砝码，而其主要倾向则是暗中放任“清流”议论时政，当作“公论”、“清议”来牵制奕䜣、李鸿章等洋务派。因而在同光之际，针对奕䜣、李鸿章的政朝迭起。
1872 年御史李宏谟奏请直隶添设巡抚。11 月 28 日邸钞刊登上谕说：“御史李宏谟奏直隶政务日烦请添设巡抚一折，著军机大臣会同该部议奏”。按清制，早在乾隆二十八年就裁撤了直隶巡抚，巡抚事务由总督兼任。李鸿章就任直督兼北洋大臣刚刚两年，李宏谟就奏请直隶添设巡抚，显然意在削弱李之权势，牵制李之作为。敏感的李鸿章，一眼就看穿了个中奥秘。他致函友人， 大发牢骚：
直省添设巡抚，言者三条，细按均未著实。吏治须藩臬帮助，巡抚只多一办例稿之人，即多一意见掣肘之人。军务本总督专责，巡抚无兵亦不知兵，从何策应？河工虽钦差大臣防护，亦不能不溃决。京官不识外事，偏又喜谈外事，言之娓娓动听，丝毫不关要害。若为复设三口游说，更为诡诈难测，官民皆穷，万万供养不起。曾文正于归并通商时，曾力持不可添巡抚之议。不料旧话重提，新样大翻，潞公识虑迥超庸众，谅能主持一切。鸿章私幸议准，即常驻津门，作一局中闲人，进退绰有余裕矣。所谓“私幸议准”，“作一局中闲人”，并非由衷之言，其本意是维持现状，大权独揽。遵旨会同等议的军机大臣文祥和吏部意见相左，吏部有意批准，文祥坚决反对。文祥是奕䜣的主要帮手，被李鸿章誉为“旗人中麟凤”。1873 年 7 月末李鸿章在写给沈葆桢的信中透露：“添设保定巡抚之议，闻系旁人觊觎添缺，遂不顾事理之当否。吏部尚欲准行，经枢垣文相力持不可，似专为迁就敝人者。其实有两京兆分管二十四州县，热河都统分管承德府，直省何曾仅止一督？郭筠仙尝谓督抚同城，为我朝弊政，与尊论同，非久为历练者无此卓识也。”
直隶添设巡抚之事刚刚结束，重修圆明园问题又成为政争的中心。圆明园位于北京西郊，是清朝皇帝的一座别宫，规模宏伟，景色秀丽。1860 年圆明园被英法联军烧毁后，慈禧少了一个寻欢作乐的场所，一直悒悒于心。1873年 8 月慈禧就用亲政只有半年的同治的名义下令重修圆明园，说是以示皇帝对皇太后的“孝养”之意，其实是慈禧企图重圆奢侈豪华的旧梦。当时清王朝刚刚从农民反抗风暴中挣扎过来，百孔千疮，“民穷已极”，“伏莽遍天下”，“国家要害尽为西夷盘踞”。形势严峻，不该也无力修复如许豪华的名园，要修就势必搜刮人民的脂膏和大小官吏的钱袋，此实乃致乱之道。御史沈淮、游百川首先抗疏反对，接着奕䜣出头拦阻。但慈禧一意孤行，照修不误。李鸿章慨叹不已，声称“四方甫定，而土木游观之工，纷然并举，民力几何，徒增忧喟”。他抓住李光昭报效园工木料结讼之事大作文章，支持奕䜣等人的抗争。原来慈禧派了一个候补知府李光昭向法、美商人购买洋木，以供修复圆明园之用。李光昭财迷心窍，所购洋木值银 5 万余元，但却虚报为 30 万两。法、美两国奸商也存心欺蒙，运来一堆朽木烂材。李光昭认为洋商违背合同规定，不肯给价收货。洋商跑到北洋大臣衙门控告李光昭不履行合同义务，并举出合同内有“圆明园李监督代大清皇帝立约”字句，一口咬定李光昭是太后和皇帝的代表。1874 年 8 月 14 日李鸿章上疏把这场官司和盘托出，请示清廷处理办法。慈禧和同治尴尬万分，只得拿李光昭开刀，说他“欺罔朝廷，不法已极”，著“即行革职，交李鸿章严行审究，照例惩办”。李光昭后被定为斩监候，秋后处死。慈禧原以为这场风波就此可以平息了，殊不料御史陈彝、孙凤翔纷纷上疏追究主持圆明园工程的内务府大臣欺蒙之责。慈禧无奈，只得将总管内务府大臣崇纶、明善、春佑革职留任，并于 9月 9 日下令停止圆明园工程，酌量修理三海。当然，慈禧决不会善罢甘休，她为自己美梦的破灭而怨恨，在下令停止圆明园工程的第二天，就用皇帝名义，以召对时“语言之间诸多失仪”的罪名，惩办奕䜣父子，“革去[奕䜣]亲王世袭罔替，降为郡王，仍在军机大臣上行走，并载澂革去贝勒郡王衔，以示惩儆。”然而仅仅过了一夜，同治又奉慈禧懿旨赏还了奕䜣父子的爵秩。慈禧简直把奕䜣玩于股掌之上，谴责之以示威，开复之以示恩，致使王公大臣以下敬畏有加。
光绪初年，在政坛上又发生了“扬左抑李”、“暗倾恭邸”的事件。1880年清流要角、御史邓承修上呈《时局艰危请饬调辅巨入赞枢密折》，指责以奕䜣为首的军机大臣泄沓失职，建议饬调远在新疆、“志虑忠纯”的左宗棠进京，“委以军国之大柄，使之内修政事，外揽兵权”。他声称“当今要务，莫逾于此。”奕䜣也“认为左胜于李”，主张让左“入赞纶扉”。在奕䜣和清流派看来，左宗棠作为湘系的一个领袖，同淮系首领李鸿章积嫌甚深，加之手握重兵，名动公卿，对外“锋颖廪廪向敌”，召之进京，既有利于应付因伊犁交涉而激化了的中俄矛盾，又能借助之以牵制或代替李鸿章和奕䜣。所以有人说：“至持清议诸臣以外交事素不惬鸿章所为，知宗棠持议与鸿章左，益扬左以抑李”。左之入京，“明代沈相，暗倾恭邸，其势其焰，几于桓温。”沈相指军机大臣沈桂芬，时因病故而出缺。1881 年 2 月左宗棠被任命为军机大臣、总理衙门大臣、管理兵部事务。走马上任的左宗棠立意说服清廷“从新鼓铸，一振积弱之势”。他提出了“河道必当修、洋药必当断、洋务必当振作”的施政纲领，并力图付诸实施。然而，事与愿违，“成例具在，丝毫难于展布”，“有所建白，亦为同僚所尼，多中掇。”责之专而掣其肘的，内有奕䜣，外有李鸿章。与奕䜣最为接近的宝鋆辱骂左宗棠为“一团茅草”。其他一些官僚也秉承奕䜣意旨，“群相侮弄之”。坐镇北洋的李鸿章考虑到左氏入值枢垣、总署，“彼此商议事件甚多，不容稍有隔膜”，于是强作笑颜，主动写信“略叙契阔”，并多次晤谈，装出一副与之和衷辅政的样子。但在暗地里却贬斥有加。他说左氏内召，“中朝赞襄未必有益”。“左相精力甚健，于枢廷政务、各省情形不甚了澈， 所建练旗兵、借洋债、兴畿辅水利、加洋药税厘诸议，似属救时要政，却近老生常谈，恐有格于时势不能尽行之处。”由于左宗棠在军国大政上甚少作为，加之官僚习气和傲慢作风，致使原来推重左氏的奕䜣和某些清浪要员也大失所望。奕䜣“见其衰惫，不免爽然”。张佩纶、张之洞则指诸左宗棠“浮夸”，“行径粗率，任性自便”。左氏发觉自己陷入困境，致函友人说：“前之集矢合肥（李鸿章）者，今又以弟为众射之的矣。”他清醒地认识到在中枢实难立足，因而屡疏乞退。1881 年 10 月 28 日清童受左宗棠两江总督兼南洋大臣。左宗棠在政坛角逐中的失败，自然使奕䜣、李鸿章弹冠相庆。李鸿章攻击左宗棠“近名而多意气，政府同事靡不深知。”“左相威望才略，自以外任为宜。近因年高，精神似稍散漫。”“不但无鞭挞四夷之心，抑且无经营海上之志，外强中干，概可知也。”
同光之际，李鸿章在“实力足可除清廷自立有余”时，仍“勤勤恳恳服侍皇室，决不另有他图”！但是对于慈禧∪䜣的掣肘裁抑却颇为不满，曾一度寄希望于光绪亲政：“但冀因循敷衍十数年，以待嗣皇亲政，未知能否支持，不生他变。焦悚莫名。”
李鸿章对“言路纷庞，风波迭起”，也颇为“寒心”，抨击“清议之祸，与明季如出一辙”。他认为那些大言炎炎的清流要角，如张之洞、张佩纶、黄体芳、宝廷等，“皆鲠直敢言，雅负时望，然阅历太少，自命太高。局外执人长短，与局中任事者不同，恐鹜虚名而鲜实际”。他既深恶“清议”，又“忧谗畏讥”，因而不惜以利禄笼络清流魁首，尤其注意结纳张佩纶、吴大澂。张佩纶的父亲张印塘，督兵抗拒太平军和捻军，官至安徽按察使，孪鸿章回皖督办团练，与之成为患难之交，后印塘死在浙江，李鸿章资助佩纶盘灵回籍。张佩纶才华横溢，并与军机大臣李鸿藻有师生之谊。1879 年李鸿章曾通过张裕钊邀请张佩纶入幕，并因其母病故助以白银千两为营葬之需。张佩纶丁忧期间，李鸿章邀其“来幕襄助，亦冀其练习时事，他日可不仅托之空言。”张佩纶在天津督署结识了“在外国读书八年”的曾傅和洋务思想家薛福成，同李鸿章谈论了海军、铁路等问题，并参观了天津海防设施，因而眼界大开，张氏丁忧期满返京复职以后，还与李鸿章函牍往还，通报“当轴消息”，并对李氏举措多有劝谏。当时外间有李氏“因彼增重”的讥弹，李鸿章极力辩解，说“幼樵人甚伉直，所言未必能尽行，若谓敝处因彼增重，乃朋党之论，吾亦阅人阅世多矣。”李鸿章除结纳张佩纶外，还设法笼络吴大澂。吴大澂（江苏吴县人，字清卿，号恒轩，又号愙斋）是同治进士，授翰林院编修。先为其同乡前辈潘祖荫的门客，其后又巴结奕譞。李鸿章知其底蕴，假以词色。翰林清苦，皆思外放。1877 年李鸿章奏调吴大澂赴津会办赈务。翌年吴大澂赈毕返京，经李鸿章论荐堪任监司，蒙恩召对，“奉旨以道员发往山西交曾（国荃）差遣委用”，旋授河南河北道。吴大澂以七品编修一跃而为三品道员，同李鸿章的扶持是分不开的。”
李鸿章同慈禧∪譞和清流派的关系，直到“甲申易枢”以后才发生重大变化。
1883 年由于法国侵略越南，中法关系日趋紧张。以奕䜣为首的军机处面对法国侵略，态度软弱，步调纷乱，遭到御史言宫的强烈谴责。是年 7 月慈禧指派奕譞“会商越南事宜”，直接插手军机处工作，成为恭、醇两王内廷势力消长的先声。12 月中法战争爆发，清军节节败退。翌年 4 月盛昱上了一份《疆事败坏请将军机大臣交部严议》的奏折，意在促使奕䜣等振作精神，力图补救。但慈禧却借机黜退奕䜣，撤去他的一切职务，强迫“家居养疾”，并全部改组军机处，以礼亲王世锋等为军机大臣；随即命令“军机处遇重要事会同醇亲王商榷行之”，并以乾隆帝第 17 子永璘之孙、庆郡王奕劻主持总理衙门。这次军机大臣全班撤换，是慈禧和奕譞合谋发动的罢斥奕䜣的政变，从而结束了太后垂帘与亲王辅政相制约的局面，使慈禧大权独揽。奕䜣虽然极为不满，但又无可奈何。奕䜣等被逐出军机处后，新的军机处领班大臣世锋无权，而掌权的奕譞又不参加军机处议事，于是奕譞便通过他的心腹、工部侍郎孙毓汶处理军机处各项重大事件。时人评论新旧军机处是“易中驷以驽产，代芦服以柴胡”。慈禧∪譞在利用“清议”罢斥奕䜣之后，认为那些专事搏击、好为大言的清流派已经没有什么价值了，加之随着李鸿藻退出军机处，清流派也失去了存在的凭藉。慈禧∪譞便通过孙毓汶设法把一些头角峥嵘的清流派首要，派到地方去担任军职，“使书生典戎，以速其败”，因而有陈宝琛、吴大澂分任南北洋会办大臣、张佩纶出任福建海疆会办大臣之举，并对“言事诸臣”横加整治，使之俯首贴耳。
“甲申易枢”犹如“晴天霹雳，不及掩耳”，弄得人心惶惶。李鸿章致函新任总署大臣许庚身说：“内外局势屡变，皆出人意料之外。赖公等持危扶颠，戟济艰巨。弟虽谤满天下，他日或犹得为山野之幸民也。”李鸿章希冀成为“幸民”获得全终，但有人却想把他变为“刀下鬼”。是年 5 月翰林院编修梁鼎芬弹劫李鸿章有六可杀之罪。慈禧∪譞没有象罢斥奕䜣那样惩处李鸿章，反而以“莠言乱政”的罪名，将梁鼎芬革职了事。这种结局主要是由于李鸿章控制着清军精锐和奕譞向洋务派转化而推行奕䜣政策所致。慈禧∪譞对李鸿章及其淮系集团仍然采取既倚重又牵制的两面政策，奕譞对军机大臣说：“湘淮素不相能，朝廷驾驭人才正要如此。似宜留双峰插云之势，庶收二难竟爽之功。否则偏重之迹一著，居奇之弊丛生。”李鸿章面对奕䜣倒台∪譞“阴握朝纲”的现实，决定趋承慈禧，逢迎奕譞，“以为固宠求容之地”。
据时人记载：奕譞“当国十余年，所设施者有三大政，增加旗饷以固本也；兴办园工以希宠也；大练海军以强国也。”李鸿章对奕譞的“三大政”，除了“增加旗饷以固本”一项，稍有异议，认为“一时必办不到”外，对“兴办园工”、“大练海军”二项都是支持的，当两者发生矛盾时，李鸿章为了“献媚宫闱”，甚至不惜挪用海军经费为慈禧修建颐和园。时人说这种宁肯损害国防建设以博取一人欢心的勾当，“在内醇亲王主之，在外李鸿章主之”。与此同时，李鸿章对慈禧听政的态度也发生了明显变化。1886 年慈禧假意宣布明年由光绪亲政。原来希望因循敷衍数年“以待嗣皇亲政”的李鸿章，却一改常态，“徙殷杞抱”，担心朝局有变，尤恐慈禧撤帘导致奕譞“引嫌辞逊”，使洋务无人主持，自己失去靠山，因而建议奕譞采取“权宜尽善之方”。奕譞心领神会，恳请慈禧从缓归政或改为训政。慈禧始则忸怩作态，继而“懿旨俯允训政数年”。这样，慈禧就以训政为名，仍旧垂帘听政；奕譞也仍“以尊亲参机密”，揽权干政。李鸿章致函奕譞祝贺：“伏读（六月）十八日懿旨一道，慨允训政数年，非殿下回天之力，不能有此转圜，远近臣民，额手交庆。鸿章私衷忭慰，更不待言。”奕譞没有辜负李鸿章的期望，“弹压浮议，修饬武备，独具心力，他人所难”。李鸿章与奕譞的交谊也日深且密。他和其兄瀚章有时进京就住在醇王府，备受奕譞优礼。李鸿章自从就任直隶总督兼北洋大臣以后，在仕途上尽管时有波折，但总的趋势却是扶摇直上的。1872 年诏授武英殿大学士， 仍留直督任。1875年晋封文华殿大学士。文华殿大学土位居大学士之首，相当于首席阁揆。这一要缺向为满人专利品，李鸿章以汉员而得补授，实为破例之举。1875 年受命督办北洋海防事宜， 所有分洋、分任练军、设局及招致海岛华人诸议，统归筹办。
1894 年又赏戴三眼花翎，李鸿章受宠若惊，声称此“实为异数殊恩”。在他看来，清代“定制三眼花翎为贝子、额驸冠饰”，前此获此殊荣的只有三、四位满族大员，而“汉臣则未曾有”。正如时人所说：李鸿章“坐镇北洋，遥执朝政，凡内政外交，枢府常倚为主，在汉臣中权势为最巨。”赵烈文经过实地观察，发现这位“坐镇北洋，遥执朝政”的李鸿章，却“专务养尊处优，不为未然之计，而前后左右，无一骨鲠之士，佞谀者进，朴勤者退。”这使赵氏忧心忡忡，发出“当此海疆多事，隐忧甫切，奈之何哉，奈之何哉！”的哀叹。经元善也说李鸿章前半生建勋业，“后半截世故”，“未来之事不思，既往之事不追，当境付物”，随着年龄的增长，权蛰的恒赫，李鸿章的惰性、耽逸习气和虚荣心越来越“厉害。比如，由于疆吏贪渎，水利废弛，宜隶“年年饥荒，非旱则涝”。1871 年直隶暴雨成灾，河道决口，农田被淹。李鸿章虽然设法筹集了一批粮食和银两赈济灾区，但因杯水车薪，无补大局。就在这种“饥黎满目，生计毫无”的形势下，李鸿章竟然为自己举办了“铺张陈设为一时之盛”的祝寿大典。1872 年 2 月 13 日是李鸿章的 50 寿辰。一些文人墨客和亲朋好友纷纷致贺，有的做寿联，有的致颂辞，吹捧他“武功吏治与畿辅澹灾之政，人争道之”。李鸿章在保定接受属员、亲友“谒贺迎寿”，并且筑台演戏、大摆宴席，款待宾客。据目睹祝寿盛况的赵烈文说，当时总督衙门内外“烛爆如山，组绣成队”，宾客盈门，有时宾主仆从“无虑千人，人气如烟云，声如闷雷，目为之炫，耳为之震。”他感叹道：“噫！繁盛至于极矣。”这种穷奢极欲的情景和“饥民蔽野”的惨象形成鲜明对照。
