本书编纂的用意，重点在于对佛典翻译“沿波讨源”，所以将全书分为四个部分：撰缘记，诠名录，总经序，述列传。正如僧祐自己所说：“缘记撰则原始之本克昭，名录诠则年代之目不坠，经序总则胜集之时足征，列传述则伊人之风可见。”只有从四个方面来看佛典翻译，译经的源流才能一目了然。四个部分的内容，大致如下：

一、卷一为撰缘记，记述佛典结集和翻译的起源。首先引《大智度论》、《十诵律》、《菩萨处胎经》等经律论，叙述佛典结集的缘起、经过及八藏的名称，其次论胡汉译经音义的同异，最后列举新旧译重要名相的不同。撰缘记相当于普通目录的辑略或总序。

二、卷二至卷五为诠名录，这可以说是全书的主体部分。从汉至梁六代四百多年之间译出和撰集的一切佛典，不管有无译者姓氏，一一搜罗归纳为十五录。每录之前有小序，略述该录源流。因对其所依据的《综理众经目录》有所增订，一律称为“新集”，其具体名录如下：

1、新集撰出经律论录。在《综理众经目录》的基础上加以扩大和补充，是以朝代为次序，按译者编排的译经目录。《综理众经目录》自后汉安世高至西晋末法立，共著录十七人（其中误以竺法护和昙摩罗刹为二人，所以实际只有十六人）。僧祐对于这些译本，都参照其他经录，注出异同存缺。另外于法立以前补出张骞等七人，法立以后补出卫士度等五十五人。僧祐对这一部分用力甚勤，使得六代译经的内容粗具规模。从学术研究的角度来看，这是最为重要的一类。

2、新集条解异出经录。收录有译者姓氏、同一种佛经的不同译本。异出经即同本异译的佛经。

3、新集表序四部律录。智升的《开元释教录》卷十云此录“卷中无”，可知此录至迟在唐开元年间已佚，其中内容已无从知晓。

4、新集安公古异经录。收录《综理众经目录》中所集早期译出且已散失不全的佛典残篇。

5、新集安公失译经录。收录《综理众经目录》中所集的译者姓名不详的佛典。《综理众经目录》原列有一百三十四种，但经名简略，未列卷数。僧祐均加以整理，注出异名、出据、存缺，厘定为一百三十一种，又从《综理众经目录》注经末移来十一种。

6、新集安公凉土异经录。转录《综理众经目录》中遗失译者姓名、流传于甘肃黄河以西地区的佛经。

7、新集安公关中异经录。转录《综理众经目录》中遗失译者姓名、流传于陕西关中地区的佛经。

8、新集律分为五部记录。记录佛陀涅盘后，优波离诵出律典，印度佛教律学分为五部的情况。

9、新集律分为十八部记录。记录五部律演变为十八部的过程。

10、新集律来汉地四部记录。记录《十诵律》、《四分律》、《僧祗律》、《五分律》在汉地的流传情况。

11、新集续撰失译杂经录。收录译者或传抄者不详的失译经和别生经。僧祐经过多年的搜集鉴定，共得一千三百余种。

12、新集抄经录。收录齐竟陵王萧子良等人摘要抄写的佛经。

13、新集安公疑经录。收录道安鉴定为伪托的佛经。

14、新集疑经伪撰杂录。收录僧祐考证出来的伪托佛经。

15、新集安公注经及杂经志录。收录道安的佛学著述，共二十四种。

以上十五录共收佛典二千一百六十二种，四千三百二十八卷（据《历代三宝纪》卷十五总计）。这比《综理众经目录》增加了一千五百余种，三千三百余卷。但他所搜罗到的佛典，侧重南方，因地区的限制，不免有所遗漏。

三、卷六至卷十二为总经序。卷六至卷十一辑录一些佛典的前序与后记，共一百一十篇，其中七十七篇未见于现存的佛典。辑录前序后记很有价值，这些序记实际上就是佛典提要，保存了许多可贵的资料，使后人知道译经的经过、内容、地点和时间。卷十二为“杂录”，收录陆澄的《法论》、齐竟陵王萧子良的《法集》以及僧祐的《释迦谱》、《世界记》等书的序文和篇目。这些书除《弘明集》外都已佚失，现在根据这些书的篇目即可略知其内容。

四、卷十三至卷十五为述列传，叙述历代译家和义解僧人的生平事略。前两卷记叙外国僧人如安世高等共二十二人；后一卷记叙中国僧人如法祖等共十人（附见者尚有多人）。这是现存最早的僧传，其史料多被宝唱《名僧传》、慧皎《高僧传》所采用。慧皎以后，各代僧传的叙述方法，大都因袭《出三藏记集》，只不过是略变其体例而已。

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