本书约有三分之一篇幅为解剖学内容，以其亲眼所见，辨认胸腹内脏器官，与古代解剖作比较，画出他自认为是正确的十三幅解剖图以改错。从一般的解剖形态结构及毗邻关系的大体描述论，王清任所改是十分准确的。他发现了颈总动脉、主动脉、腹腔静脉及全身血管之动静脉区分；描述了大网膜、小网膜、胰腺、胰管、胆总管、肝管、会厌及肝、胆、胃、肠、肾、膀胱等的形态和毗邻关系。这些是很有革新和进步意义的。但是，他对不少器官的命名和功能解释从现代医学观点看是错误的。例如将主要的动脉称为“气总管”、“气门”，并认为动脉内无血而有气，将主要静脉称为“荣总管”，认为血液及营养等靠它供应全身等等。

正是生理功能与解剖的新解释使王清任在活血化瘀理论及临床方面作出新的贡献。本书约有一半以上内容即为此而作。所创通窍活血汤、血府逐瘀汤、膈下逐瘀汤、补阳还五汤、少腹逐瘀汤等，分治五十余种瘀症及半身不遂、瘫痿、痹症及难产等，实发前人之未发，且多可在临床收到殊效。中医学活血化瘀理论的建立，本书实有肇化之功。此外，书中一再体现出不遵经、不崇古的革新创造精神。例如：他否定天花病因的“胎毒论”、否定“胎在子宫、分经轮养”之论，认为“抽风不是风”，是因气虚而血瘀。他接受“灵机记性不在心在脑”之新“脑髓说”，并作了自己的发挥。《医林改错》体现了中医学家革新的勇气，其错失之处，也是由于时代局限，不能亲自动手解剖以致未有精细观察和进行实验所致。

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