明代，人们在总结前人认识的基础上，并通过自己的观察和研究，在动植物形态和分类、动植物生活习性及其与环境的关系、微生物以及遗传变异等方面的生物学知识更加丰富，并有了进一步的发展。
第一节动植物形态和分类知识
明代的一些著作对许多植物形态的观察和描述是很细致和翔实的，其中以李时珍的贡献最为突出。如李时珍对牛膝的形态描述：“其苗方茎暴节，叶皆对生，颇似苋叶而长且尖■。秋月开花，作穗结子，状如小鼠负虫，有涩毛，皆贴茎倒生”1，突出了牛膝的特点。据此可知这里指的是怀牛膝。茺蔚（益母草），“其叶如艾叶而背青，一梗三叶，叶有尖歧（掌状三裂）。寸许一节，节节生穗，丛簇抱茎。四五月间，穗内开小花，红紫色，亦有微白色者。每萼内有细子四粒，粒大如同蒿子，有三棱，褐色”2，对茺蔚的叶、花、子的形状和颜色，作了细致的描述，尤其是把唇形科的轮伞花序清晰地勾画出来。又如在动物方面，明确地记载了石首鱼“弱骨细鳞，黄色如金。首有白石二枚（指头部有两块大耳石），莹洁如玉”1的形态特点。近代分类学上石首鱼科的命名，即源于此。关于啄木鸟“嘴如锥，长数寸，舌长于咮，其端有针刺，啄得蠹，以舌钩出食之”的描写也很形象和生动2，等等。关于一些珍贵毛皮兽类的记载，如貂：“色有三种：一白者曰银貂，一纯黑，一黯黄”，“貂产辽东外徼建州地（今辽宁、吉林等地）及朝鲜国”，又“凡狐貉亦产燕、齐、辽、汴诸道”3。可见当时对貂的种类、毛色和狐的产地等都有明确的认识。
明代在动植物分类上有较大突破者，也当属李时珍。他通过调查访问，采集标本，绘制成图，于1596年编成《本草纲目》。全书记载动植物一千六百多种，分植物界为五部三十类；分动物界为五部十八类。“部”相当分类学上的“纲”，“类”则相当于“目”。纲目分明，扬弃了传统本草学中的“三品”分类体系，而主要依据动植物的形态、习性、用途分类。这与现代分类阶元划分，是相当接近的。在《本草纲目》的一些目中，又将性状相近的种类排列在一起。例如，描述猩猩“人面人足，长发，头颜端正”；猕猴“手足如人，亦能竖行”4等等。这和现代灵长目分类特征相一致。可见《本草纲目》中反映的动植物分类系统是中国古代生物学史上一项重要成就。1李时珍：《本草纲目》草部卷十六，人民卫生出版社1977年版。本章所引《本草纲目》均用此版本，不再赘注。
2《本草纲目》草部卷十五。
1《本草纲目》鳞部卷四四。
2《本草纲目》禽部卷四九。
3宋应星：《天工开物》卷二《乃服》。
4《本草纲目》兽部卷五一。
第二节动植物习性及其与环境的关系
在明代人们更进一步和更深入地认识了动植物习性及其与环境的关系。
这些知识在本草和其他著作中得到了反映。李时珍《本草纲目》中有以植物生境来分类的例子。如在“草部”之下又分为山草、隰草、水草、石草。说明这些草类的分类，主要是依据其生境而分的。宋应星指出：“凡棉春种秋花，花先绽者逐日摘取，取不一时”1，正确地观察到棉具有开花结实期较长的习性，因此收花时期就不一致。李时珍提到，荆三棱“多生荒废陂池湿地”2，龙舌草“生南方池泽湖泊中”3，水萍“浮萍处处池泽止水中甚多”4等，说明他已很了解在不同的水分环境里生长着不同植物种类。此外，不同植物对阳光的需求也是不一样的。所以有阳生与阴生之分，如石南“生于石间向阳之处”5，半边莲“生阴湿塍堑边”6等。植物与环境的关系是多方面的，除水分、光照与植物有着密切的关系外，温度、地形高度对植物也都有重要影响，这在《本草纲目》等著作中也有不少明确的记述。
动物与环境的关系更为复杂，如每种动物都有一定的栖息环境。在明代已更多地观察和认识到动物对周围环境中的温度、光线等因素的反应。如兽毛有保温作用，许多动物的毛随着季节、温度的变化而变化。黄省曾在《兽经》里记载：兽类“春则毛盛，夏则毛稀少而革易，秋则更生而整理，冬则生而毛细，毛以自温焉”。李时珍写道，狐“日伏于穴，夜出窃食”1，貉“与獾同穴而异处，日伏夜出，捕食虫物”2，指出了狐、貉夜间捕食的习性。貂，“夷人夜伺树下，屏息悄声而射取之”3，指出了貂在夜间活动的习性。对蚕蛾交配产卵的情形也有非常正确的描述。如“雌者（蛾）伏而不动，雄者（蛾）两翅飞扑，遇雌即交。交一日半日方解，解脱之后，雄者中枯而死，雌者即时生卵”4。此外，当时人们对一些海产动物的生态习性也有不少翔实的观察和记载。徐光启还曾注意探讨一些昆虫的生活史。例如他对白蜡虫、蝗虫生活史做过较详细的研究，并把他的研究成果应用到白蜡生产和灭蝗的斗争中去。
1宋应星：《天工开物》卷二《乃服》。
2《本草纲目》草部卷十四。
3《本草纲目》草部卷十九。
4《本草纲目》草部卷十九。
5《本草纲目》木部卷三六。
6《本草纲目》草部卷十六。
1《本草纲目》兽部卷五一。
2《本草纲目》兽部卷五一。
3宋应星：《天工开物》卷二《乃服》。
4宋应星：《天工开物》卷二《乃服》。
第三节遗传与变异
明代著作中有许多关于遗传变异的记载，如“凡稻旬日失水，则死期至，幻出旱稻一种，粳而不粘者，即高山可插，又一异也”5。就是说，水稻在环境失水的条件下会大部分枯死（被淘汰），但可能出现仍能生存下去的突变植株。通过这种方式选择的植株，显著地改变了需水的特性，从而得到适应旱地种植的旱稻品种。夏之臣在《亳州牡丹述》中写道：“牡丹其种类异者，其种子之忽变者也。”说明牡丹变种多的原因主要在于种子突变把各种类型保存下来。虽然由于时代的局限，夏之臣不可能像本世纪初的卡尔任斯基和德·弗里那样，对不同植物通过实验研究提出完整的突变理论，但是“忽变”实质上就是“突变”，他能用忽变去解释牡丹种类的差异，这是十分难能可贵的。1有意识地利用生物界普遍存在的遗传变异现象，进行人工选择，以培育出各种优良品种，是近世人们广泛称道的重要成就。例如，对金鱼的选育，当时已采用隔离饲养，逐日淘汰等手段来选择培育人们所需的尤其是新奇名贵的品种。张丑（张谦德）《珠砂鱼谱》（1596）记载：“蓄类贵广，而选择贵精，须每年夏间市取数千头，分数十缸饲养，逐日去其不佳者，百存一二，并作两三缸蓄之，加意爱养，自然奇品悉备。”2正是通过这类方法进行长期选择，才培育出世界闻名的形形色色的中国金鱼。宋应星谈到蚕种时说：“凡蚕有早、晚二种”，“今寒家有将早雄配晚雌者，幻出嘉种，此一异也”3。说明他已认识到品种之间可以转化，将早种雄蚕与晚种雌蚕配种，也就是用人工选择和种间杂交的方法可以产生优良品种。这也是利用杂交优势的一个突出事例。
5宋应星：《天工开物》卷一《乃粒》。
1姚德昌：《从中国古代科学史料看观赏牡丹的起源和变异》，载《自然科学史研究》第1卷第3期，1982年。
2张丑：《硃砂鱼谱》，见《生活与博物丛书》的《禽鱼虫兽编》，上海古籍出版社1993年版。3宋应星：《天工开物》卷二《乃服》。
第四节微生物知识
关于微生物方面，明代对大型真菌已有更广泛和深入的认识。如李时珍《本草纲目》记载真菌已近三十种，除选录历代关于大型真菌的资料外，其中粟奴、粳谷奴、皂荚蕈、蘑菇、鸡■、舵菜六种是李时珍新增加的。就所收载的真菌数量而言，历代文献中当以此书最丰富，如潘之恒《广菌谱》所载真菌，全部可见于《本草纲目》。该书记载：“蘑菇出山东、淮北诸处”，“长二三寸，本小末大，白色柔软，其中空虚，状如未开玉簪花”1。又稠膏蕈“生孟溪诸山。秋中雨零露浸，酿山膏木腴，发为菌花。生绝顶树杪，初如蕊珠，圆莹类轻酥滴乳，浅黄白色，味尤甘。已乃张伞大若掌，味顿渝矣”等等2。说明当时人们对这些菌类的产地、形色及生境的观察和了解已相当细致了。
对于真菌发生的问题，以前长期被蒙上神秘的色彩，没有正确的认识。
如历代本草著作中都沿袭《神农本草经》的说法，视灵芝为神草。李时珍则批判了灵芝为“神草”的说法，他说：“芝乃腐朽余气所生，正如人生瘤赘，而古今皆以为瑞草，又云服食可仙，诚为迂谬。”3关于芝的生成，这种看法固然并不正确，但这表明李时珍已将芝的发生与其他菌类的发生同样看待，并没有什么特殊的神异性。在研究大型真菌的历史上，这无疑是一大进步。他还提到，“方士以木积湿处，用药傅之，即生五色芝”4。这是我国较早关于灵芝培养的记载。经过长期的探索，我们现在已经掌握了灵芝的习性，不仅可在野外大量采集，而且在室内也可以大批栽培了。
有关红曲制造方法的记载，也是较早见于《本草纲目》。其中提到制红曲有“入曲母”，“以帛密覆”，“热即去帛摊开”，用新汲水分次蘸湿等工艺过程。5由于红曲霉生长缓慢，在自然条件下很难像其他霉菌一样生长得好，所以在培养红曲霉时要先加入曲母，这相当于现在的接种，以便使红曲霉从一开始就获得生长优势。在培养过程中原料时摊时聚，是为了维持较高的有利于红曲霉而不利于其他霉菌生长的湿度，这是利用红曲霉比其他霉菌耐温的特性来抑制杂菌的生长。分次蘸水，是为了控制原料的含水量，使得红曲霉可以长入米粒内部，而又不至于在米粒内部进行糖化发酵和酒化发酵1。通过这样的操作程序，就可以得到色红心实的优良细曲。宋应星《天工开物》也详细记述了红曲的制法，其中在原料里加明矾水的做法，是红曲培养技术上的一大创造。加入明矾水可以调节酸度，有助于抑制杂菌生长。这些培养技术体现了古代人民对微生物生长特性的深刻认识，即使在今天，对于培养微生物来说，也是值得借鉴的。
此外，明代在对植物病害和病原微生物的认识和防治方面也有不少有价值记载。如《天工开物·乃粒》对稻瘟病的发病原因和处置方法作了较全面1《本草纲目》菜部卷二八。
2《本草纲目》菜部卷二八。
3《本草纲目》菜部卷二八。
4《本草纲目》菜部卷二八。
5《本草纲目》谷部卷二五。
1方心芳：《曲蘖酿酒的起源与发展》，《科技史文集》第四辑，上海科学技术版社1980年版，第147页。的叙述。俞宗本《种树书》记有用雄黄或硫磺烟薰治疗果树病害2，这是用化学药剂防治植物病害的方法。在未见到病原微生物的古代，这些从农业实践中总结出来的宝贵经验，对于防治植物病害起了重要作用。
2俞宗本：《种树书》，农业出版社1962年版，第24页。
第五节解剖学知识
明代在人体解剖生理学方面的工作，大多是对古籍的整理和注释，其中也有一些新的见解，或纠正前人的一些错误看法。如杨济洲于万历二十九年（1601）编撰的《针灸大成》，在杨介《存真图》基础上，明确指出心“居肺下膈上”，符合心脏的解剖位置。书中所附脏腑图，也较精确，接近各脏器的实际情况。此外如《内经知要注释》、《医中必读》，在呼吸与脉搏的关系等方面也有不少确切的记述。1明代解剖生理学史上的另一重要事件，是西方人体解剖生理学知识的传入。当时来华的一些耶稣会士如意大利人利玛窦著《西国记法》，意大利人艾儒略著《性学粗述》，书中把感觉器官通过神经与脑联系起来，介绍了感觉、知觉（耳、目、口、鼻、体）、记忆、思维、睡眠等生理知识，德国人汤若望著《主制群征》，简要介绍了食物消化的过程和血液运行的途径等。邓玉函和毕拱辰译著《泰西人身说概》和罗雅各、龙华民、邓玉函译著《人身图说》，较详细介绍了骨骼系统、肌肉系统、神经系统、循环系统和感觉器官，其中包括各器官的形态结构及其功能。在这些著作中包含有西方的近代解剖生理学知识，但其中也有宣扬宗教神学的内容，对人体也还不可能有真正客观的描述，并且封建礼教也限制了西方解剖学在中国的传播，使之仅有很有限的影响。直到十九世纪中叶才掀起了西方近代生物学（包括解剖学）知识传入的又一次热潮。
1苟萃华等：《中国古代生物学史》，科学出版社1989年版，第189页。
第六节《救荒本草》和《闽中海错疏》
明代的生物学著作为数不少。在植物方面的重要著作还有朱橚撰写的《救荒本草》。朱橚是明太祖第五子，封周王。他看到当时黄淮地区灾害频繁，人民以草根树皮为食，甚至误食丧生。为此，他致力于救荒植物的研究，组织收采和整理野生食用植物，于永乐四年（1406）编成《救荒本草》。这是一部从传统本草派生出来、结合食用以救荒为宗旨的植物书。全书分上、下两卷，记载植物四百十四种，分草、木、米谷、果、菜五部，其中有三分之二的植物描述是来自朱橚对植物的直接观察，他用通俗简洁的语言叙述这些植物的产地形态、生境及食用部位和用法。每描述一种植物，都附有精美插图，图的精确程度远胜于以往的本草著作。朱橚在封地河南开封府拥有自己的园圃，这实际上是一座实验植物园。他经常在园子里进行观察和研究，以掌握植物的主要特征，如花的结构、颜色，生长部位，以及果实形态等，并以之作为识别植物的依据。可以说《救荒本草》在植物描述方面具有相当高的水平。此外，书中还记载了一些消除某些食用植物毒性的方法，也很有实际价值。《救荒本草》是中世纪最卓越的本草著作之一，得到了国内外学者的高度评价。在朱橚的影响下，这一时期还出现了周履靖《茹草编》、王磐《野菜谱》、鲍山《野菜博录》等同类著作。
在动物方面，屠本畯著《闽中海错疏》是很有名的。此书写于明万历二十四年（1596）。书中主要记载福建沿海一带水产动物（包括少数淡水种类）二百多种，以海产经济鱼类为主，计有八十多种，其中包括著名的海产品大黄鱼、小黄鱼、带鱼、乌贼、对虾和蟹等，分属于二十目四十科。此外，还有腔肠动物、节肢动物、两栖动物和少数海洋哺乳动物。这部著作根据动物生物学特性，将它们分成许多群，在大群中还有小群，从而体现了彼此的亲缘关系，发展了自然分类体系。此书描述动物的重点是命名、形态、生境、生活习性和经济价值等。这与现在动物志的编写体例十分相似。《闽中海错疏》是我国现存最早的地区性水产动物志。
万历二十四年（1596）张丑（字谦德）著《硃砂鱼谱》。全书分上、下两篇。上篇从十个方面叙述金鱼的形态品种、遗传变异和人工选择；下篇，也从十个方面记载了金鱼的生态习性、繁殖及饲养方法。书中正确指出金鱼的尾、颜色、花纹、躯干，各部形色都不同于普通的鱼，特别是其具有躯干粗短肥壮的特点，并首次记述应用混合选择法培育金鱼新品种。《硃砂鱼谱》是中国古代较早一部阐述观赏金鱼的专著。
