元大都“去江南极远，而百司庶府之繁，卫士编民之众，无不仰于江南”（危素《元海运志》），因而，划直修凿大都通往江南的京杭大运河，以替代隋唐以来那条以中原地区为中心的旧运河，已是势在必行。至元三十年（1293），新的大运河全线贯通，此前，纵贯胶州湾与莱州湾的胶莱河也开通试行。同时，从江苏刘家港入海，北上至界河口（今天津大沽）的海上运输，也开辟全线通航。这些具有开拓性意义的创举，将中国漕运史推进到一个新阶段。
第一节 京杭大运河的全线贯通与整治
划直和整改大运河的关键工程是将旧运河的中段东移到今山东境内，再就是修通京、津地区的河道，以直达大都。在漫长的运河通道上，各段地势高下等等不一，因而，出于利用、调节水源的需要，必须建立、改善坝闸体制，元代在这些方面做了一定贡献或有益的尝试。
旧运河的残破按隋唐以来的惯例，北上船只入淮后，应向西南达盱眙，再折向西北，由通济水（汴水）抵开封。然而，宋、金之际，黄河屡次于河南决口，下游剧烈变迁，形成所谓黄河“夺淮入海”的局面：宋时汴水于开封西北的汴口入黄河，黄河则由此折向东北，从山东入海。改道了的金代黄河走向是，从河阴（今河南荥阳东北）附近转东北入河南汲县，东向入山东西境后，折向东南，经江苏徐州、宿迁、泗阳、清江，东向入海。到了元代，河南与山东之间的一段黄河进一步南移：从河阴向东，历开封北，转向东南，经河南杞县后达徐州（下与金代同）。“夺淮入海”的交结点在今清江市之北；元初漕粮经达的所谓“中滦旱站”，经黄河南移后，正处于黄河北岸。这是宋、金、蒙元之际河道的重要变化之一。
河道的另一重要变迁是汴水的湮涸。
宋、金、蒙元之际，兵连祸结，战乱频仍，漕渠亦遭厄运。北宋徽、钦二宗时期，运河已逐渐失去原有作用；靖康年间，金人南下，汴京被围，漕运中绝，汴水“堤岸失防，汴流久绝”，“塞久不合，干涸月余”1。金与南宋中分南北达数十年，隋唐以来的大运河被拦腰切断，这样，到乾道年间，南宋使臣北上，沿途见旧汴水“河益堙塞，几与岸平，车马皆在其中，亦有作屋其上”，“汴河底多种麦”2，已是一派残败景象。所以，元代首次漕运的船只进入清江，亦即“夺淮入海”的交结点后，即逆改道后的黄河（原淮河河道）西行，至江苏宿迁、徐州后继续西进，达“中滦旱站”，再陆运一百八十里到淇门（今河南汲县东北淇河与卫河交结处），进入御河（今卫河），最后接运至大都。
上述航道迂回曲折、水陆转运，诸多不便。南宋灭亡后，寻求南北径直、便捷的漕路提上了日程，至元十二年，考察江淮至大都河道状况的郭守敬认为，“宋、金以来汶、泗相通河道，可以通漕”1，于是，在试行多渠道运1邓肃：《辞免除左正言第十六札子》，《栟榈先生文集》卷十二。
2楼钥：《北行日录》卷下，《攻媿集》卷十一。
1《元史》卷六四《河渠志》一。本篇所叙内容凡未另注出处者，多见于下面两种材料：（一）《元史》输的同时，元廷逐步于山东西部大力兴举了开挖新漕渠、划直南北大运河的工程。
山东西部的运河分两段进行。第一是开挖济州河。开挖济州河的最初动因，可能是为了受纳“济宁等处田土子粒”，以供皇家充作“酒材”之用。从事这项专业生产的屯田，直属于宣徽院“尚珍署”，因此，工程的主持者为知尚膳院（宣徽院前身）事、宁夏人来阿八赤。这时的开凿，由于工程尚未完全与旨在沟通南北漕运的整体需要相联系，所以工程规模可能不大。至元十八年年底，元廷又派奥鲁赤、刘都水及“精算数者”一人，在原有基础上重新规划开凿，二十年初步完工。济州河引汶水、泗水，从济州（今山东济宁市）西北到须城安山（今山东东平西南），全长一百五十多里，当时亦称“东平府南奥鲁赤新修河道”2，这样，漕路由淮河入泗水（今中运河），经济州河北达安山，出大清河（今黄河下游）经东阿（在今山东东阿南）、利津入海，漕船再循海岸北上入直沽（今天津市大沽口）转赴大都。但由于利津一带淤沙壅塞，船只出海甚为困难，只好改从东阿上岸，陆运到临清（在今山东临清南）后，再搬粮下御河。至此，除东阿和临清间一二百里的旱路外，元代南北航运已大致沟通。
至元二十六年，元廷采用寿张县（今山东梁山西北）县尹韩仲晖等人的建议，派李处巽主持开挖接通济州河的运河，工程从安山西南起，分梁山泺（即梁山泊，在今山东梁山、郓城等县间）的水源北流，经寿张西北到东昌（今山东聊城），又西北达临清入御河。工程全长二百五十里，历时六个月完成，定名“会通”。至此，南北航道全线沟通。黄河“夺淮入海”后，北面的御河故道水势久已减弱，会通河开通后，黄河的部分水流由此进入御河，北流入海，御河因此有“北黄河”之称。
运河北段的工程主要在京津地区进行。郭守敬于中统二年（1261）上达的水利条陈中，曾提议引水通入金代中都（元大都），东至通州旧漕河，再南向开河至杨村（在今河北武清县），但通州至大都五十里之间，水源匮乏，仍难免陆路转运之劳，因此，至元二十八年郭守敬又提议疏导昌平县白浮村神山泉，过双塔、榆河，再引一亩、玉泉诸水（在今北京昌平县境）至大都和义门（今西直门）入城，汇为积水潭（亦名海子，今什刹海），积水再东南出文明门（今崇文门）至通州高丽庄入白河。全长一百六十四里，隔年河成，赐名“通惠”，这样，漕船北上可一直开进大都城区，往南可与白河至大沽河之间的通州运粮河接通。
元代划直大运河的工程在山东西部进行，与此同时，东部也开成胶莱河。该工程至元十七年提出动议，次年作具体规划，以“益都、建莱、宁海”卷六四至六六《河渠志》一至三；（二）《经世大典·海运篇》，见于《永乐大典》卷一五九四九、一五九五○（含卷一五九五○中的《苏州志》）。
2《元史》卷六五《河渠志》二《济州河》条混载有胶莱河的内容，今据诸籍订正。三州一年的赋税“入折佣直”，至元二十年初步开成，次年十二月第二次大规模疏凿，其主体工程可能名“神山河”或“神山桥渠”1。工程南端首起胶西县东陈村海口，由此往东南凿引河通入胶州湾（入海口可能即明代麻湾海口），再由陈村海口趋西北，先后达薛岛西十里的马家壕、高密县东北五十里的亭口河与胶河汇合，再经平度州（治今山东平度县）西北七十余里入昌邑县界，北端入海口在莱州西北七十里。元于此设朱王海口仓。工程总长三百余里2。
胶莱河凿成后，曾一度形成一道自成系统的官方漕运路线：南面的起运点是今江苏苏北涟海平原的满浦仓（仓址在今淮安市北面、淮河南岸），往东循“夺淮入海”的黄河河道，“易闸者七”，进入涟海海口，再傍海北上行进，通过胶莱河，继续傍渤海海岸“篙行”，进入天津直沽。
运河的整治与分水点的选择以上是大运河的主体工程，此外，运河贯通后，还针对各段出现的问题进行了一系列整治或辅助性工程，较重要的有，至元三十年，为解决通州运粮河供水不足，在榆河（运粮河的主要水源之一）上源另开小渠，增大流量。至正年间还在通州南高丽庄至西山石峡铁板之间开挖一新河，全长一百二十余里，深五丈，宽十五丈，使西山古金口水东流至高丽庄接通御河。不过，金口水上源桑干河水质浑浊，流湍势急，沙泥易于壅塞河道，不甚便于船只通行。扬州运河入元后废旧，不甚通畅，延祐四年议定疏浚河身达二千三百余里。江南运河也年久失于修浚，元代重点施行了开挖镇江运河、同时疏治练湖的工程。一百三十一里长的镇江运河（在今江苏镇江市向南至丹阳市吕城坝之间的河段）“全籍练湖之水为上流”，至元、大德年间曾对运河与练湖进行过整修，但成效有限。泰定元年（1324）正月十七日，运河分三段作坝挡水施工，三月四日完工，河面开阔至五丈，底阔三丈，深四尺，加上原有二尺水深，可积水六尺。随后又修补练湖漏缺，将堤面增阔至一点二丈，斜高增至二点五丈。同时增置“湖兵”，按需启闭斗门，向运河提供水源1。元代大运河是有名的“闸河”，据粗略统计，通惠河设闸十八处，金水河四处，会通河三十一处，为节制诸水会于济州，汶、泗河段上也置有河闸六处。通惠河上源设有“看闸提领”，可见也置有河闸。此外，宋代于楚扬1《元史》卷六五《河渠志》二，卷十二《世祖纪》九。
2于钦：《齐乘》卷二《益都水·胶水》，卷三《郡邑》。另据《重刊万历莱州府志》卷二《山川》条载，明嘉靖年间，山东巡海副使王献曾循元代旧道考察，据以疏凿胶莱新河，本文所述元代胶莱河道亦参考王献的考察记录。
1俞希鲁：《至顺镇江府志》卷七《山水》；《元史》卷十九《成宗纪》，卷六五《河渠志》二。运河上置“斗门水闸”达七十九座2，在江南运河河段，宋代置有望亭（在江苏苏州西北）、五泻（在今江苏无锡市北）、吕城（今江苏丹阳市东南）、奔牛（在今江苏常州西北）和镇江等处河闸3，这些旧闸入元后一般都应予以利用，这样，元代大运河上的河闸当在一百五十座以上。河闸与堰、坝的作用在于调节水量，通行运舟。最初的闸是一种单闸，相当于现在的节制闸，堰是较低的挡水溢流的建筑物，横截河中，以抬高水位，但运舟过堰最初须借助人力或畜力牵挽，不如水闸灵便。宋代则进一步将单闸发展为复式船闸，即在水位明显相差的河段上设置两个或更多的闸门，放闸积水，必要时又启闸放水，抬高下段水位，使船只逐级上行；有时则在河侧附近造“归水澳”，以达到蓄水备用的目的，因而，复式船闸更加省力、省时，可进一步提高运输能力。宋代在江南运河中建置的船闸一般都有上下闸，称“澳闸”1，可视为复式船闸，最著名的则是置有更多闸门的淮安、真州闸2。元代建有上下二闸的复式船闸在通惠河上有八处，会通河中四处。建有上中下三闸的复式船闸共两处，即会通河上的会通镇闸（在河北临清西南）与济州闸。这些复式船闸的形制有了一些新的发展：一、较多采用在两闸间修建“月河”3的方式储积水源，以取代宋代较普遍于河侧建造“归水澳”积储水源的方式，从月河中放水下行应更为方便；二、今江苏沛县东面的金沟与沽头二闸处于会通河南端，为防止大船进入会通河阻塞交通，在这两处特设“隘闸”以防止超宽船只入河（后来又在隘闸下岸立“石则”，丈量大船的长度，超长也不得入河），但该处地势高峻，旱天即水浅舟涩。对关键河段中出现的这个问题，元廷相继采取了一系列措施：将沽头隘闸调整到金沟大闸之南（当在河道岸侧），在金沟与沽头两座大闸间增置一道小型“运环闸”（实际构成了一组复式船闸），并在沽头闸与新迁隘闸之间选空地构筑一道“滚水石堰”（即有一定高度的石坝），使高于石坝的水流随时下行；另于金沟闸上添置木板积水，月河内构建一道大型滚水石堰，沽头闸月河内也改修一道大型石堰，这样，金沟闸内的积水可通过滚水石堰下行，经下一道滚水石堰流至沽头闸内，“水涨即开大小三闸，水落即关闭大闸，止于隘闸通舟”，克服了高处水浅的困难，船只得以逐级上行。
确保水源供给的另一关键是分水点的选择，它要求根据自然条件，选择2《宋史》卷九六《河渠志》六。
3上述江南运河的河闸均有上下闸，其中镇江于南宋时置沿江五闸，元天历二年（1329）予以重建，称京口闸（见俞希鲁：《至顺镇江府志》卷十四《公廨》）。
1《宋史》卷九六《河渠志》六；嘉定《镇江志》引《四朝国史志》；张国维：《吴中水利书》。2详光绪《阜宁志》引山阳冯仲雨：《间园志遗》；《宋史》卷三○七《乔维岳传》；胡宿：《通江木闸纪略》；沈括《梦溪笔谈》卷十二《官政》二。
3《宋史》卷九六《河渠志》六载：元祐四年于徐州吕梁、百步二洪“开修月河石堤，上下置闸，以时开闭，通放舟船”。元代将这种“月河”的形制进一步推广使用。
一个理想点，使之最大限度地汇集水源，再让这些水源顺畅地分流到上下河道中去。元代大运河中段的分水点选在济州会源闸，在这里向东北方向可通过■城（在今山东泰安西南）石堰，节制汶水入汶水向西南流至济州，与泗水相汇；济州的东南方面是泗水，兖州闸的作用是节制泗水，使之西南进入济州。会源闸的建造，则使集结来的各路水源分流南北，达到“临济鲁之交，据燕吴之冲，道汶泗以会其源，置闸以分其流”的目的。不过，从济州往西北至临清，“地降九十尺”，南至沽头，“地降百十有六尺”1，北高南低的地势，使得会源闸水往北分流比较困难，从技术角度考察，这是会通河运载能力受限的原因之一。明永乐年间，重新选择汶上县西南三十五里的南旺湖为分水点，才妥善解决了原有的矛盾。
漕运的管理及运输概况在至元二十四年大规模实行海运前后，元代主要施行海运与河、陆、海联运的办法解决漕粮的北运。首次有计划、有组织的漕运是在至元十三年（1276）。当时，以伯颜为统帅的各路大军占领临安，但宋将李庭芝、姜才等仍竭力坚守运河必经的淮东之地。元廷为调运粮食北上，特地制造了一批轻捷的“鼓儿船”，装载浙西漕粮，“涉江入淮”，由黄河逆水至中滦旱站，搬至淇门入御河，接运赴大都。所谓“涉江入淮”，系指粮船北渡长江，经瓜洲、扬州，顺扬州运河北达淮安，入淮河。此后，一度着重于旧河运系统的整建：最初，在大都设漕运司与提举司，分别负责淇门至通州河西务（今河北武清西北、北运河西岸）、中滦经淇门至河西务的水陆转运；扬州漕运司分管江南至瓜洲的运输，瓜洲至中滦段的押运人员，不属扬州漕运司管辖。南北数千里，运司并列，互不统属，“粮道迟滞，官物亏陷”。至元十九年，在试行海运的同时，元廷调整了上述管理体制：改设京畿、江淮两处都漕运司，后者除继续管理江南至瓜洲的运输外，另将属官一半于瓜洲置司，另一半于中滦、荆山（在今安徽怀远西南）分置上下行司，分段管领。每年要求运粮二百万石到中滦，取回京畿漕运司的接收字据，呈扬州行省备案。京畿都漕运司则统一负责中滦至大都的运输，属官一半于大都置司，另一半于中滦、淇门上下置行司，将江淮都漕运司的二百万石粮食运赴大都。上述以中滦为转运点的南北运输线，几经水、陆搬迁，困难重重，实际年运量仅三十万石。于是，次年初步开成济州河与胶莱河，实行多渠道运输。应该指出，至元年间扬州运河尚不甚通畅，因此，江南漕粮往往要陆运至淮安，然后，一支往西北至中滦，另一支逆改道后的黄河送至徐州，再经济州河辗转北上；第三支是顺改道后的黄河东下出海口，沿海岸行进，通过胶莱河北上。为适应多渠道运输的需要，元廷增设了淮安分司、济州分司（济州1揭傒斯：《重建济州会源闸碑》，《揭傒斯集》卷十二。
都漕运司）和利津分司（胶莱海道运粮万户府），实行的纲运分短运与长运两种。
短运又称军搬、短搬，分两段进行。南段由驻扎在吕城的军队运往瓜洲，北段由汉军与新附军从瓜洲运至淮安。每个船队由二纲、三纲、四纲组成不等，有管军千户、把总和百户负责押送，另由驻扎在瓜洲的江淮漕运总司派奏差一员，乘坐站船，往来催督，并在每只船上树一面白旗，上书押运官姓名，以约束官船的越轨行为。
长运由雇募的民船承运，从瓜洲起运，二纲、三纲、四纲不等，也由一员奏差监督，运至淮安后，由淮安分司开闸放船进入改道后的黄河，然后由中滦和济州分司派来的奏差各领纲船，分运两路。
至元二十一年，暂罢胶莱河运粮，该运道水手、军人各五千充实到内河其他运道中，次年又造漕船三千艘充实到通往济州河的运道中去。一般情况下，以中滦为转运点的运输线年运量在三十万石左右，济州运道二十万至三十余万石不等，胶莱河为二十余万石，至元二十二年曾达六十万石。在这前后，以中滦为转运点的运输线已经罢废。至元二十四年至二十六年，官方先后取消对济州河与胶莱河道的利用，元代的南北运输，逐步趋归于海道为主、大运河为辅的局面。
海运发达以后的大运河，对官方来说，主要职能是运输食盐、茶叶、各地土产、手工业品及海外贡物，并供使客往来。此外，在官、私粮食运输方面仍起相当作用。官运方面，可能是将中原、华北等地的屯田粮运往北方，立于天津河西务的“都漕运使司”（见下）属下便有荥阳等三十一纲，船九百余只，船户八千余，纲船主要分布于会通河东西的山东、河南境内，运输量亦较可观1。
运河上的民运与商运相当活跃。在大都，每年官方投放市场的粮食仅三四十万石，其他“百姓食用的粮食多一半是客人从迤南御河里搬将这里来卖有”，并且“来的多呵贱，来的少呵贵”2，为此，元廷一方面多次颁布禁止官船、军人与势豪阻挠、刁难客船的法令，另一方面，为了保证官运的正常进行，又不得不对发达的商运加以限制。仁宗延祐元年（1314）针对权势、富商以四五百料大船驶入运河阻塞交通的弊端，决定在会通河南北的沽头、临清两处设置“隘闸”，以限制二百料以上、梁头阔八点五尺以上大船入闸。1《元史》卷八五《百官志》一与卷四一《顺帝纪》四记载，荥阳等三十一纲“运粮三百余万石”，而至正年间的两淮运使宋文瓒说，世祖开会通河，“岁运米至京者五百万石”，我们认为这五百万石不应理解为运河的年承运数，因为，元代海道的年运最高数为三百余万石，运河承运能力若与之相近甚至远过此数，便无法理解元代漕粮以海运为主的基本事实，也与前面列举的内河运输的常额相距过远。明代以内河漕运为主，大运河真正发挥作用亦在明永乐之后，而明代运河的运载常额也只有四百万石。因此，可以明确肯定的是，五百万石应是包括海运在内的各运道运达大都或天津河西务的总数。2《通制条格》卷二七《杂令·拘滞车船》。
但私商“贪利”，又改造减舷长船，长度达八十至九十尺，载重五六百料，阻塞现象，仍不时发生，因此，泰定四年（1327），又于上述两处石闸下岸立“石则”，以限制六十五尺以上的长船入闸。总的说来，大运河凿通后，“江淮、湖广、四川、海外诸番土贡粮运、商旅懋迁，毕达京师”3，在沟通南北交通方面起着不可取代的作用。
3《元朝名臣事略》卷二《丞相淮安忠武王》。
第二节 海运
早在春秋战国时期，渤海至广东的沿海交通已经展开，此后，局部的、通贯南北沿海的交通渐趋频繁。两汉时代，在今两广南部与越南境内设置了南海、郁林、交趾等七郡，这七郡与北方的交通也主要取道海上。海上交通的发展以造船技术与航海水平的提高为条件，也与政治与经济等方面的实际需要相适应。与前代不同的是，元代在东部海域实行全线通航，首先在漕运业中形成了以海运为主、内河运输为辅的格局。
海运线路的选择与航海技术的进步海运航线前后有三次变更：第一次航路。从至元十九年首次粮运，到至元二十八年新航路的开辟，共沿用十年。开辟者为朱清、张瑄和罗璧，航线大体是：从刘家港（今江苏太仓浏河镇）至海门黄连沙头（在今江苏启东东部海中）、万里长滩（在今江苏启东东部，西南向呈长条形，后来部分形成陆地），经盐城（今属江苏，当时濒海），历海宁府（治今江苏连云港西南）界，可至莺游山（今连云港东北东西连岛），下入山东境，由密州（治今诸城）入胶州（治今胶县）界放灵山洋（今青岛南、胶南以东海面），北至浮山（青岛附近）、劳山（青岛东北崂山）、福山（崂山县东），沿海岸达延真岛（今山东荣成沿津岛），东北转过成山（在今荣成成山角），最后进入天津界河口。该航线沿海岸航行，迂回曲折，“委实水路艰难，深为繁重”，航期长达两个多月。
第二次航路。至元二十九年由朱清聘请长兴（属今浙江）李福四“押运指引”，路线是：从刘家港开洋，转过撑脚沙（在今江苏常熟璜泾北江中），至三沙洋子江（在今江苏崇明西北，后来大部分形成陆地），东北至扁担沙大洪（今启东东南，今已成陆地）、万里长滩，再往东北一千里至清水洋（在北纬34°、东经122°一带）、黑水洋（东经123°以东一带），过黑水洋可见延真岛。西北至成山与刘岛（今山东威海东刘公岛）、芝罘岛（在今山东烟台北）诸岛，进入天津界河。该航道从万里长滩到成山一段取远海航行，线路较为径直。一路便风，半月可达目的地；风水不便，仍需一个月或四十天以上。
第三次航路。至元三十年开辟，从刘家港出发，过黄连沙转西，东北取道成山，“亦为不便”，故“继为千户殷明略踏开生路”。这条新航道是：从刘家港出发至崇明三沙，东行入黑水大洋至成山，以下大致与至元二十九年新航路同。航船至崇明三沙后即避开万里长滩直入黑水洋，取远海航行，顺风十日即可驶达。此后海运均取这条航道。
除上述主航道之外，在福建至浙江、山东半岛或天津直沽至辽东、高丽之间还有一些海上支线1，起运港口另有白茆港（在今江苏常熟市东北九十里）、庆元烈港（今浙江宁波市沥港）和福建长乐港（在今福建长乐县东）。元代海运江南粮，分春、夏二运。新航道开辟前，一般是正月集粮，二月起航，四月达直沽，五月返航运夏粮，八月返港。改道后，航期缩短，一般是三月起运。
在长达万里的运输线上，水文地理比较复杂，气候变幻莫测，困难险阻不言而喻。为求得安全，元人特别寄幻想于海神（天妃），但最实际的，还是“高价召募惯熟梢工，使司其事”。船工或“凭针路定向行船”，或“夜对紫微星直上”。这些“惯熟梢工”和水手在几十年的航海实践中积累了一些宝贵的经验，这些经验归纳起来有以下几个方面：一是“仰观天象，以卜明晦”，即利用风雨雷电和日象对海洋气象和潮汐规律进行预测预报，并编成口诀，供船员记诵，内容有“潮汐”、“风信”、“观象”等目，“虽是俗说，屡验皆应”。二是对中国东部海域水文地理进行了较详尽的勘察记录。其中如对避风港的选择、“点篙”以测沙礁的技术等等，充分显示了水手们的聪明才智。三是确立港口导航制。至大四年（1311）十二月，常熟州船户苏显与“老旧运粮千户”殷忠显、黄忠翊等鉴于刘家港北沙浅水暗，提出导航方案：由苏显备私船两只作为号船，“抛泊西暗沙嘴两处，树立旗缨，指领粮船出浅”，并画榜晓示，要求粮船于号船两边绕过，观旗缨决定行止。江阴州夏港、陈沟等处也有浅沙暗礁，延祐元年（1314）七月，由江阴船户袁源、汤玙如上法指挥，为船只的进出提供了方便。
海运的管理元代海运管理机构的建置相当完备，它分为接运与海运两个系统（接运系统详下节）。海运机构建立的情况较为复杂，它经历了设置、改善与确立三个过程：设置阶段（约从至元二十年到至元二十八年）。至元二十年首次海运成功，元王朝开始设立两所万户府，朱清、张瑄分别任中万户和千户。至元二十四年，因海运地位提高，始立行泉府司“专领海运”，又增设两个万户府。四年后，由于行泉府司掌管者劣迹败露，四万户府削减为以朱、张为首的两所“海道都漕运万户府”。二府设官分职：“正官”包括达鲁花赤和正副万户，“首领官”包括经历、照磨、译史、奏差，是具体管理人员。另有镇抚，负责处理日常事务1。当时规定年运粮以十分为率，张瑄六分，朱清四分。张瑄所属有三十二名千户，按地区划为八翼（后并为四翼）；朱1运粮至辽东、高丽的记载详见程钜夫：《元都水监罗府君神道碑铭》，《雪楼集》卷四；黄溍：《江浙中书行省平章政事赠太平保安庆武襄王神道碑》，《黄金华集》卷二四；《元史》卷十七《世祖纪》十四等。
1朱德润：《送海道镇抚莫侯北归序》，《存复斋文集》卷四。
清所属有二十七名千户，划为七翼（后并为两翼），“翼”的驻地全部分布在苏南沿海地区。
改善阶段（大德七年前后，即1303年前后）。至元三十年朱虞龙任海道都漕运万户，提调香糯事（香糯为江南特色品种，直接运到大都，供皇宫酿酒等用），万户府至此增为三所。大德七年，在一场政治风波中，朱、张失势，三万户府又并而为一，开府于平江，设达鲁花赤一员，万户二员，副万户三员。千户按地区划分驻地，共十一处，除浙江的温台、嘉兴、杭州外，其余八处都在苏南沿海。
确立阶段（至大四年后，即1311年后）。至大四年规定，原有的十一处千户所并为七处，“温台所”、“庆绍所”和“杭嘉所”分别置于温州路、庆元路（治今浙江宁波）和杭州，“松江嘉定所”、“昆山崇明所”、“常熟江阴所”与“平江香莎糯米千户所”以及万户府都设于平江。
中书省是负责海运的最高机关，江浙行省实施对海运万户府的直接领导，并派行省官员监收漕粮，提调海运。每次海运开航前，万户府须由正官赴港口点阅粮船，监督起航；各所千户则须分赴各仓监装漕粮，并轮番下海督运。
元初海船的来源，一是缴获南宋的战船，二是收集沿海民船，三是为内河漕运制造的官船，四是利用大量战船，此外，还有朱、张实行包运后发动起来的从事海运的民船以及他们的自备船。后来，元王朝发动“近海有力之家”造舟起运，官方也“每三岁更造漕舟”1，后两者是船队的主要组成部分。元末海船多强行征收，成分更为复杂。投入运输的船只的最高数目，见于记载的是至正三年的三千余艘2。
海船中水手组织分工的情况，可以“总漕”楼船即最高指挥船为例，船中有水手三百人。千户、火长是船中的“好家主”，“事事辛苦不辞难”，“火长”可能为五人（或十人）的士兵长，兼掌罗盘，负责导航；大工“驾舵如驾马，数人左右拽长牵”，是船中的舵手；碇手“在船功最多，一个唱声百人和。何事深浅偏记得，惯曾海上看风波”，因而可能就是船主召募的“惯熟梢工”3。
从事海运的船户与水手，元初主要由军人充任，但早在至元二十年立两处万户府时，其中一处即“以万户之无军有牌者除充”，次年又发动“近海有力之家”造船起运，船户水手便向民丁的方向转变，最终取官兵而代之。船户分属七处千户所，其数“凡数万人”1，如按明代海船每千石用水手十1柳贯：《柳先生文集·附录》，《柳先生行状》。
2吴凤翔：《无锡县志》卷二三《祠宇》。
3贡师泰：《玩斋拾遗·海歌八首》，见《元诗选》二集戌集，另见顾炎武《日知录》卷二四《火长》；黄时鉴：《火长》，《历史研究》1978年第3期。
1朱德润：《送海道镇抚莫侯北归序》，《存复斋文集》卷四。
五至二十人计2，元代海运每三百余万石粮，水手应达六万余人次，春夏二运平均每期三万余人。但至大前有一期春运（岁运额在三百万石以下）用舟四百余艘，水手竟达四万余人3。
海运的兴衰元代海运号称“一代之良法”，但统治者对它的认识，并非始即了然，因而，对它的筹划和组织也是逐步趋于完善的，这大致可分为以下几个阶段。
（一）试行阶段。约从至元十九年初运到至元二十四年专管海运的“行泉府司”的设立，在这期间，海运的优越性逐步显露，引起了统治者的重视。至元十三年，元军攻陷临安后，一方面调拨粮食北运，另一方面把缴获的库藏图籍，通过海道运往大都。此后，元廷着重于传统的河运系统的整建，并在山东境内修凿河道，实行多渠道运输。
至元十九年，丞相伯颜鉴于多年内河粮运的劳费，始从至元十三年经海道搬运宋室库藏的旧例中得到启发，听从朱清、张瑄的建议，通过海道运输漕粮，当年由江淮行省制造平底船六十只，行省又委托上海总管罗璧和朱清、张瑄另造船只，再利用本处军人和官船召雇水手，将江南各地的粮食集中扬州，往东出海，沿海道北上。这次初运粮食为四万六千石，数目虽不足观，却有了一个好的开端。与水陆转运、河海联运过程中出现的不利因素相对比，海运在经济上的效益非常明显，此后，海运量便从一二十万猛增到五十七万八千石。于是，元廷逐步罢废一些内陆河运及海河联运的航线，采取多种措施，特别是设立了行泉府司，专管海运，加强了海运的运输能力。（二）确立阶段，约从至元二十五年“都漕运使司”和“京畿都漕运使司”的设置到大德年间。这一时期的特点是委用朱清、张瑄专管海运，漕运主要依赖海道，岁运之数大幅增长。
前面提到，元廷曾设立南北两处漕运司，管理以中滦为转运点的漕运。
到了至元二十五年，改在天津直沽河西务和大都分别设置都漕运使司，前者接纳南来的粮食物资，但实际主要接纳的是海上运来的粮食；后者把前者按纳来的粮物收入仓库。这实际是一套衔接海运的接运系统，说明海运逐步成为主要运输方式，于是，其他漕运机构相继罢废。
在这过程中，负责海运的官员受到了最高统治者的特别信任，其中最著名的是崇明人朱清和嘉定人张瑄。他们原是南宋时的“海盗”，入元后逐渐被重用，至元二十年首次海运成功，分别授为中万户和千户，次年又分别以2丘浚：《漕挽之宜》下，《大学衍义补》卷三四；沈廷扬：《海道奏疏》（见于《崇明县志》卷十九《艺文志·奏疏》）。
3任士林：《江浙行省奏运海粮记》，《任松下先生文集》卷二。
江东道和淮东道宣慰使之职兼领海道都漕运万户。忽必烈曾对丞相说过：“朱、张有大勋劳（指开创海运），朕寄股肱，卿其卒保护之。”1“南人”如此受器重，在元代并不多见，说明他们确实为元廷解决了国脉所系的漕运大计。漕粮主要取自江南官田岁入，在至元二十五年至大德七年这十五年中间，除元贞、大德初因“京畿所储充足”而减额外，岁运之数，至元二十五年、至元二十六年分别为四十万石和九十三万石，以后激增至一百四五十万石，大德七年为一百六十五万石。海运漕粮满足了大都愈益增多的粮食需要。
（三）发展阶段。约从大德末年至天历二年（1329）。这一时期，南方漕粮征收的布局有所调整，岁运之数继续大幅上升。
漕粮的征收地，元初大致沿袭宋代，即以湖广、江西和江浙地区的税粮充运。其中，江东宁国、池、饶、建康地区的漕粮称为“上江粮米”，常由海船逆长江而上装运；江西湖广的漕粮，则用河船东运至真州兑入海船。这不仅耗费人力、物力，而且海船逆长江上行困难很大。于是，至大四年（1311）作出新的规定，实物粮改从两浙地区征收，海船停泊沿海港口，就便装粮起运。这种“弃远就近”装粮的方法，颇与已经形成的海运体制相适应，效益明显，“海漕之利，盖至是博矣！”（《元史·食货志一》）。后来，随着岁运之数的激增，并考虑到两浙地区不断出现灾荒，上述“弃远就近”装粮的原则也不得不有所调整，具体办法是在集庆龙湾（今江苏南京下关）构筑粮仓（集庆仓，或称广运仓）以集中沿江粮米，再另拨河船往东运至开洋港口，兑入海船1。粮食征集区域再次扩大，同时又能避免海船逆江上行之难。岁运之数，至大四年前在两百万石以下。延祐六年至天历二年间（1319—1329），除至治三年（1323）外，均在三百万石以上，天历二年，达三百五十余万石，这是元代海运的最高额。
（四）衰落阶段。从后至元元年到至正二十八年元亡（1335—1368）。
元朝后期，海运业如同元代社会那样，衰落破败，百孔千疮，“水旱相仍，公私俱困，疲三省之民力，以充岁运之恒数，而押运监临之官，与夫司出纳之吏，恣为贪黩..兼以风涛不测，盗贼出没，剽劫覆亡之患，自仍改至元之后，有不可胜言者矣！”（《元史·食货志五》）
元末农民大起义后，海运濒临衰歇，“元京军国之资，久倚海运，及失苏州，江浙运不通；失湖广，江西运不通”1。为挽救危机，元廷试图用就近屯田的办法另辟粮源，但很快归于失败，于是只得继续乞求于海运。
元末海运残局的维持，一是依赖江浙的张士诚、方国珍，二是福建的陈1王逢：《张孝子序》，《梧溪集》卷五。
1郑元祐：《海道都漕运万户府达鲁花赤和尚公政绩碑》，《侨吴集》卷十一；虞集：《两浙运使智公神道碑》，《道园学古录》卷十三。
1叶子奇：《草木子》卷三上《克谨篇》。
友定。
方国珍兄弟于至正八年（1348）“亡入海，聚众数千人，劫运艘，梗海道”。此后降于元，元廷利用他维持海运。他虽时降时叛，但从至正十九年起，尚能“岁岁治海舟，为元漕张士诚粟十余万石于京师”（《明史·方国珍传》）。张士诚于至正十六年据平江（今江苏苏州），次年降元。至正十九年，元廷派专使来平江，于方、张之间“往来开谕”，使二人各具舟、粮，结果，“粮得入京者仅十一万石，自是岁以为常”（吴宽《平吴录》）。据载，至正十九年和二十年，起运粮为十一万石，至正二十一年和二十二年为十三万石。至正二十三年九月，张士诚自立为吴王，此后“元征粮，不复与”，并杀劝贡将领，江浙海运至此绝。但福建陈友定仍忠于元廷，一条从福建绕过江浙直通大都的海道得以一度通行，一些地方官员也不时凑集一些粮食接济大都，直至元亡。
