这一年（万历四十七年），努尔哈赤在三月间战胜杨镐以后，不费什么力气，便在六月间拿下开原。守开原的不是别人，正是他手下的败将马林。马林在开原阵亡。七月间，努尔哈赤击败喀尔喀来援叶赫的兵。八月间，努尔哈赤灭掉叶赫。

明朝把杨镐换了，换来一位熊廷弼。熊廷弼很能干，来了几个月，便把局面稳住。他在几个重要关口，都设了哨；所有的重要城市，也修筑了城墙，挖深了城壕，储备了兵器。曾经临阵脱逃的将领，被他正法。不中用的将领，被他撤职。难民，被他招回到原地从事生产。兵士，被他整编、训练。他的见解是，先做到能守，才谈得到攻。于是，在他担任“经略辽东军务”的十八个月期间，努尔哈赤不敢对他有所举动。

明朝的当局却认为熊廷弼太胆小，把他调走，叫一个袁应泰来接他的事。这袁应泰对军事完全外行。努尔哈赤知道得很清楚，就派了很多间谍分布在沈阳与辽阳两个大城的城内。

天命六年（明熹宗天启元年，1621年）三月，努尔哈赤进攻沈阳。守城的军队被诱到城外交战，一战而败，沈阳入于努尔哈赤之手。

五天以后，努尔哈赤乘胜进攻辽阳，袁应泰有熊廷弼所筑好的工事而不用，出城迎战。于是，辽阳也入于努尔哈赤之手，袁应泰自杀。辽河东岸七十个城堡，都降了金。

明朝当局慌忙把熊廷弼复了“经略”之职；同时派一个叫做王化贞的糊涂人当巡抚。十几万军队不交给熊经略，而交给王巡抚。更奇怪的是，叫王化贞统率大军，在前线广宁（义县境内）扎大营，叫熊廷弼空手住在后方的山海关。熊廷弼没奈何，自己练了五千精兵，以备万一。

王巡抚有一条妙计：勾引蒙古人来打努尔哈赤。他说，蒙古的一个部落领袖炒花，已经答应派四十万骑兵，不久便会开到；而且，那已经降敌的抚顺守将李永芳，准会内应。王巡抚认为熊经略所主张的筑城、浚壕、选将、练兵，都是白费力气。熊经略向政府报告，说四十万蒙古骑兵决不会来，李永芳决不可信。政府认为，他们两人不该闹意见，应该合作。

天命七年（1622年）正月，努尔哈赤来攻广宁，王化贞的十几万兵完全瓦解，杂在几百万难民中间向山海关奔逃。幸亏有熊廷弼所练的五千人，临时用来作为“断后”，王化贞才能够把这些败兵与难民掩护，让他们安全入关。明朝的大官们，在魏忠贤指使下，认为不但王化贞有罪，熊廷弼也有罪，而且更大。他们把熊廷弼囚了三年，三年以后把他的头割下，运到各处去示众。