3月下旬，蒋介石自九江到达安庆。26日，李宗仁随蒋由安庆赴沪。此时的上海，在中 国共产党的领导下，工人运动搞得轰轰烈烈，革命形势很好。李宗仁对这种形势却感到担 心，认为“工会气焰熏天”，是共产党要取代国民党的表现，特别是工会拥有武器，认为这 是心腹大患，如不加抑止，国民党前途不堪设想，因此在龙华东路军前敌总指挥部与白崇禧 会晤后，立即往见蒋介石，谈了自己的想法。蒋介石对共产党妒恨如仇，看到上海的革命形 势似乎有些绝望，见李宗仁的想法正合己意，便问李宗仁：“你看怎么办？”李立即向蒋献 谋：“我看只有快刀斩乱麻的方式清党，把越轨的左倾幼稚分子镇压下去。”蒋介石听了心 头一阵喜悦，连忙问：“现在如何能谈清党呢？第一军军长何应钦辞职了，我无法掌握第一 军了。”蒋介石诡计多端，他是想让李宗仁帮助他做这件事。而李却立即表示：”那么只有 一步一步地来，我看先把第七军一部调到南京附近，监视沪宁路上不稳的部队，使其不敢妄 功，然后大刀阔斧地把第一军第二师中不稳的军官全部调职，等第二师整顿就绪，调往沪杭 线上，监视其他各师，如法炮制，必要时将薛岳、严重两师长撤换，以固军心。等军事部署 就绪，共产党只是釜底游魂而已。”李宗仁的这番活，蒋听了有说不出的高兴。

正当李宗仁积极帮助蒋介石清党时，4月2日，汪精卫秘密抵沪，井与蒋进行了一系列 会谈。蒋介石希望汪立即回武汉政府，与他共同实行分共。汪虽赞同蒋的意见，但他在名义 上还是国民党左派领袖，不愿一回国就丢掉作为自己政治资本的旗帜；另外，蒋介石胡芦里 卖的什么药，他一时也摸不准，因此采取观望态度。4月5日，汪精卫为了政治上的需要， 与陈独秀发表了联合宣言，声称国共两党应该站在革命观点上，不听信任何谣言。不论这个 宣言”对蒋介石的清党行动起不到实际的阻止作用，但却惹怒了李宗仁，他颇为恼火地向蒋 介石建议，如汪不同意分共。将他软禁起来，不能放虎归山让他回武汉。蒋介石虽没有采取 李宗仁的建议，知道汪精卫最终会起而反共，倒向他这边，但对李的态度很欣赏。

蒋介石在得到李宗仁的军事上支持外，又得到上海资产阶级上层人物经济上的支持，于 4月12日，发动了政变。一个星期后，4月16日在南京建立了以他为首的国民政府。

南京政府成立后，1927年4月，蒋介石着手他的第二期北伐。此时，李宗仁虽挂衔第 四集团军总司令，但由于西北的冯玉祥、山西的阎锡山都加入北伐队伍，使北伐力量大增， 因此这阶段的北伐，他个人的作用，已远不如第一期北伐那样突出。然而，南京政权与武汉 政府的对峙，却使他在政治上的作用显得比较突出了。

南京政府成立后不久，便处于非常不利的局面：孙传芳残部据守苏北，与南京政权对 峙，伺机兴兵南犯，武汉政府反蒋由过去的唇枪舌战，开始变为兵刃相见。4月，武汉军分 兵两路，东征讨蒋，一路以唐生智为主力，沿长江以北向南京进发，一路以张发奎为主，沿 长江以南进发。李宗仁奉命率第七军溯江而上，过芜湖向江西进发，作西讨准备。正当双方 剑拔弩张之时，刚败北的孙传芳部和直鲁军主力，开始向南京进攻。南京危急，李宗仁立即 回师，并派参谋长王应榆往武汉游说，要武汉方面以北伐为重。武汉方面接受李宗仁的建 议，表示先分道北伐，待会师北京后再和平解决宁、汉纠纷。于是一场即将爆发的宁汉之 战，竟消弥于李宗仁的一番苦心之下。

一波刚平，一波又起。武汉方面虽暂时息事，但江西省主席朱培德却掀起反蒋热浪。他 衔蒋甚深，积忿日久，在致何应钦的长信中，力数蒋的偏私、狭隘、市私恩、图独裁等罪 状。李宗仁担心朱培德的反蒋情绪会引起武汉政府大员的连锁反应，后果难以设想，为蒋介 石政权计，他决定亲自赴赣面晤朱培德，以他的面子求得朱对蒋的谅解。5月8日，李自芜 湖专轮西上，翌日抵湖口。一见面，朱培德便诋责蒋介石，李遂乘话题劝说：“当务之急， 不是辨是非，而是解决实际问题，如何避免宁汉双方的军事火拼。”并强调说：如果真的动 干戈，两军相杀，“武汉方面有无制胜的把握呢？如双方俱伤，岂不为北方军阀造机会？” 李宗仁的一番话，说得朱培德初衷动摇，消除了原先的打算。

事实上，宁汉暂缓冲突，并非全靠李宗仁的如簧之舌，更主要的是双方此时各为利益所 迫。不久，蒋介石和汪精卫达成了“互相理解”的协议，5月21日，武汉汪精卫发动反共 事变。武汉行动，南京立即表示支持，李宗仁也于8月18日通电，表示对武汉以前“容 共”表示谅解，并称武汉分共后，“只有整个善后，并无两派争执，欢迎汉方重要人物赴宁 柄权。”李宗仁通电不久，汪精卫立刻作出反应，也致电李宗仁，表示“对共产党防制过 迟”，“至深内疚”。不难看出，此时的李宗仁是全力支持蒋介石的，作为一个强有力的军 人，他的政治活动和态度，对稳定初建的蒋介石政权起到了其他人难以替代的重要作用。