起昭陽單閼（癸卯），盡閼逢執徐（甲辰），凡二年。
安皇帝元興二年（癸卯、四o三年）
春，正月，盧循使司馬徐道覆寇東陽；二月，辛丑，建武將軍劉裕擊破之。道覆，循之姊夫也。
乙卯，以太尉玄為大將軍。
丁巳，玄殺冀州刺史孫無終。
玄上表請帥諸軍掃平關、洛，旣而諷朝廷下詔不許，乃云：「奉詔故止。」玄初欲飭裝，先命作輕舸，載服玩、書畫。或問其故，玄曰：「兵凶戰危，脫有意外，當使輕而易運。」衆皆笑之。
夏，四月，癸巳朔，日有食之。
南燕主備德故吏趙融自長安來，始得母兄凶問，備德號慟吐血，因而寢疾。
司隸校尉慕容達謀反，遣牙門皇璆攻端門，殿中帥侯赤眉開門應之；中黃門孫進扶備德踰城匿於進舍。段宏等聞宮中有變，勒兵屯四門。備德入宮，誅赤眉等；達出奔魏。
備德優遷徙之民，使之長復不役；民緣此迭相蔭冒，或百室合戶，或千丁共籍，以避課役。尚書韓〈言卓〉請加隱覈，備德從之，使〈言卓〉巡行郡縣，得蔭戶五萬八千。
泰山賊王始聚衆數萬，自稱太平皇帝，署置公卿；南燕桂林王鎮討禽之。臨刑，或問其父及兄弟安在，始曰：「太上皇蒙塵于外，征東、征西為亂兵所害。」其妻怒之曰：「君正坐此口，柰何尚爾！」始曰：「皇后不知，自古豈有不亡之國！朕則崩矣，終不改號！」
五月，燕王熙作龍騰苑，方十餘里，役徒二萬人；築景雲山於苑內，基廣五百步，峯高十七丈。
秋，七月，戊子，魏主珪北巡，作離宮於豺山。
平原太守和跋奢豪喜名，珪惡而殺之，使其弟毗等就與訣。跋曰：「灅北土瘠，可遷水南，勉為生計。」且使之背己，曰：「汝何忍視吾之死也！」毗等諭其意，詐稱使者，逃入秦。珪怒，滅其家。中壘將軍鄧淵從弟尚書暉與跋善，或譖諸珪曰：「毗之出亡，暉實送之。」珪疑淵知其謀，賜淵死。
南涼王傉檀及沮渠蒙遜互出兵攻呂隆，隆患之。秦之謀臣言於秦王興曰：「隆藉先世之資，專制河外，今雖飢窘，尚能自支，若將來豐贍，終不為吾有。涼州險絕，土田饒沃，不如因其危而取之。」興乃遣使徵呂超入侍。隆念姑臧終無以自存，乃因超請迎于秦。興遣尚書左僕射齊難、鎮西將軍姚詰、左賢王乞伏乾歸、鎮遠將軍趙曜帥步騎四萬迎隆于河西，南涼王傉檀攝昌松、魏安二戍以避之。八月，齊難等至姑臧，隆素車白馬迎于道旁。隆勸難擊沮渠蒙遜，蒙遜使臧莫孩拒之，敗其前軍。難乃與蒙遜結盟；蒙遜遣弟挐入貢于秦。難以司馬王尚行涼州刺史，配兵三千鎮姑臧，以將軍閻松為倉松太守，郭將為番禾太守，分戍二城，徙隆宗族、僚屬及民萬戶于長安，興以隆為散騎常侍，超為安定太守，自餘文武隨才擢敍。
初，郭黁常言「代呂者王」，故其起兵，先推王詳，後推王乞基；及隆東遷，王尚卒代之。黁從乞伏乾歸降秦，以為滅秦者晉也，遂來奔，秦人追得，殺之。
沮渠蒙遜伯父中田護軍親信、臨松太守孔篤，皆驕恣為民患，蒙遜曰：「亂吾法者，二伯父也。」皆逼之使自殺。
秦遣使者梁構至張掖，蒙遜問曰：「禿髮傉檀為公而身為侯，何也？」構曰：「傉檀凶狡，款誠未著，故朝廷以重爵虛名羈縻之。將軍忠貫白日，當入贊帝室，豈可以不信相待也！聖朝爵必稱功，如尹緯、姚晃，佐命之臣，齊難、徐洛，一時猛將，爵皆不過侯伯，將軍何以先之乎！昔竇融殷勤固讓，不欲居舊臣之右，不意將軍忽有此問！」蒙遜曰：「朝廷何不卽封張掖而更遠封西海邪？」構曰：「張掖，將軍已自有之，所以遠授西海者，欲廣大將軍之國耳。」蒙遜悅，乃受命。
荊州刺史桓偉卒，大將軍玄以桓脩代之。從事中郎曹靖之說玄曰：「謙、脩兄弟專據內外，權勢太重。」玄乃以南郡相桓石康為荊州刺史。石康，豁之子也。
劉裕破盧循於永嘉，追至晉安，屢破之，循浮海南走。
何無忌潛詣裕，勸裕於山陰起兵討桓玄。裕謀於土豪孔靖，靖曰：「山陰去都道遠，舉事難成；且玄未篡位，不如待其已篡，於京口圖之。」裕從之，靖，愉之孫也。
九月，魏主珪如南平城，規度灅南，將建新都。
侍中殷仲文、散騎常侍卞範之勸大將軍玄早受禪，陰撰九錫文及冊命。以桓謙為侍中、開府、錄尚書事，王謐為中書監、領司徒，桓胤為中書令，加桓脩撫軍大將軍。胤，沖之孫也。丙子，冊命玄為相國，總百揆，封十郡，為楚王，加九錫，楚國置丞相以下官。
桓謙私問彭城內史劉裕曰：「楚王勳德隆重，朝廷之情，咸謂宜有揖讓，卿以為何如？」裕曰：「楚王，宣武之子，勳德蓋世。晉室微弱，民望久移，乘運禪代，有何不可？」謙喜曰：「卿謂之可卽可耳。」
新野人庾仄，殷仲堪之黨也，聞桓偉死，石康未至，乃起兵襲雍州刺史馮該於襄陽，走之。仄有衆七千，設壇，祭七廟，云「欲討桓玄」，江陵震動。石康至州，發兵攻襄陽，仄敗，奔秦。
高雅之表南燕主備德，請伐桓玄曰：「縱未能廓清吳、會，亦可收江北之地。」中書侍郎韓範亦上疏曰：「今晉室衰亂，江、淮南北，戶口無幾，戎馬單弱。重以桓玄悖逆，上下離心；以陛下神武，發步騎一萬臨之，彼必土崩瓦解，兵不留行矣。得而有之，秦、魏不足敵也；拓地定功，正在今日。失時不取，彼之豪傑誅滅桓玄，更脩德政，豈惟建康不可得，江北亦無望矣。」備德曰：「朕以舊邦覆沒，欲先定中原，乃平蕩荊、揚，故未南征耳。其令公卿議之。」因講武城西，步卒三十七萬人，騎五萬三千匹，車萬七千乘。公卿皆以為玄新得志，未可圖，乃止。
冬，十月，楚王玄上表請歸藩，使帝作手詔固留之。又詐言錢塘臨平湖開，江州甘露降，使百僚集賀，用為己受命之符。又以前世皆有隱士，恥於己時獨無，求得西朝隱士安定皇甫謐六世孫希之，給其資用，使隱居山林；徵為著作郎，使希之固辭不就，然後下詔旌禮，號曰高士。時人謂之「充隱。」又欲廢錢用穀、帛及復肉刑，制作紛紜，志無一定，變更回復，卒無所施行。性復貪鄙，人士有法書、好畫及佳園宅，必假蒲博而取之；尤愛珠玉，未嘗離手。
乙卯，魏主珪立其子嗣為齊王，加位相國；紹為清河王，加征南大將軍；熙為陽平王；曜為河南王。
丁巳，魏將軍伊謂帥騎二萬襲高車餘種袁紇、烏頻；十一月，庚午，大破之。
詔楚王玄行天子禮樂，妃為王后，世子為太子。丁丑，卞範之為禪詔，使臨川王寶逼帝書之。寶，晞之曾孫也。庚辰，帝臨軒，遣兼太保、領司徒王謐奉璽綬，禪位于楚；壬午，帝出居永安宮；癸未，遷太廟神主于琅邪國，穆章何皇后及琅邪王德文皆徙居司徒府。百官詣姑孰勸進。十二月，庚寅朔，玄築壇於九井山北，壬辰，卽皇帝位。冊文多非薄晉室，或諫之，玄曰：「揖讓之文，正可陳之於下民耳，豈可欺上帝乎！」大赦，改元永始；以南康之平固縣封帝為平固王，降何后為零陵縣君，琅邪王德文為石陽縣公，武陵王遵為彭澤縣侯；追尊父溫為宣武皇帝，廟號太祖，南康公主為宣皇后，封子昇為豫章王；以會稽內史王愉為尚書僕射，愉子相國左長史綏為中書令。綏，桓氏之甥也。戊戌，玄入建康宮，登御坐而牀忽陷，羣下失色。殷仲文曰：「將由聖德深厚，地不能載。」玄大悅。梁王珍之國臣孔樸奉珍之奔壽陽。珍之，晞之曾孫也。
戊申，燕王熙尊燕主垂之貴嬪段氏為皇太后。段氏，熙之慈母也。己酉，立苻貴嬪為皇后，大赦。
辛亥，桓玄遷帝於尋陽。
燕以衞尉悅真為青州刺史，鎮新城；光大夫衞駒為幷州刺史，鎮凡城。
癸丑，納桓溫神主于太廟。桓玄臨聽訟觀閱囚徒，罪無輕重，多得原放；有干輿乞者，時或卹之。其好行小惠如此。
是歲，魏主珪始命有司制冠服，以品秩為差；然法度草創，多不稽古。
安帝元興三年（甲辰、四o四年）
春，正月，桓玄立其妻劉氏為皇后。劉氏，喬之曾孫也。玄以其祖彝以上名位不顯，不復追尊立廟。散騎常侍徐廣曰：「『敬其父則子悅，』請依故事立七廟。」玄曰：「禮，太祖東向，左昭右穆。晉立七廟，宣帝不得正東向之位，何足法也！」祕書監卞承之謂廣曰：「若宗廟之祭果不及祖，有以知楚德之不長矣。」廣，邈之弟也。
玄自卽位，心常不自安。二月，己丑朔，夜，濤水入石頭，流殺人甚多，讙譁震天。玄聞之懼，曰：「奴輩作矣！」
玄性苛細，好自矜伐。主者奏事，或一字不體，或片辭之謬，必加糾擿，以示聰明。尚書答詔誤書「春蒐」為「春菟」，自左丞王納之以下，凡所關署，皆被降黜。或手注直官，或自用令史，詔令紛紜，有司奉答不暇；而紀綱不治，奏案停積，不能知也。又性好遊畋，或一日數出。遷居東宮，更繕宮室，土木並興，督迫嚴促，朝野騷然，思亂者衆。
玄遣使加益州刺史毛璩散騎常侍、左將軍。璩執留玄使，不受其命。璩，寶之孫也。玄以桓希為梁州刺史，分命諸將戍三巴以備之。璩傳檄遠近，列玄罪狀，遣巴東太守柳約之、建平太守羅述、征虜司馬甄季之擊破希等，仍帥衆進屯白帝。
劉裕從徐 兗二州刺史、安成王桓脩入朝。玄謂王謐曰：「裕風骨不常，蓋人傑也。」每遊集，必引接殷勤，贈賜甚厚。玄后劉氏，有智鑒，謂玄曰：「劉裕龍行虎步，視瞻不凡，恐終不為人下，不如早除之。」玄曰：「我方平蕩中原，非裕莫可用者；俟關、河平定，然後別議之耳。」
玄以桓弘為青州刺史，鎮廣陵；刁逵為豫州刺史，鎮歷陽。弘，脩之弟；逵，彝之子也。
劉裕與何無忌同舟還京口，密謀興復晉室。劉邁弟毅家於京口，亦與無忌謀討玄。無忌曰：「桓氏強盛，其可圖乎？」毅曰：「天下自有強弱；苟為失道，雖強易弱，正患事主難得耳。」無忌曰：「天下草澤之中非無英雄也。」毅曰：「所見唯有劉下邳。」無忌笑而不答，還以告裕，遂與毅定謀。
初，太原王元德及弟仲德為苻氏起兵攻燕主垂，不克，來奔，朝廷以元德為弘農太守。仲德見桓玄稱帝，謂人曰：「自古革命誠非一族，然今之起者恐不足以成大事。」
平昌孟昶為青州主簿，桓弘使昶至建康，玄見而悅之，謂劉邁曰：「素士中得一尚書郎，卿與其州里，寧相識否？」邁素與昶不善，對曰：「臣在京口，不聞昶有異能，唯聞父子紛紛更相贈詩耳。」玄笑而止。昶聞而恨之，旣還京口，裕謂昶曰：「草間當有英雄起，卿頗聞乎？」昶曰：「今日英雄有誰，正當是卿耳！」
於是裕、毅、無忌、元德、仲德、昶及裕弟道規、任城魏詠之、高平檀憑之、琅邪諸葛長民、河內太守隴西辛扈興、振威將軍東莞童厚之，相與合謀起兵。道規為桓弘中兵參軍，裕使毅就道規及昶於江北，共殺弘，據廣陵；長民為刁逵參軍，使長民殺逵，據歷陽；元德、扈興、厚之在建康，使之聚衆攻玄為內應，刻期齊發。
孟昶妻周氏富於財，昶謂之曰：「劉邁毀我於桓公，使我一生淪陷，我決當作賊。卿幸早離絕，脫得富貴，相迎不晚也。」周氏曰：「君父母在堂，欲建非常之謀，豈婦人所能諫！事之不成，當於奚官中奉養大家，義無歸志也。」昶悵然，久之而起。周氏追昶坐，曰：「觀君舉措，非謀及婦人者，不過欲得財物耳。」因指懷中兒示之曰：「此而可賣，亦當不惜。」遂傾貲以給之。昶弟顗妻，周氏之從妹也，周氏紿之曰：「昨夜夢殊不祥，門內絳色物宜悉取以為厭勝。」妹信而與之，遂盡縫以為軍士袍。
何無忌夜於屏風裏草檄文，其母，劉牢之姊也，登橙密窺之，泣曰：「吾不及東海呂母明矣。汝能如此，吾復何恨！」問所與同謀者，曰：「劉裕。」母尤喜，因為言玄必敗，舉事必成之理以勸之。
乙卯，裕託以遊獵，與無忌收合徒衆，得百餘人。丙辰，詰旦，京口城開，無忌著傳詔服，稱敕使，居前，徒衆隨之齊入，卽斬桓脩以徇。脩司馬刁弘帥文武佐吏來赴，裕登城，謂之曰：「郭江州已奉乘輿返正於尋陽，我等並被密詔，誅除逆黨，今日賊玄之首已當梟於大航矣。諸君非大晉之臣乎，今來欲何為！」弘等信之，收衆而退。
裕問無忌曰：「今急須一府主簿，何由得之？」無忌曰：「無過劉道民。」道民者，東莞劉穆之也。裕曰：「吾亦識之。」卽馳信召焉。時穆之聞京口讙噪聲，晨起，出陌頭，屬與信會。穆之直視不言者久之，旣而返室，壞布裳為袴，往見裕。裕曰：「始舉大義，方造艱難，須一軍吏甚急，卿謂誰堪其選？」穆之曰：「貴府始建，軍吏實須其才，倉猝之際，略當無見踰者。」裕笑曰：「卿能自屈，吾事濟矣。」卽於坐署主簿。
孟昶勸桓弘其日出獵，天未明，開門出獵人；昶與劉毅、劉道規帥壯士數十人直入，弘方噉粥，卽斬之。因收衆濟江。裕使毅誅刁弘。
先是，裕遣同謀周安穆入建康報劉邁，邁雖酬許，意甚惶懼；安穆慮事泄，乃馳歸。玄以邁為竟陵太守，邁欲亟之郡。是夜，玄與邁書曰：「北府人情云何？卿近見劉裕何所道？」邁謂玄已知其謀，晨起，白之。玄大驚，封邁為重安侯。旣而嫌邁不執安穆，使得逃去，乃殺之，悉誅元德、扈興、厚之等。
衆推劉裕為盟主，總督徐州事，以孟昶為長史，守京口，檀憑之為司馬。彭城人應募者，裕悉使郡主簿劉鍾統之。丁巳，裕帥二州之衆千七百人，軍于竹里，移檄遠近，聲言益州刺史毛璩已定荊楚，江州刺史郭昶之奉迎主上返正於尋陽，鎮北參軍王元德等並帥部曲保據石頭，揚武將軍諸葛長民已據歷陽。
玄移還上宮，召侍官皆入止省中；加揚州刺史新野王桓謙征討都督，以殷仲文代桓脩為徐、兗二州刺史。謙等請亟遣兵擊裕，玄曰：「彼兵銳甚，計出萬死，若有蹉跌，則彼氣成而吾事去矣，不如屯大衆於覆舟山以待之。彼空行二百里，無所得，銳氣已挫，忽見大軍，必驚愕；我按兵堅陣，勿與交鋒，彼求戰不得，自然散走，此策之上也。」謙等固請擊之，乃遣頓丘太守吳甫之、右衞將軍皇甫敷相繼北上。
玄憂懼特甚。或曰：「裕等烏合微弱，勢必無成，陛下何慮之深？」玄曰：「劉裕足為一世之雄；劉毅家無檐石之儲，樗蒲一擲百萬；何無忌酷似其舅；共舉大事，何謂無成！」
南涼王傉檀畏秦之強，乃去年號，罷尚書丞郎官，遣參軍關尚使于秦。秦王興曰：「車騎獻款稱藩，而擅興兵造大城，豈為臣之道乎？」尚曰：「王公設險以守其國，先王之制也。車騎僻在遐藩，密邇勍寇，蓋為國家重門之防；不圖陛下忽以為嫌。」興善之。傉檀求領涼州，興不許。
初，袁真殺朱憲，憲弟綽逃奔桓溫。溫克壽陽，綽輒發真棺，戮其尸。溫怒，將殺之，桓沖請而免之。綽事沖如父，沖薨，綽嘔血而卒。劉裕克京口，以綽子齡石為建武參軍。三月，戊午朔，裕軍與吳甫之遇於江乘。將戰，齡石言於裕曰：「齡石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在軍後。」裕義而許之。甫之，玄驍將也，其兵甚銳。裕手執長刀，大呼以衝之，衆皆披靡，卽斬甫之，進至羅落橋。皇甫敷帥數千人逆戰，寧遠將軍檀憑之敗死。裕進戰彌厲，敷圍之數重，裕倚大樹挺戰。敷曰：「汝欲作何死！」拔戟將刺之，裕瞋目叱之，敷辟易。裕黨俄至，射敷中額而踣，裕援刀直進。敷曰：「君有天命，以子孫為託。」裕斬之，厚撫其孤。裕以檀憑之所領兵配參軍檀祗。祗，憑之之從子也。
玄聞二將死，大懼，召諸道術人推算及為厭勝。問羣臣曰：「朕其敗乎？」吏部郎曹靖之對曰：「民怨神怒，臣實懼焉。」玄曰：「民或可怨，神何為怒？」對曰：「晉氏宗廟，飄泊江濱，大楚之祭，上不及祖，此其所以怒也。」玄曰：「卿何不諫？」對曰：「輦上君子皆以為堯、舜之世，臣何敢言！」玄默然。使桓謙及游擊將軍何澹之屯東陵，侍中、後將軍卞範之屯覆舟山西，衆合二萬。
己未，裕軍食畢，悉棄其餘糧，進至覆舟山東，使羸弱登山，張旗幟為疑兵，數道並前，布滿山谷。玄偵候者還，云「裕軍四塞，不知多少。」玄益憂恐，遣武衞將軍庾賾之帥精卒副援諸軍。謙等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有鬬志。裕與劉毅等分為數隊，進突謙陳；裕以身先之，將士皆殊死戰，無不一當百，呼聲動天地。時東北風急，因縱火焚之，煙炎熛天，鼓噪之音震動京邑，謙等諸軍大潰。
玄時雖遣軍拒裕，而走意已決，潛使領軍將軍殷仲文具舟於石頭；聞謙等敗，帥親信數千人，聲言赴戰，遂將其子昇，兄子濬出南掖門。遇前相國參軍胡藩，執馬鞚諫曰：「今羽林射手猶有八百，皆是義故，西人受累世之恩，不驅令一戰，一旦捨此，欲安之乎！」玄不對，但舉策指天；因鞭馬而走，西趨石頭，與仲文等浮江南走。經日不食，左右進粗飯，玄咽不能下，昇抱其胸而撫之，玄悲不自勝。
裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕於馬上抱方回與仲德對哭；追贈元德給事中，以仲德為中軍參軍。裕止桓謙故營，遣劉鍾據東府。庚申，裕屯石頭城，立留臺百官，焚桓溫神主於宣陽門外，造晉新主，納于太廟。遣諸將追玄，尚書王嘏帥百官奉迎乘輿，誅玄宗族在建康者。裕使臧熹入宮，收圖書、器物，封閉府庫；有金飾樂器，裕問熹：「卿得無欲此乎？」熹正色曰：「皇上幽逼，播越非所，將軍首建大義，劬勞王家，雖復不肖，實無情於樂。」裕笑曰：「聊以戲卿耳。」熹，燾之弟也。
壬戌，玄司徒王謐與衆議推裕領揚州，裕固辭，乃以謐為侍中、領司徒、揚州刺史、錄尚書事，謐推裕為使持節、都督揚 徐 兗 豫 青 冀 幽 幷八州諸軍事、徐州刺史，劉毅為青州刺史，何無忌為琅邪內史，孟昶為丹陽尹，劉道規為義昌太守。
裕始至建康，諸大處分皆委於劉穆之，倉猝立定，無不允愜。裕遂託以腹心，動止諮焉；穆之亦竭節盡誠，無所遣隱。時晉政寬弛，綱紀不立，豪族陵縱，小民窮蹙，重以司馬元顯政令違舛，桓玄雖欲釐整，而科條繁密，衆莫之從。穆之斟酌時宜，隨方矯正；裕以身範物，先以威禁；內外百官皆肅然奉職，不盈旬日，風俗頓改。
初，諸葛長民至豫州，失期，不得發。刁逵執長民，檻車送桓玄。至當利而玄敗，送人共破檻出長民，還趣歷陽。逵棄城走，為其下所執，斬於石頭，子姪無少長皆死，唯赦其季弟給事中騁。逵故吏匿其弟子雍送洛陽，秦王興以為太子中庶子。裕以魏詠之為豫州刺史，鎮歷陽，諸葛長民為宣城內史。
初，裕名微位薄，輕狡無行，盛流皆不與相知，惟王謐獨奇貴之，謂裕曰：「卿當為一代英雄。」裕嘗與刁逵樗蒲，不時輸直，逵縛之馬枊。謐見之，責逵而釋之，代之還直。由是裕深憾逵而德謐。
蕭方等曰：夫蛟龍潛伏，魚蝦褻之。是以漢高赦雍齒，魏武免梁鵠，安可以布衣之嫌而成萬乘之隙也！今王謐為公，刁逵亡族，醻恩報怨，何其狹哉！
尚書左僕射王愉及子荊州刺史綏謀襲裕，事泄，族誅；綏弟子慧龍為僧彬所匿，得免。
魏以中土蕭條，詔縣戶不滿百者罷之。
丁卯，劉裕遷鎮東府。
桓玄至尋陽，郭昶之給其器用、兵力。辛未，玄逼帝西上，劉毅帥何無忌、劉道規等諸軍追之。玄留龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓與郭昶之守湓口。玄於道自作起居注，敍討劉裕事，自謂經略舉無遺策，諸軍違節度，以致奔敗。專覃思著述，不暇與羣下議時事。起居注旣成，宣示遠近。
丙戌，劉裕稱受帝密詔，以武陵王遵承制總百官行事，加侍中、大將軍，因大赦，惟桓玄一族不宥。
劉敬宣、高雅之結青州大姓及鮮卑豪帥謀殺南燕主備德，推司馬休之為主。備德以劉軌為司空，甚寵信之。雅之欲邀軌同謀，敬宣曰：「劉公衰老，有安齊之志，不可告也。」雅之卒告之，軌不從。謀頗泄，敬宣等南走，南燕人收軌，殺之，追及雅之，又殺之。敬宣、休之至淮、泗間，聞桓玄敗，遂來歸，劉裕以敬宣為晉陵太守。
南燕主備德聞桓玄敗，命北地王鍾等將兵欲取江南，會備德有疾而止。
夏，四月，己丑，武陵王遵入居東宮，內外畢敬；遷除百官稱制書，敎稱令書。以司馬休之監荊 益 梁 寧 秦 雍六州諸軍事、領荊州刺史。
庚寅，桓玄挾帝至江陵，桓石康納之。玄更署置百官，以卞範之為尚書僕射。自以奔敗之後，恐威令不行，乃更增峻刑罰，衆益離怨。殷仲文諫，玄怒曰：「今以諸將失律，天文不利，故還都舊楚；而羣小紛紛，妄興異議！方當糾之以猛，未可施之以寬也。」荊、江諸郡聞玄播越，有上表奔問起居者，玄皆不受，更令所在賀遷新都。
初，王謐為玄佐命元臣，玄之受禪，謐手解帝璽綬；及玄敗，衆謂謐宜誅，劉裕特保全之。劉毅嘗因朝會，問謐璽綬所在。謐內不自安，逃奔曲阿。裕牋白武陵王，迎還復位。
桓玄兄子歆引氐帥楊秋寇歷陽，魏詠之帥諸葛長民、劉敬宣、劉鍾共擊破之，斬楊秋於練固。
玄使武衞將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭帥數千人就何澹之等共守湓口。何無忌、劉道規至桑落洲，庚戌，澹之等引舟師逆戰。澹之常所乘舫羽儀旗幟甚盛，無忌曰：「賊帥必不居此，欲詐我耳，宜亟攻之。」衆曰：「澹之不在其中，得之無益。」無忌曰：「今衆寡不敵，戰無全勝，澹之旣不居此舫，戰士必弱，我以勁兵攻之，必得之，得之，則彼勢沮而我氣倍，因而薄之，破賊必矣。」道規曰：「善！」遂往攻而得之，因傳呼曰：「已得何澹之矣！」澹之軍中驚擾。無忌之衆亦以為然，乘勝進攻澹之等，大破之。無忌等克湓口，進據尋陽，遣使奉送宗廟主祏還京師。加劉裕都督江州諸軍事。
桑落之戰，胡藩所乘艦為官軍所燒，藩全鎧入水，潛行三十許步，乃得登岸。時江陵路已絕，乃還豫章。劉裕素聞藩為人忠直，引參領軍軍事。
桓玄收集荊州兵，曾未三旬，有衆二萬，樓船、器械甚盛。甲寅，玄復帥諸軍挾帝東下，以苻宏領梁州刺史，為前鋒；又使散騎常侍徐放先行，說劉裕等曰：「若能旋軍散甲，當與之更始，各授位任，令不失分。」
劉裕以諸葛長民都督淮北諸軍事，鎮山陽；以劉敬宣為江州刺史。
柔然可汗社崙從弟悅代大〈冄阝〉謀殺社崙，不克，奔魏。
燕王熙於龍騰苑起逍遙宮，連房數百，鑿曲光海，盛夏，士卒不得休息，暍死者太半。
西涼世子譚卒。
劉毅、何無忌、劉道規、下邳太守平昌孟懷玉帥衆自尋陽西上，五月，癸酉，與桓玄遇於崢嶸洲。毅等兵不滿萬人，而玄戰士數萬，衆憚之，欲退還尋陽。道規曰：「不可！彼衆我寡，強弱異勢，今若畏懦不進，必為所乘，雖至尋陽，豈能自固！玄雖竊名雄豪，內實恇怯；加之已經奔敗，衆無固心。決機兩陣，將雄者克，不在衆也。」因麾衆先進，毅等從之。玄常漾舸於舫側以備敗走，由是衆莫有鬬心。毅等乘風縱火，盡銳爭先，玄衆大潰，燒輜重夜遁。郭銓詣毅降。
玄故將劉統、馮稚等聚黨四百人襲破尋陽城。毅遣建威將軍劉懷肅討平之。懷肅，懷敬之弟也。
玄挾帝單舸西走，留永安何皇后及王皇后於巴陵。殷仲文時在玄艦，求出別船收集散卒，因叛玄，奉二后奔夏口，遂還建康。
己卯，玄與帝入江陵。馮該勸使更下戰，玄不從；欲奔漢中就桓希，而人情乖沮，號令不行。庚辰，夜中，處分欲發，城內已亂，乃與親近腹心百餘人乘馬出城西走。至城門，左右於闇中斫玄，不中，其徒更相殺害，前後交橫。玄僅得至船，左右分散，惟卞範之在側。
辛巳，荊州別駕王康產奉帝入南郡府舍，太守王騰之帥文武為侍衞。
玄將之漢中；屯騎校尉毛脩之，璩之弟子也，誘玄入蜀，玄從之。寧州刺史毛璠，璩之弟也，卒於官。璩使其兄孫祐之及參軍費恬帥數百人送璠喪歸江陵，壬午，遇玄於枚回洲。祐之、恬迎擊玄，矢下如雨，玄嬖人丁仙期、萬蓋等以身蔽玄，皆死。益州督護漢嘉馮遷抽刀，前欲擊玄，玄拔頭上玉導與之，曰：「汝何人，敢殺天子！」遷曰：「我殺天子之賊耳！」遂斬之，又斬桓石康、桓濬、庾賾之，執桓昇送江陵，斬於市。乘輿返正於江陵，以毛脩之為驍騎將軍。甲申，大赦，諸以畏逼從逆者一無所問。戊寅，奉神主于太廟。劉毅等傳送玄首，梟于大桁。
毅等旣戰勝，以為大事已定，不急追躡，又遇風，船未能進，玄死幾一旬，諸軍猶未至。時桓謙匿於沮中，揚武將軍桓振匿於華容浦，玄故將王稚徽戍巴陵，遣人報振云「桓歆已克京邑，馮稚復克尋陽，劉毅諸軍並中路敗退。」振大喜，聚黨得二百人，襲江陵，桓謙亦聚衆應之。閏月，己丑，復陷江陵，殺王康產、王騰之。振見帝於行宮，躍馬奮戈，直至階下，問桓昇所在。聞其已死，瞋目謂帝曰：「臣門戶何負國家，而屠滅若是！」琅邪王德文下牀謂曰：「此豈我兄弟意邪！」振欲殺帝，謙苦禁之，乃下馬，斂容致拜而出。壬辰，振為玄舉哀，立喪庭，諡曰武悼皇帝。
癸巳，謙等帥羣臣奉璽綬於帝曰：「主上法堯禪舜，今楚祚不終，百姓之心復歸於晉矣。」以琅邪王德文領徐州刺史，振為都督八州諸軍事、荊州刺史，謙復為侍中、衞將軍，加江、豫二州刺史，帝侍御左右，皆振之心腹也。
振少薄行，玄不以子妷齒之。至是，歎曰：「公昔不早用我，遂致此敗。若使公在，我為前鋒，天下不足定也。今獨作此，安歸乎？」遂縱意酒色，肆行誅殺。謙勸振引兵下戰，己守江陵，振素輕謙，不從其言。
劉毅至巴陵，誅王稚徽。何無忌、劉道規進攻桓謙於馬頭，桓蔚於龍泉，皆破之。蔚，祕之子也。
無忌欲乘勝直趣江陵，道規曰：「兵法屈申有時，不可苟進。諸桓世居西楚，羣小皆為竭力；振勇冠三軍，難與爭鋒。且可息兵養銳，徐以計策縻之，不憂不克。」無忌不從。振逆戰於靈溪，馮該以兵會之，無忌等大敗，死者千餘人。退還尋陽，與劉毅等上牋請罪。劉裕以毅節度諸軍，免其青州刺史。桓振以桓蔚為雍州刺史，鎮襄陽。
柳約之、羅述、甄季之聞桓玄死，自白帝進軍至枝江，聞何無忌等敗於靈溪，亦引兵退，俄而述、季之皆病，約之詣桓振偽降，欲謀襲振，事泄，振殺之。約之司馬時延祖、涪陵太守文處茂收其餘衆，保涪陵。
六月，毛璩遣將攻漢中，斬桓希，璩自領梁州。
秋，七月，戊申，永安皇后何氏崩。
燕苻昭儀有疾，龍城人王榮自言能療之。昭儀卒，燕王熙立榮於公車門，支解而焚之。
八月，癸酉，葬穆章皇后于永平陵。
魏置六謁官，準古六卿。
九月，刁騁謀反，伏誅，刁氏遂亡。刁氏素富，奴客縱橫，專固山澤，為京口之患。劉裕散其資蓄，令民稱力而取之，彌日不盡；時州郡饑弊，民賴之以濟。
乞伏乾歸及楊盛戰于竹嶺，為盛所敗。
西涼公暠立子歆為世子。
魏主珪臨昭陽殿改補百官，引朝臣文武，親加銓擇，隨才授任。列爵四等：王封大郡，公封小郡，侯封大縣，伯封小縣。其品第一至第四，舊臣有功無爵者追封之，宗室疏遠及異姓襲封者降爵有差。又置散官五等，其品第五至第九；文官造士才能秀異、武官堪為將帥者，其品亦比第五至第九；百官有闕，則取於其中以補之。其官名多不用漢、魏之舊，倣上古龍官、鳥官，謂諸曹之使為鳧鴨，取其飛之迅疾也；謂候官伺察者為白鷺，取其延頸遠望也；餘皆類此。
盧循寇南海，攻番禺。廣州刺史濮陽吳隱之拒守百餘日。冬，十月，壬戌，循夜襲城而陷之，燒府舍、民室俱盡，執吳隱之。循自稱平南將軍，攝廣州事。聚燒骨為共冢，葬於洲上，得髑髏三萬餘枚。又使徐道覆攻始興，執始興相阮腆之。
劉裕領青州刺史。
劉敬宣在尋陽，聚糧繕船，未嘗無備，故何無忌等雖敗退，賴以復振。桓玄兄子亮自稱江州刺史，寇豫章，敬宣擊破之。
劉毅、何無忌、劉道規復自尋陽西上，至夏口。桓振遣鎮東將軍馮該守東岸，揚武將軍孟山圖據魯山城，輔國將軍桓仙客守偃月壘，衆合萬人，水陸相援。毅攻魯山城，道規攻偃月壘，無忌遏中流，自辰至午，二城俱潰，生禽山圖、仙客，該走石城。
辛巳，魏大赦，改元天賜。築西宮。十一月，魏主珪如西宮，命宗室置宗師，八國置大師、小師，州郡亦各置師，以辨宗黨，舉才行，如魏、晉中正之職。
燕王熙與苻后遊畋，北登白鹿山，東踰青嶺，南臨滄海而還，土卒為虎狼所殺及凍死者五千餘人。
十二月，劉毅等進克巴陵。毅號令嚴整，所過百姓安悅。劉裕復以毅兗州刺史。
桓振以桓放之為益州刺史，屯西陵；文處茂擊破之，放之走還江陵。
高句麗侵燕。
戊辰，魏主珪如豺山宮。
是歲，晉民避亂，襁負之淮北者道路相屬。
