承應元年壬辰（永明永曆六年、魯監國七年、清順治九年），正月，永曆駕在安隆（明史稿、行在陽秋）。成功攻海澄，降城守郝文興，授左都督（鄭成功傳）。二月，清師破嘉定入欽，永和以瓊州降。四月，清殺孫元允（行在陽秋）。成功轉攻長泰。中提督甘輝與清王進勇並冠兩軍（明清鬥記曰：「甘輝，漳州人，生而顈悟，猛勇絕倫，善騎射，學兵法而通四夷事；弘光中，仕鄭氏為提督征討諸軍事）；適相會，親挺戰，自巳至午，勝敗不決。兩軍止戰而觀，驚以為神。既而兩軍共逼，于是解去。王進入長泰據城，輝日夜攻弗克。清浙閩總督陳錦來援，輝迎擊走之；復攻長泰，遂陷之。進遁去，保郡城；漳屬邑悉降。進，綽號老虎，清范承謨稱其能，薦為閩將；後從耿精忠叛于清。五月，金衢總兵馬逢知援長泰，戰少利，突入郡城。成功築堤鎮門山，灌城以水（鄭成功傳）。七月，陳錦復來援長泰，其奴刺錦而歸成功（鄭成功傳、三朝實錄）；成功賞其功，既而曰：「僕戕主而赦之，是天下無刑也」！終殺之（鄭成功傳）。八月，芝龍請清主曰：其祖父墳墓在福建，留繼母及子弟各一人于其地，妻妾及二子搬取來京；清主許之（三朝實錄。按芝龍前妻娶本邦者既死于兵，此所謂妻者，蓋繼室也）。十月，成功圍漳州城，凡六閱月（三藩紀事作「七閱月」，誤），城中食盡，人相食，枕藉死者七十餘萬人，間存者氣息僅相屬，雖悲泣無淚。有一士人饑死，鄰舍兒竊食其肉，腸中皆故紙，字畫隱隱可辨。周亮工作詩紀實，酸楚淒痛。至是，清金固山來援，成功解圍，遣柯朋接戰；成功久頓堅城下，師老糧乏，朋敗。遣陳鳳、周全斌，皆敗。成功將退，猶不徹中軍蓋，是以大崩，收兵保海澄（鄭成功傳。按名家詩人小傳曰：「周亮工以謀解清漳之圍，人驚為神施鬼設）。清主有意招撫，謂「芝龍既降，子弟何忍背父兄，此必地方官不體我意，行事乖張所致；成功等雖有心向化，無路上達。若成功等來歸，就用之海上，不令必赴京」。令芝龍作書遣使諭成功及鴻逵；且敕其浙閩總督劉清泰曰：「俟芝龍家人回信到閩，成功等悔罪歸順，一面奏報，一面遣才幹官一、二員到彼審察事情，歸順稱實，赦罪授官，置原任地；若執迷不悟，爾即進勦」（三朝實錄）。
二年癸巳（永明永曆七年、魯監國八年、清順治十年），正月，永曆駕在安隆（明史稿、行在陽秋。明清鬥記曰；「是月，清主遣將陳某為福建軍門，成功共戰于角尾所，陳部下兵殺陳而降；清主再遣海利王為軍門，成功迎擊而大敗之」）。二月，先是馬得功之襲廈門也，略奪成功家資；至是，劉清泰奏清主曰：「日者撫臣張學聖、道臣黃澍、鎮臣馬得功垂涎于成功金穴，窺其他出，潛師往襲，悉攫其家資，以致鄭逆索償修怨，海郡淪陷；三臣罪固難遁」。清主敕褫學聖、得功等職，下之刑部（三朝實錄）。四月，郝尚久復以潮州內附（行在陽秋）。五月，金固山攻海澄，城壞百餘丈；成功親立雉堞，左右死者山積，指揮自若，益治軍，遂不能破。既而矢砲雨下，成功呼曰：「天尚佐我乎」！俄而下息，砲碎其座。一日，空砲頻發，成功曰：「敵將逼城」。勒兵令各持斧，令曰：「敵至方斫」。清兵果跳濠登城，一卒速揮巨斧，眾從之，隨斫隨落，濠為之平。固山宵遁，澄守益堅；以卒為都督。是時，濱海騷擾，餽饟不給，令黃愷主餉。愷小有才，然招權貪財，民不聊生，成功收殺之。鄭氏兵興以來，軍律肅然，兵士無淫略，故孺子婦人至與軍行爭道。軍餉或乏，乞索富家，不需之小民（鄭成功傳）。是月，清主封芝龍為同安侯、成功為海澄公、鴻逵為奉化伯、芝豹為左都督（三朝實錄、鄭成功傳）。成功不從；芝豹奉命與嫡母顏氏共入京。成功乘招撫機，上陸縱橫福、興、泉、漳間。九月，清攻潮州，尚久乞援于成功，成功遣兵救之；既而尚久疑不納，潮終破（鄭成功傳），尚久死。十月，清陷吳川縣（行在陽秋）。是月，芝龍言清主曰：「前者奉招撫鴻逵、成功之命，臣即遣人貽書傳聖意，成功不奉命受封」。于是，清主令議政王貝勒大臣確議以聞。十一月，清主敕諭成功曰：「朕惟閩海奧區，兵戎重寄，置資勳冑，以靖封疆。爾成功乃我朝世襲同安侯鄭芝龍之子，曩大兵下閩，芝龍首倡來歸，雖經敘錄，未稱報功。緣睿王疑心輕聽，不計周全恩養，以致爾疑懼淹留，跡寄海中，情甘化外。朕念父子大倫，慈孝天性，父既為功臣，子豈願為仇敵？但道阻且修，爾心無由上達。前者李德等持爾家書至，朕令細詢口語，悉爾至情，朕惻然念之。推心置腹，何分新舊。即使海隅底定，防鎮亦必需人；與其別擇他人，豈如任用爾等！朕因加之封爵，畀以事權，聿同開國之功，特賜承家之慶。茲封爾為海澄公，掛靖海將軍印，照例食俸。因爾兵卒房地原在泉、漳、惠、潮四府，即命駐此四府地方，止將四府水陸寨遊營兵餉，撥爾部官兵，不足不別補正額；錢糧仍行解部。其管民文官俱聽部選，爾原轄武官聽爾酌量委用；姓名官銜，開冊送部，即將歸順官兵數目，詳開奏聞。海上諸寇，爾須相機防勦，洋船往來，俱著管理，稽察奸宄；收取課稅，交布政司解京。地方官計、民間詞訟、錢糧等項，俱系有司職掌，有督撫管理，爾不得干預。爾膺此寵嘉、受茲信任，務殫心竭力以圖報稱。海濱寧謐，惟爾之功；如果建有殊勳，仍加懋賞。山河帶礪，垂于永久；忠孝兩全，身名俱泰，豈不休哉！爾其欽承之，毋替朕命」。又曰：「朕臨御天下，思與百姓休息，底于太平。有負固不服者則兵之，其有輸誠國家、矢忠宣力者爵賞之，曷有靳焉。爾父鄭芝龍首先投順，忠誠可嘉！特畀侯爵，世世延賞。封爾為海澄公，洎爾叔（？）一門恩榮。朕豈憚于用兵如此哉？但以為力服明威，何如布恩示信。爾不祗承敕印，爾仍遣李德等來，爾父持爾書入告。朕覽書，內有「君擇臣、臣亦擇君」之語。爾來投誠，正是擇君；朕破格委任，正是擇臣。君臣一心，至誠相待，何有不信之處？又曰爾父為貝勒所紿，屈抑數年。爾父在睿王時果有猜疑看守之事，朕親政以來，優厚大臣，加陞爾父官爵，同舊人前列，恩禮罔間，想爾亦已悉知之。又曰「一攻一議，二三其令」。但固山奉命在先，劉清泰招撫在後，及爾差人一到，即令徹兵（按固山圍澄，不克遁去，而此云令徹兵者飾言也），何嘗失信？又云畀以三省，海寇總令管理防勦，並非沿海地方。前敕甚明，豈可援以為請？又云三府屯兵，並轄三省沿海地。原敕止有泉州等處，並未有三府之說，此傳言之誤。爾言一府未足屯兵，未為不是。又云「島上諸紳，藉沒已盡」；道、府、縣視為奇貨，或亦有之；諸人果非叛逆，有司何得執問？既系叛逆，窮究黨與，亦未為過。又云：「公為五等上爵，充總兵官，尚在提督之下」；似為有理，故命爾掛靖海將軍印。又云：「用人莫疑，疑人莫用」；朕固不疑，故授以封爵，委爾以海上之事；如有所疑，豈敢加封委任？又云：「父親致力于內，兒盡力于外，付託得人，地方安靜」；此言殊不合理。朕再三宣諭，不願加兵，為地方頻年兵火之苦，又為爾家父子間隔之情，爾即多所詞說，皆所不計。朕念爾兵卒眾多，一府難以安插，錢糧委難支給，仍益以漳州、潮州、惠州三府並泉州四府駐劄，即將四府水陸寨遊營兵餉撥給爾部下官兵，不足不別補正課；錢糧仍行解部。管民文官俱聽部選；爾原轄武官聽爾遴選委用，仍將姓名職銜具題造冊送部。開洋船隻，爾得稽察；收納課稅，送布政司解部。朕待爾推心置腹，毫無猜疑。爾受茲敕諭，便當安插兵丁，防勦海賊，所轄將士，嚴行約束，勿使侵擾百姓；上以報朕委任之意，下以全爾等歸命之忠。爾能積德累勞，仍有懋功懋賞。主臣相得，垂諸史冊，豈不休哉」（三朝實錄）！
三年甲午（永明永曆八年、魯監國九年、清順治十一年），正月，永曆駕在安隆（行在陽秋）。先是，孫可望以錢榖供給行在，而以其終不可倚賴，竊諭李定國以兵來迎；可望知之，至是逼殺朝臣十四人（明史稿）。三月，名振率舟師侵崇明南沙嘴、壽興沙等所，與清趙光祖等戰，失利。五月，清福建提督楊名高奏清主云：「成功雖云就撫，而接詔不開，衣冠如舊；且縱兵焚掠，侵擾延、建，情甚叵測」。清主下事兵部知之。六月，芝龍請和碩鄭親王濟爾哈朗等曰：「次子世忠與成功誼切手足，若令與使臣同到成功處，諭以君恩、責以父命，巽言婉導，彼必欣然向化」。濟爾哈朗議而奏，清主可之（明清鬥記曰：「是夏，成功攻清許良于廣東海防南洋島，破之）。七月，清主諭成功曰：「自古識時俊傑，遇推誠待人之主，披肝效順，矢忠勿二，方能建立事功，身名俱泰；未有猜疑觀望，可稱識時知命者。朕承皇天眷佑，奄有萬方，海陬一隅，何難偏師戡定。但閩嶠蒼生皆吾赤子，不忍勤兵。又念爾父鄭芝龍投誠最早，忠順可嘉，故推恩延賞，封爾公，給與敕印，俾爾駐紮泉、漳、惠、潮四府，撥給遊營兵餉，養爾部下官兵。朕之推誠待爾，可調至矣。爾自剃髮傾心，義不再計。今據爾疏奏，雖受敕印，尚未剃髮，冀望委畀全閩；又謬稱用兵，屯紮舟山，就近支給溫、臺、寧、紹等處錢糧：詞語多乖，要求無厭，乃復以未撤四府官兵為辭。爾尚未歸誠，豈有先撤官兵之理！爾若懷疑猶豫，原無歸誠實心，當明白陳說；順逆兩端，一言可決。今如遵照所領敕印，剃發歸順則已；如不歸順，爾其熟思審圖，毋貽後悔」（三朝實錄）。清主復遣葉、阿二員招撫成功，成功不從。清遂幽芝龍、芝豹于寧古塔（鄭成功傳。本書云：「置芝龍于高俎」，今從三朝實錄順治十二年文。高俎，地名，而未詳其所在）。是月，清議政王貝勒大臣會議：「鄭成功屢經寬宥，遣官招撫，並無剃髮投誠之意；且寄伊父芝龍家書，辭語誇張，肆無忌憚，不降之心已決。請敕該督、撫、鎮整頓兵馬，固守城池，勿令逆眾登岸，騷擾生民；遇有乘間上岸者，發兵撲勦」。從之（三朝實錄）。成功攻漳州，降清守將劉國軒、朴世用等，十邑皆下；乘勢略泉州屬邑，泉州帥城守（鄭成功傳）。清主命世子濟度為定遠大將軍，同多羅貝勒巴爾楚渾等統大兵討成功。清福建巡撫佟國器奏：「成功襲破漳郡，連陷各邑，復圍泉州，警連興化。夫海賊與陸地不同，揚帆所至，隨所可犯；賊眾億萬攻圍，孤城單弱可虞。請迅發滿洲大兵蕩勦，並敕廣東、南贛督撫調發潮州水師直抵廈門，與閩師首尾夾擊，海氛可靖矣」；下議政貝勒大臣會議（三朝實錄）。時成功兵勢大盛，分所部為七十二鎮，以中左所為思明州（長崎夜話草曰：「成功志期恢復，州號思明者，寓思明室之意也）。立儲賢儲材二館、察言賓客二司，設印局、軍器諸局。令六官分理庶政：以壬午舉人潘賡昌兼吏、戶二官，丙戌舉人陳寶鑰為禮官，世職張光啟為兵官，浙人程應璠為刑官，丙戌舉人馮澄世為工官，以鄧會知州事。奉監國魯王、盧溪王、寧靖王居金門，凡諸宗室，頗贍給之。禮待諸縉紳避亂而至者，軍國大事時諮詢焉；王忠孝、盧若騰、沈佺期、辜朝薦、徐孚遠、紀許國等皆其選也。凡有所便宜封拜，乃朝服北向，遙拜帝座，疏而焚之。其所施為，鼓動一世（鄭成功傳。按盧溪王失傳。寧靖王、忠孝、若騰、佺期、朝薦詳臺灣縣志。孚遠，文人，與陳子龍結幾社；及松江敗，遁入于海，見明史）。魯王後欲復航海，艤于南日山，遭風沒于海。南日山在莆田東南濱海，與琉球相望（明史）。初，清入兗州執王，王時年尚幼，詭稱牧兒，清兵疑而刃之，三擊不中，清人異而不害，得脫。及清兵渡江，馬士英、方國安欲執王為贄而降清，然所遣將病俄發，不省人事，王得單騎逸。及臺州航海，清兵追及，海中忽有龍升天，清兵沒溺，王復免。然至是天命不遂矣（粵遊紀聞。按明史稿三王傳及三藩紀事魯藩條云：「順治十一年甲午鄭成功奉王居金門。初至禮待甚恭，既益懈；王積不能平，成功銜之。未幾，王將往南澳，成功使人沈之海中」。而據舜水文集，朱之瑜有丁酉歲報魯王書疏；丁酉，順治十四年也。考之明史沈宸荃傳曰：「魯王監國擢右僉都御史，已而事破，宸荃棄家從王海外，又從抵廈門、金門；後艤舟南日山，遭風沒于海」。然則甲午以後，王尚無恙，至丁酉後，航海而漂沒也。明史稿、三藩紀事恐系一時之訛傳。且成功以忠義自許，豈有此事哉？黃斌卿之據舟山，結沈王子于海，世或訛傳而為成功事歟）？
明曆元年乙未（永明永曆九年、清順治十二年），正月，永曆駕在安隆。前年改州為府。成功遣眾侵仙遊（鄭成功傳）。二月，芝龍竊通信成功及鴻逵，佟國器奪書具疏以聞；清主封下兵部密議（三朝實錄。明清鬥記曰：「是月，成功將取揭陽，資糧榖，據要害，發舟師攻之。揭陽守卻尚文戰敗遁去。成功使宣毅鎮吳爺、義武鎮陳義等守之）。五月，成功遣洪旭、陳六御攻舟山，清守將降，令六御守舟山。旭又招降清臺州鎮馬信、寧波鎮張宏德（鄭成功傳）。陳其綸應成功，聚兵大柏山，與清兵戰，不克而死（三朝實錄）。六月，成功破安平鎮及惠安、同安、南安三邑（鄭成功傳）。七月，成功奉書于本邦幕府曰：「洲同瞻部，就一水以判東西；境邇蓬萊，連三島而橐天地。域占為雷之位，光拂若木之華。百篇古文，蚤得嬴秦之仙使；曆代列史，並分上國之車書。道不拾遺，風欲追乎三代；人重然諾，俗尤敦于四維。恭惟上將軍麾下，才擅擎天，勳高浴日：鑄六十五州之刀劍，雌雄為精；服五百一郡之版圖，礫沙皆寶。文諧丹府，屢有表使至金臺；釋輔儒宗，再見元公參黃蘗。雖共臨乎覆載，還獨奠其山河。成功生于日出，長而云從，一身繫天下安危，百戰占師中貞吉。叨世勣之賜李，恩重分茅；效文忠之祚明，情深復旦（「旦」恐「土」之誤）。馬嘶塞外，肅慎不數餘兇；虜在目中，女真幾無剩孽。緣征伐未息，致玉帛久疏。仰止高山，宛壽安之在望；溯洄秋水，悵滄海之太長。敬勒尺函，稍伸丹悃；爰賚幣篚，用締縞交。舊好可敦，曾無趙居任于今復往；中興伊近，敢望僧桂梧如昔重來。文難悉情，辭不盡意；伏祈鑑照，毋任翹瞻（華夷變態）。十一月，清定遠大將軍庶子王入閩，成功避之島（鄭成功傳。按據三朝實錄，庶子王，濟度也）。
二年丙申（永明永曆十年、清順治十三年），正月，永曆駕在安隆。孫可望謀移駕；李定國執可望家眷，護蹕走云南（參取明史稿、行在陽秋）。庶子王略沿海（鄭成功傳），敗成功所留兵于福州府屬高齊、泉州府大營、惠安縣海港，焚燬船隻（三朝實錄。明清鬥記曰：「成功以其兵勢漸盛，將陷福建而取南京。三月到福建，攻其城，城堅不拔，成功創意制攻城具木城。其制疊木而成砦寨堞牆形，下施車輪，令旋轉自由，中設砲，乘夜竊以之逼敵壘，虜軍大困」。按木城制見武備志，蓋成功遵舊制而加新意也）；遂攻兩島，暴風壞舟，分兵攻鴻逵于白沙，皆弗克而還（鄭成功傳）。四月，清都察院左副都御史魏裔介上疏，言「天下民生所以不安者，以云貴有孫可望、海上有鄭成功。鄭逆出沒海上三十餘年，我欲搗其巢穴，恐水師少而未練，宜擇知兵大臣沿海防禦，坐而困之；庶蕩平有期矣」。下所司議。至明年，定水戰跳船陞賞例（三朝實錄）。五月，成功令蘇茂、黃梧攻揭陽，不克。成功素不釋然于蘇茂嘗縱施琅，至是以師行失律斬茂焉。六月，成功將北略，剋日解纜，留糧食于海澄，分兵護其諸門。黃梧在東南，茂部將蘇明在北。黃梧恐以茂故獲罪，竊圖降清；而以知明亦有所懼，就明而飲，微言誘之（鄭成功傳）；斬總兵華棟，率眾薙髮，以海澄縣降。清主遣梅勒章京翁受等入城安撫（三朝實錄）。清主以梧為海澄公，駐漳州；明亦得官。梧遂發鄭氏墳、害親黨、殺漳商（鄭成功傳。和漢合運曰：「是月，成功與清兵大戰于泉州」。明清鬥記曰：「成功攻清提督馬得功于泉州，成功戰敗幾危，而以謀殺得功）。十月，庶子王班師。甘輝聞海澄之亂，進攻取蓄積歸，遂奉成功破閩安鎮，逼福州，轉略溫、臺等郡（鄭成功傳），平陽、瑞安俱陷，全浙震動（三朝實錄）。
三年丁酉（永明永曆十一年、清順治十四年），正月，永曆駕在滇都（行在陽秋）。舟山之將陷也，朱之瑜豫來本邦；無幾，又之安南。安南酋召見之，之瑜長揖不拜；酋大怒欲殺之，之瑜執禮不屈。酋知其偉人，欲臣之，親貽書，期以太公、陳平佐周、漢之任；之瑜固辭。酋又數咨詢時務，之瑜勸之以削平大憝，銘勳復辟在于指顧間。國人始皆憎之瑜，欲乘機下石；後翕然敬愛焉。魯王嘗欲召還之瑜；監國九年三月敕諭璽書，是月附日本船而達安南。文曰：「爾矯矯不折，遠避忘家。陽武之椎，尚堪再試；終軍之請，豈竟忘情？予夢寐求賢，延佇以俟。恢復事業，當資爾節義文章」！之瑜謝表有言：「臣此時已促裝，擬于廿一日往暹羅，亦輾轉以求達也。因暹羅更在西南，誠恐主上未察臣苦心，疑為營私背旨，故捧敕驚懼，即止不行。雖臣無節義文章之重，足副主上夢寐延佇之求；至于犬馬戀主之誠，回天衡命之志，未嘗一刻少弛也。靜候夏間，附船前去日本，復從日本方達思明。所以紆回其道者，臣之苦衷，不便明言」（舜水文集）。三月，故鎮海將軍定西侯鴻逵病卒于浯州，成功回島。尋遣將城福州峽江牛心塔，令陳斌、林銘、杜輝等守之。清兵來攻，銘、輝棄回，斌降而被誘殺。甘輝、周全斌等攻寧德，滿帥阿克襄身體雄偉，勇冠三軍，率兵逆戰；輝躬搏而獲首，首重鈞餘（鄭成功傳。按明清鬥記載：「翌年四月，甘輝與清阿克商戰，克商恃勇戰死」。「克襄」、「克商」，恐非別人，傳聞之異也）。八月，議政王貝勒大臣奏：「芝龍等所幽寧古塔，地近江海。賊船有水之地，無所不至，芝龍禁後恐有疏虞，應各用鐵鍊三條，手足杻械，令章京兵丁嚴加看守」。清主從之（三朝實錄）。十一月，孫可望降于清，清封為義王（行在陽秋、三朝實錄）；後從清主獵，被射殺（行在陽秋）。
萬治元年戊戌（永明永曆十二年、清順治十五年），正月，永曆駕在滇都（行在陽秋）。三月，清師三路向云南（明史稿）。六月，清師取湖南。七月，明李定國秉黃鉞出師（求野錄）。永曆遣使晉成功延平郡王（行在陽秋系八年甲午七月）、甘輝崇明伯、萬禮建安伯、黃廷永安伯、郝文興慶都伯、王秀山祥符伯、張煌言兵部左侍郎，餘各賜爵有差。使還，使徐孚遠隨入滇。孚遠為交趾所獲，要以臣禮，不屈而還（鄭成功傳。按黃廷嘗仕隆武為都督副將，見明季文字。張煌言，舉人也，見明史）。成功決意議大舉，先取金陵。部署諸將：以黃廷為前提督、洪旭為兵官、鄭泰為戶官留守；令力士全身披掛鐵甲，但餘兩目，甲畫以朱碧彪文，執大刀，立行首，斫馬足，號曰「鐵人」，視者以為神兵，左虎衛陳魁統之。甲士十七萬、習流五萬、習騎五千、鐵人八千，凡號八十萬。弋船八十，揚帆北上。至浙江，攻陷樂清等州縣；次羊山，暴風破舟，泊滃州理楫（鄭成功傳。和漢合運曰：「是歲九月，成功復請援兵于本邦」；他書所不載，故不取焉）。十月，三路清兵俱集。十二月，七星關失守，定國連敗遁走，永曆奔永昌（明史稿、三朝實錄）。
二年己亥（永明永曆十三年、清順治十六年），正月，永曆駕在永昌。以從臣多叛，決意入緬（明清鬥記曰：「三月，成功舟師攻臺州，臺州都督馬信出兵而戰。信長兵略，成功軍數失利；成功以詭計敗之，信出其意外，知不可敵，終降。成功攻梧州（？）、安海，皆陷之）。五月，緬人迎而駐駕于孟城外赭硜，茅廬竹城，從官草次，緬人置兵防之（明史稿、求野錄）。是月，成功至崇明，諸將請先取崇明為老營，不聽（鄭成功傳。按金陵之役，明清鬥記說與成功傳稍有異同，而頗有如得其實者，姑記概略以充參考。其說曰：『成功奉永曆敕，謂甘輝曰：「吾久圖恢復，而志願未達，今既奉敕，何得遷延；將速取金陵，以定南都如何」？甘輝曰：「王者之道懷近柔遠，至德可以服人；至今日之事，四海糜爛，民既墜塗炭，何遑從容擬議，速發兵敵王愾」！于是成功決意出師。六月，至定海關，俟云南援，徜徉山水之間。七月，登峴石山，山深而寂，有一祠，云鎖煙蔽，成功悵然賦曰：「黃葉古祠裏，秋風寒殿開，沈沈松柏老，暝暝鳥飛回。碑帖空埋地，社階盡雜苔。此地到人少，塵世轉堪哀」。破定海，遂至崇明關大戰，守將李某、副將王老豹敗走；成功遂奪關，清兵走保鎮江城。城臨江，成功欲濟而攻，無舟；全斌曰：「萬里長江，何有涸竭之日，臣稍諳水性，先從斌始」。驅從兵三千亂流而濟，眾軍從之，遂飛渡長江，乘勢陷城；令全斌守城。成功遂議攻南京石頭城。甘輝曰：「南直人物殷繁而田畝少、米粟乏，故所漕船艦，填塞浦口。今據浦口，裁抑漕運，充吾兵食，鎮壓要地，以固根本，見機而動，南京在掌中」；成功不肯，曰：「兵貴神速，不如速出兵，掩彼無備」。遂發兵攻石頭，破郛，清兵退守本城。成功攻破聚寶、通濟二門，逼正陽門；甘輝、萬禮擒操江，城旦夕將陷。時北京援兵二十萬俄至，成功兵疲不能敵，終敗績』。成功之詩，世不多傳，本藩藏其所自書詩曰：「禮樂衣冠第，文章孔孟家；南山開壽域，東海釀流霞」。其詩不書題，蓋似賀本邦人詩，書法亦飄逸可愛。觀此二首，亦可以知其槩略）。七月，清主命內大臣達素、固山額真索洪纛、章京賴塔等征勦成功（三朝實錄）。成功至焦山，與諸將議曰：「瓜鎮為金陵門戶，須先破之」。乃令程應璠領右提督馬信、前鋒鎮統領余新等進奪譚家洲，遣材官張亮督善泅者斬斷滾江龍，進踞瓜洲上流，焚奪滿洲木城。指揮既定，成功與中提督甘輝、左提督翁天祐、先鋒鎮楊祖直搗瓜洲。清操江朱衣祚、城守左云龍背港而陣；戰未合，張亮已斷滾江龍，對岸夾擊，成功麾軍大進。右武衛統領周全斌直破其陣，身中五矢，氣彌銳，斬云龍；衣祚遁去。正兵鎮韓英奪門登城樹幟，全斌繼入，鏖殺城兵。後提督萬禮繞出洲後，殲殘兵。以左鎮劉猷守瓜洲、監紀推官柯平為江防。張煌言、楊朝棟、袁起振進取蕪湖，遂涉揚子，趣鎮江。清管效忠馳而攻，不動，留步兵守銀山、騎兵當大路。成功及夜奪據之，陣而待明。清兵攻之雨射，成功發砲，佐以鼓，屋瓦悉震，清兵殊死戰，鄭兵益奮，清兵遂大敗，效忠僅得逸，清鎮江守將高謙、知府戴可進等降。成功登京峴山大饗士卒。令全斌、黃昭等守鎮江，屬邑皆下；煌言、朝棟招撫江南，起震、徐長春招撫江北，蕪湖清兵皆遁。甘輝曰：「瓜鎮為南北咽喉，但坐鎮此，則山東之師不下；據北固，則兩浙之路不通，南都則不勞而定矣」。不聽；率師薄金陵，檄四方。八月，至觀音門，以黃安總督水師，守三汊河口。成功由鳳儀門登陸，令諸舟列碇于江東門外，親率騎兵逼城下，規壁壘（鄭成功傳），造木柵，移諸將，安設大砲、地雷、云梯，欲以久困之（三朝實錄）；與五親軍屯岳廟山，留前鋒鎮、中衝鎮于獅子山。甘輝進曰：「兵貴神速，彼未備，其勢可乘矣；守禦既固，恐難拔」。不聽。退而嘆曰：「此行吾不知死所」。既而清兵千騎薄前鋒鎮，鎮將余新擊敗之；新遂輕敵不設備，軍士捕漁飲博，縱觀優戲。清副將梁化鳳偵知，穴城出鳳儀門，銜枚復簿新營；新不及甲，倉皇出拒，遂就擒。成功聞砲聲，急令翁天祏馳援，不及。清兵既敗余新，以步卒數千搗成功中堅，騎兵數萬繞山後，前後夾擊，成功大敗；前衝鋒藍衍、行軍司馬張英、後提督萬禮、左武衛林勝、左虎衛陳魁、副將魏標、朴世用、洪復、督理戶官潘賡昌（按本書脫「昌」字，今據前文補之）、鍾儀衛等皆率部下力戰陣歿，惟左右提督、右虎衛、右衝鋒、援勦後鎮軍獨全。成功麾軍急退。甘輝且戰且走，至江，騎相屬者纔三十；殺敵數百，馬躓被執不屈，死最烈矣。九月，還師攻崇明不下，正兵鎮王起鳳傷砲死。十月，還島，哭甘輝而後入；曰：「我從輝言不及此」！建祠祀死事者，以輝為第一（鄭成功傳。明清鬥記曰：「令甘輝、萬禮長子繼其家，其餘死事者皆安慰其家）。先是，朱之瑜數來往海外，備嘗艱苦，竊圖恢復。至是，成功將大舉，故去歲招之而至廈門。而明末風俗頹敗，蔑如禮法；之瑜至，先見成功部下將吏、寄居薦紳率襲明末敝風，佻達自喜，屏斥禮儀以為古氣、以為骨董。之瑜知大事難成，在其營中，與成功舳艫相接，避不相見。事敗後寄書規成功云：「遠近傳聞，藩臺不以推賢進士為務，則是興復之志不堅，而立業之基不廣。志切興復而棄賢才，是涉大川去舟楫也，何以濟哉！故遂慨然欲從思明復來貴國，因敲冬敲春，時有不測，擬于夏間附舟；後藩前有三、四故交遣舟來迎，亦緣虜與盜充斥思明，故至盤石。聞林門亦有洋船，僻不得達。一入營中，遂住其舟檣。去駐數月間，雖日與藩臺艫舳相銜，誼不以一刺通名字；或有美言勸行，瑜必婉辭謝卻，自安愚分而已。六月初七、八入南京，兵圍瓜洲，十七早即破城，滿夷斷脛折股，虜馬截傷驚馳，浮屍積野蔽江，束手就縛，遠近稱快，歡鬨若雷。逆虜扼江而守，列砲如星，馬玉老擐甲直衝，一鼓登陴；虜騎所稱彍悍驍雄者，殲夷略盡。大酋管效忠最為桀黠，喙息鼠竄，惟恐不前。廿三日鎮江開門納降，市肆不易。然而紀律時有未嚴，上情不能下究，有識蚤已憂之。從陸無救焚之策，候風有師老之虞，藩臺似謂虜在目中，徒使英雄頓足耳。七月初八、九至南京，其下驕而不戢，渙而不萃；中有一、二要人剛愎貪忌，狃于小勝，不用上命。舍其瑕、攻其堅，不離之使分，反慢而使合。徒效姚萇之覆羗羯，不念苻堅之潰合淝：遂爾一敗至此，雖死何足以贖罪（按「紀律未嚴」、「其下驕而不戢」，蓋指余新輕敵不設備就禽之類也。）「一、二要人剛愎貪忌」者，成功令六官分理庶政而不得其人；乘軍旅殷繁，收歛以富私家，而兼官吏部、（戶部潘賡昌等此時從軍，蓋指此類也）！上游則豫章江黃，迆北則淮陽廬鳳，蒿目以待王師拔于水火；輸糧運米，會同有繹；送印納款，懼于後期。民心思漢之誠，于茲大驗。一旦辜負之若此，真可大慟。令退守舟山、浙、閩，意在重來；若能自怨自艾，深思前過，則轉敗為功，直唾手間耳。幸總督忠靖伯陳燦老老成持重，鎮定周詳；提督馬玉老雄豪激烈，吐氣吞胡（按據此文，成功部下陳燦、馬玉蓋鐵中錚錚者，而成功傳不載二人事，他無所考）。況復謙雅和衷，剛柔相濟，分陝猶興，文武同心，豈不足以復高皇哉！瑜欲附船仍還貴國，往見主者馬玉老，一見奮辭，責成大義；瑜十五年間關困苦，原有本情，遂乏一時權宜之說。暫留旬月，約以明夏，復過長崎。不獨羊裘釣魚，無可相助為理，即畫荻城合州，何能仰答余大將軍也」（舜水文集。此書本集為寄安東守約書。而先輩考云，此書稱「藩臺」者，非稱守約。據圍瓜洲、降鎮江、至南京而大敗及總督忠靖伯陳燦老等語，蓋寄鄭成功書也。今從先輩考定為與成功書。又按成功所貽舜水之書，世或傳之，其大意謂恢復之事，不忘寢食；乞兵于日本，共期報效，勿背舊日之約。而其書真偽未審，故不取焉）。
三年庚子（永明永曆十四年、清順治十七年），正月，永曆駕在緬孟坑城外（行在陽秋）。五月，清主命將軍達素、總督李率泰發滿、漢大兵討成功。大船出漳州，小船出同安，令廣東降將許隆、蘇利等會島上。成功以陳鵬督諸部守高崎，遏同安之師；鄭泰出浯州，遮廣東之師；自勒諸部扼海門，當漳州之兵。令陳堯策傳令諸將，碇海中流，按軍不動。令未畢，適風利，漳船俄迫海門，諸將相顧失措；清兵乘之，閩安侯周瑞偕堯策戰死焉。日向午，風轉東，鄭師得上流，泰旋師來會。成功親手旗而興，以巨艦橫擊；風大濤立，北人眩暈不能軍，流屍蔽海。同安船師指高崎，陳鵬約降，飭所部勿動，清兵恃應捨船爭進；副將陳蟒不與謀，麾其屬兵曰：「事急矣，當決一死」。與殿兵鎮陳璋合擊，清兵陷于淖，死者十七、八，獲首領哈喇土星。成功誅鵬，以蟒代之。蘇利等後至，見兩路敗衄，不戰而去。達素還福州，自殺。竟成功之世，終不能覆島焉（鄭成功傳。明清鬥記曰：「是役也，清降將徐耀亦誘陳崎，竊謀叛通信；及戰海澄，北兵大逼成功船，成功殆危，諸將苦戰得勝。事平，夷耀、崎三族）。六月，清浙江監察御史季振宜上書辨云南轉餉糜費曰：「當先守禦」；且曰：「鄭逆為閩、浙、江南三省重患，今大兵入閩，搗其巢穴。夫彼之巢穴，固不止廈門、舟山等處，而船即其巢穴也。閩、浙造船，且勿論其累民，而我之兵馬乘風破浪，不顧萬死以前驅，則性命全寄于篙師水手之手；倘逆賊奸細陽為應募，而我兵入其彀中，風水騰湧，弓刀莫施，可不為寒心哉！臣以為聞、浙、江南亦當先守禦而後征勦」。清主謂：「奏內事情，關係重大，議政王貝勒大臣詳察會議」。翰林學士折庫納疏陳八事，其一辨會議得失。八月，清主命都統宗室羅托為安南將軍，統領大兵勦成功；遣內大臣愛星阿為定西將軍，領大兵討李定國。江南提督馬逢知與成功交通，清主遣刑部侍郎尼滿于江南，查審情實。九月，清江寧巡撫朱國治上疏：「鄭逆未靖，欲破狡窟，先度形勢；賊眾負險坐待，我師遠涉風濤，其勞逸不同；賊眾熟識海險，我師弓馬馳騁，其素習不同；我船較之賊艦大小懸殊，其次取器用不同。臣謂以守寓戰，且海邊江口多設墩堠煙砲，使賊勢困孤，眾心必變，乘間攻之，自能擒魁獻馘」。清主下議所司（三朝實錄）。是月，李定國與白文選入緬關疏請迎駕，不果（行在陽秋）。十二月，清山西道御史余縉言：「浙西三面環海，而寧波一郡尤孤懸海上，往時以舟山為外藩，設師鎮守，俾賊不敢揚帆直至，策至善也。邇來行間諸臣多倡捐棄之議，倘形勝之地，逆賊一旦據而有之，非近犯寧波，則遠窺江左；應設一忠勇之將，重其事權，隨機措置，更徙內地之兵增益營壘，以固疆圉。至杭、紹兩境相對處，地名小門，其間江流甚溢，若于此嚴設防戍，安置砲臺，令賊舟不能溯江入犯，則會城永無風鶴矣」。疏下部議（三朝實錄）。
寬文元年辛丑（永明永曆十五年、清順治十八年），正月，永曆駕在孟坑城外。二月，文選又竊疏永曆迎駕，永曆璽書答之曰：「不五、六日，設浮橋而速去矣」。及期，緬人覺而斷浮橋。大學士馬吉翔、司禮監李國泰挾駕自重，從官或謀殺二人奪駕，事發覺，吉翔等誣奏殺之（行在陽秋）。
成功自金陵喪敗，地蹙軍孤，永曆蒙塵南裔，聲問不通，存亡難詳，然猶倣天祐、天復故事，奉持正朔，將遷地謀恢復。先是，芝龍去臺灣後，本邦邊民出沒海上，遞番據臺；而紅毛來借地于本邦人，不可，紿曰：「願假之纔牛皮大，千金不惜」。許之；紅夷乃絲剪牛皮而連綿，規畫城地里許，曰：「是一牛之皮也」。遂據臺地（鄭成功傳。按清尤侗外國竹枝詞詠呂宋曰：「當年失國一牛皮，何處天生金豆枝」？自註曰：「佛郎機以黃金求地如牛皮大蓋屋，王許之，乃剪牛皮相續為四圍，求地稱此，築城居之，遂滅呂宋」。其事與荷蘭奪臺灣相類，蓋彼此傳聞之異耳）。與本邦人約，歲分輸鹿皮三萬（香祖筆記）。紅毛築安平、赤嵌二城（鄭成功傳），以夾板船為犄角；雖兵不滿千，南北土酋皆畏，聽其約束（香祖筆記）。設市于鎮城外，與商賈交易，殺土人不服者（鄭成功傳）。往年日本甲螺郭懷一謀逐荷蘭人，事覺，懷一被殺于歐汪。歐汪在鳳山縣界。此時日本甲螺何斌亦與紅毛酋長有隙（香祖筆記），走廈門，為成功盛陳「臺池沃野千里，為四省要害，橫絕大海，實霸王之區」；且言其可取狀。諸部皆難其險遠，成功大喜何斌言。三月，揚帆至鹿耳門，門水淺沙膠，纔容數武；此時水適漲丈餘，成功得便，戰艦銜尾而進。紅夷大驚，以為自天而下。成功引兵登陸，攻赤嵌城（參取鄭成功傳、臺灣紀略），逼其酋歸一堡；歸一死守，攻之不克，環七鯤身逼之（鄭成功傳、香祖筆記）。五月，緬酋弟莽猛白弒兄代立，竊挾異志，殺武臣沐天波、馬吉翔等凡四十二人，惟存永曆及宮眷（明史稿、行在陽秋）。八月，定國再攻緬，將迎駕，復為所敗（明史稿）。成功銅山將郭義、蔡祿降于清；劫張進，進不從而自殺。十月，清主棄市芝龍及其子孫在京者，殺無孑遺。命遷各省沿海居民，以絕鄭氏應接（鄭成功傳）。莆田黃獻臣著武經開宗，嘗稱芝龍曰：「我閩之有鄭飛虹也，胸羅數萬甲兵，氣吞八九云夢；東南半壁，倚為長城。念楚、廣、閩、浙煙水之區，乃鯨、鯢、鮫、鱷潛蹤之藪。散家貲巨萬，鍊精卒數千。依水作營，鼓聲偕濤聲而夜發；臨淵布陣，旌影合帆影以星馳。剪紅夷群凶，褫天驕之魄于風霾，千里魚蝦收浪；殲大帽洞寇，犁夜郎之庭于雷擊，五路草木飛花。出不意而擒魁奇，驅水深火熱之慘；因敵謀而誅鍾進，得隨機應變之神；置死地而滅劉香，妙亡地能存之用。洪兵備忠肝義膽，當與先世之績共勒千秋；康巡撫拚死獲生，實籍將軍之功永垂百世。十餘年養兵，不費公家一粒；四五郡凋敝，全資搬運諸艘。大將軍自保成功，擬修煉沙門，倣赤松遺意；聖天子軫恤民隱，重干城鎖鑰，舒南顧之憂。曆數古今名將，靖國難、建奇勳，代不乏才；至若自給兵糈，解君憂、蘇民困，千古一人而已！先生戰功未易殫述，聊掇一二以勵後學。自此而忠貞益篤，與國咸休，則在將軍勉之耳」。其說在芝龍未降清之前，而頗寓規箴（武經開宗）。芝龍所著兵書有經國雄略云（華夷變態）。十一月，吳三桂入緬甸境，通信于緬酋，使送駕出降。十二月，文選降，緬酋遂內叛，挾永曆及太后、后妃、太子如三桂軍；三桂以駕南還（行在陽秋）。李定國數謀迎駕，兵少糧乏而不果；及三桂執帝，定國憤鬱致病而死（求野錄）。是月，成功復攻赤嵌城（鄭成功傳）；紅毛勢窮，以十餘艘決戰。成功用火攻，盡焚之（香祖筆記。明清鬥記云：「紅毛列大艦五艘于岸頭以禦之，成功兵自戰艦銃窗入，戰而奪之。紅毛船是交易日本之船也，故一艘遁至長崎」。又曰：「紅毛乞援于咬■〈口留〉吧。咬■〈口留〉吧兵將謀謂，擣廈門虛以救臺灣，遂攻廈門；廈門守將洪旭等擊而走之」）。縱火于城板，歸一終不降。成功使告之曰：「臺灣，吾先人故地；地歸吾，珍寶諸物我無貪之，汝悉載去」。于是，歸一降，送之還國。就居其城，改臺灣為安平鎮、赤嵌城為承天府，總曰東都。設府曰承天，縣曰天興、萬年；土酋皆受約束。既而聞清遷界令下，嘆曰：「沿海幅員上下數萬里，盡委而棄之，令吾無得茲一塊土，英雄無用武之地。然田廬為墟，墳墓無主，寡婦孤兒望哭天外，我如之何！但收拾餘燼，息兵休農以俟時至，猶未晚也」。于是制法律、興學校、計丁庸、養老幼，臺人大安（鄭成功傳）。
二年壬寅（永明永曆十六年、清聖祖康熙元年），正月，永曆駕在滇都（行在陽秋）。是月，清主殂，謚曰章皇帝，廟號世祖；遺詔立皇子玄燁為皇太子，釋服即帝位，改元康熙，是為聖祖仁皇帝（三朝實錄）。二月，或譖忠勇侯陳霸于成功云，貳于清；成功令全斌討之，霸不戰而降于清（鄭成功傳）。四月，三桂嘗令八旗將士等護永曆。八旗將士三千將奪駕起兵，事發覺，三桂令人絞永曆及太子，並殺八旗將士。是時忽大風霾，黃霧瀰天，雷電交作，空中有二龍蜿蜓而逝，滇民無不悲悼焉（求野錄）。初，魁楚、式耜等之推戴王也，太妃王氏曰：「吾兒仁柔，非撥亂才」。魁楚等固請而許之（明史稿）。每清兵至，王數出避，式耜苦諫不聽；式耜蹉跌而死，中興之業終不成矣（明季遺聞）。五月，成功病卒于臺灣，年三十九。清鄭亦鄒曰：「自世祖章皇帝王天下，東南夏肄，所在除滅。成功起自諸生，當日落虞泉，而猶屈疆海外，欲遂魯陽之志。數十年之間，竊號永曆，違命倡義，旌旃所指，關河響動，明室遺民，未或非之。夫河東賜姓，猶留虛號，天水高廟，亦擁空名，成功非踵事增華者耶」。臺人以成功弟襲為護理（臺灣紀略，「襲」作「世襲」）。成功嘗令其子經居廈門，經頗耽聲色，與乳媼奸生子；成功治家嚴正，聞之大怒，遣使諭鄭泰殺經。諸部驚謂：「成功病革，必亂命，不可從；然子不可拒父，臣不可拒君，泰之于成功為兄行，兄拒弟可也」。剋期將舉事；未發，成功歿。時清靖南王耿繼茂、總督李率泰以成功死，遣人貽書于經招諭。經復書云：「日在鷺、銅，多荷指教。今承惠書，益賜諭誨，所言尚是遊說之後談也。思東寧偏隅，與夷落為伍，僻在海外，與版圖渺不相關，何必足問。至貴國寬仁無比，遠者不棄，其或然乎？然如方國安、孫可望等，豈非竭誠貴國者乎，而今何在？閣下倘以延攬英豪、休兵息民為念，即共飭部曲，互安邊陲；羊陸故事，敢不勉承。若夫疆場之事，一彼一此，勝敗之數，自有天在；得失難易，閣下自知；何煩予言」。泰竊包藏異心，與洪旭等議謂：「連年兵革，徒苦人民，不如往臺；為桑梓計，且權與清通好」；謂之經，經議炤朝鮮事例而與清交。令楊來嘉啟清，清主不報。經以全斌為五軍都督、陳永華為諮議參軍、馮錫範為侍衛，帥師往臺。黃昭、蕭拱辰奉襲拒經。臺之諸部，竊持兩端。十一月，昭會諸部攻經，大霧畫冥，經眾將潰；全斌力戰，經射昭殪，而霧適消、日明，昭眾驚亂散去。經遂入臺，收殺桂應菁、曹從龍，餘寘不問，待襲如初（鄭成功傳）。經遂嗣位。復至廈門，以翁天祐為轉運使，任以廈門政；始建廟宇、興市肆、設街衢（臺灣紀略。按本書疊書「癸卯歲」三字，而經嗣位條標癸卯歲者，衍文也）。
