世宗嘉靖四十三年秋七月，以谕德张居正充裕王讲官。
穆宗隆庆元年二月，加恩侍从藩邸诸臣，以礼部右侍郎张居正为吏部左侍郎兼东阁大学士，直内阁。
四月，进礼部尚书、武英殿大学士。
二年春正月，进大学士张居正少保。
八月，居正上疏陈大本急务六事：“一曰省议论。凡事不贵无用之虚词，务求躬行之实效。欲为一事，须审之于初。及计虑已审，即断而行之，如唐宪宗之讨淮、蔡，虽百方沮之而不为摇。欲用一人，须慎之于始。既得其人，则信而任之，如魏文侯之用乐羊，虽谤书盈箧而终不为之动。一日振纪纲。近年以来，纲纪不肃，猥以模棱两可谓之调停，以委曲迁就谓之善处。伏望刑赏予夺，一归公道，而不曲徇乎私情。政教号令，一断宸衷，而勿纷更于浮议。一曰重诏令。近日以来，朝廷诏旨，多格废不行，至十余年未竟者。文卷委积，多致沈埋。年月既远，事多失真。遂使漏网终逃，国有不中之法；覆盆自苦，人怀不白之冤。是非何由而明，赏罚何由而当？伏乞敕下各司，严立限期，责令奏报，违者查参。一曰核名实。器必试而后知其利钝，马必驾而后知其驽良，今用人则不然。官不久任，事不责成，更调太繁，迁转太骤，资格太拘，毁誉失实。臣愿皇上慎重名器，爱惜爵赏。用人必考其终，授人必求其当。仍敕吏部严考课之法，审名实之归。一曰固邦本。今风俗侈靡，官民服舍俱无定制。外之豪强兼并，赋役不均，花分诡寄，偏累小民。乞敕内外诸司，悉心清理。一曰饬武备。今议者皆曰：兵不多，食不足，将帅不得其人。臣以为此三者皆不足患也。夫兵不患少而患弱。今军从虽缺，而粮具存。若能按籍征求，清查冒占，随宜募补，从实训练，何患无兵！捐无用不急之费，以抚养战斗之士，何患无财！悬重赏以劝有功，宽文法以伸将权，则忠勇之夫孰不思奋，又何患于无将！至于目前自守之策，莫要于选择边吏，团练乡兵，并守墩堡。臣考前代及吾祖宗，俱有大阅之礼，以习武事而戒不虞。今京师内外，守备单弱，伏乞敕戎政大臣，申严军政，设法训练。每岁农隙之时，恭请大阅，以试将帅之能否，军士之勇怯。注意武备，整饬戎事，亦足以伐外寇之谋，销未萌之患。”
疏入，上曰：“览卿奏，皆深切时务，具见谋国忠悃，所司详议以闻。”于是都御史王廷等覆“振纪纲、重诏令”二事，析为八则。疏上，上允行之。兵部覆饬武备事宜：“一议兵，一议将，一议团练乡兵，一议守城堡，一议整饬京营。”又奏：“大阅之礼，宣宗、英宗尝行之。恭请亲临较阅，如阁臣所奏。”上曰：“大阅既有祖宗成宪，允宜修举。其先期整饬，俟明年八月举行。余悉如议。”户部议固邦本，言“财用之当经理者有十，宜严法整饬”。上一一允行之。
十二月，废辽王。大学士张居正故隶辽王尺籍，至宪?，颇骄酗，多所凌轹，居正衔之，而又羡其府第壮丽。会告王谋反，刑部讯治。侍郎洪朝选案验无谋反状，仅坐以淫酗，宪?锢高墙，废其府，居正攘以为第。后复恚朝选不附反律，谋杀朝选。
三年九月，上大阅于京营教场，敕谕戎政官及诸吏卒。先是，给事中骆问礼言：“大阅非今时所急，不必仰烦圣驾。”居正力持其说，上遂行之。
四年十二月，大学士张居正秩满，进兼太子太傅、吏部尚书，进少傅，兼建极殿大学士。
六年春正月，进大学士张居正少师。
五月，上不豫。己酉，大渐，召阁臣高拱、张居正、高仪至干清宫受顾命。上倚坐御榻，皇后及皇贵妃咸侍，东宫立于左。上困甚，太监冯保宣顾命曰：“朕嗣统方六年，今疾甚，殆不起，有负先帝付托。东宫幼冲，以属卿等。宜协辅，遵守祖制，则社稷功也。”拱等泣拜而出。翼日上崩。
六年甲子，皇太子即位，年始十岁，时太监冯保方居中用事，矫传大行遗诏云：“阁臣与司礼监同受顾命。”廷臣闻之俱骇。一日，内使传旨至阁。拱曰：“旨出何人？上冲年，皆若曹所为，吾且逐若曹矣。”内臣还报，保失色，谋逐拱。拱与居正俱负气不相下，居正乃结保自固。时台谏交劾保，必欲斥之。而高拱自以与居正及高仪同与凭几，每慷慨收宫府权曰：“老臣谬膺托孤，不敢不竭股肱。凡内降命敕，府部章奏，自合公听并观。有传奉中旨，所司按法覆奏，白老臣折衷之，以复百官总已之义。”拱内虑冯保专恣，与居正、仪谋去之。居正阴泄之保，乃与保谋去拱。
六月既望，庚午昧爽，拱在直，居正引疾。召诸大臣于会极门，促居正至，拱以为且逐保也。保传皇后、皇贵妃皇帝旨曰：“告尔内阁、五府、六部诸臣。大行皇帝宾天，先一日，召内阁三臣御榻前，同我母子三人，亲受遗属曰：‘东宫年少，莱尔辅导。’大学士拱，揽权擅政，夺威福自专，通不许皇帝主管，我母子日夕惊惧。便令回籍闲住，不许停留。尔等大臣，受国厚恩，如何阿附权臣，蔑视幼主！自今宜洗涤忠报，有蹈往辙，典刑处之！”拱即日出朝门，得一牛车，立而附载，缇骑兵番踉跄追逐，丧厥资斧，大臣去国，以为异闻。拱去，居正为乞驰驿，乃传归。而高仪未几亦卒以病死，居正裒然首辅矣。
辛酉，上御平台，召张居正慰劳之曰：“皇考屡称先生忠臣。”居正倾首泣谢曰：“今国家要务，惟在遵守旧制，不必纷更。至于讲学亲贤，爱民节用，又君道所先，乞圣明留意。”上曰：“善。”随赐酒馔银币。居正既柄政，慨然以天下为己任，中外想望丰采，一意尊主权，课吏实。尝言：“高皇帝得圣之威者也。世宗能识其意，是以高卧法宫之中，朝委裘而不乱。今上，世宗孙也，奈何不法祖！”具诏草请于上，召群臣廷饬之，百寮惕然。
八月，张居正请开经筵，复请更定常朝日期，御门听政。俱从之。上遂御文华殿，日讲以为常。
十一月，太监崔敏请买金珠宝石。居正上言：“前六月间，奉命停止，今忽有此举，是前诏不信也。乞暂停之，以苏民力。”因封还敏疏，遂报罢。十二月，张居正进《帝鉴图说》。上见捧册进，喜动颜色，遽起立，命左右展册。居正从旁指陈大义，上应如响。因即宣付史馆，赐居正银币。一日，上御文华殿讲毕，览至汉文帝劳军细柳事。居正因言：“皇上当留意武备。祖宗以武功定天下，承平日久，武备日弛，不可不及早讲求也。”上称善。
甲戌，张居正奏请明年正月上旬，即御殿日讲。但先帝丧未期，勿设宴，并免元夕灯火。上曰：“已早停止。每侍圣母膳，甚简素。或逢节日，具果宴，不设乐。”居正称善。寻谕光禄卿免节间供应七百余金。
戊寅，张居正上言：“制敕宜尚简严，近来过为夸侈。臣谀其君，犹谓之佞，况以上谀下乎！乞戒代言诸臣，复古从实，毋坏制体。”从之。
神宗万历元年春正月辛卯，命成国公朱希忠、大学士张居正知经筵事。上甚敬礼居正，每日御经筵，居正以诗书入，在文华殿后，张小幄，造膝密语。一日，居正在直庐感病，上御暖阁，亲调椒汤赐之。盛暑御讲，上就居正立处，令内使摇扇。隆冬进讲，以毡片铺地。
庚子，早朝。上出干清宫，见一无须男子，伪作宦者状，袖有佩刀，趋走惶遽。左右执之，冯保立鞫之。曰：“南兵王大臣。”问：“奚自？”曰：“自总兵戚继光来。”保使密报居正。而居正令附保耳曰：“戚公方握南北军，禁无妄指，可借以除高氏。”保故甘心陈内监洪，已逮洪，锢禁狱，令大臣供之矣。先是，大臣为戚帅三屯营南兵，不遂，流落都下。为人巧捷便佞，一中贵昵之。至是，令称拱使，改籍武进县。即令厕卒辛儒，衣大臣蟒袴，予二剑，剑首饰猫精异宝，送系厂中。入以闻，请究主使人。居正亦上疏如保意。上即付保鞫。保令辛儒屏语大臣曰：“第言高相君怨望，使汝来刺。愿先首免罪，即官汝锦衣，赏千金。不然，重搒掠死矣。”因使儒畀大臣金，美饮食之。儒日与大臣狎款，即令诬拱家人为同谋。狱具，保飞发五校械拱仆。而居正前疏传中外，口语籍籍，谓且逮拱。居正乃密谋于吏部尚书杨博。博曰：“迫之恐起大狱。抑上神圣英锐，持公平察。高公虽粗暴，天日在上，安得有此！”居正面赤不怿。会大理少卿李幼孜者，居正乡人，亦舆疾告居正曰：“公奈何为此？恶名污青史矣。”居正强应曰：“吾为此事，忧不如死，何谓我为？”居正禁科、道官不得有言。而御史锺继英上疏不敢明言，暗指之。居正怒，拟旨诘问。左都御史葛守礼语杨博：“过张公，必诤之。”博曰：“向已告矣。”守礼曰：“舆望属公，谓公能不杀人媚人耳。大狱将起，公奈何以己告为解？”即共过居正。居正曰：“东厂狱具矣。同谋人至，即疏处之耳。”守礼曰：“守礼敢附乱臣党耶！愿以百口保高公。”居正默不应。博曰：“愿相公持公议，扶元气，厂中宁有良心？倘株连者众，事更有不可知者。”居正坚不承。博与守礼因历数先朝政府，同心辅政，及贵溪、分宜、华亭、新郑递相倾轧，相名坐损，可为殷鉴。居正愤曰：“二公意我甘心高公耶？”奋入内，取厂中揭帖投博曰：“是何与我？”揭帖有居正窜改四字，曰“历历有据”，而居正忘之。守礼识居正手迹，笑而纳诸袖。居正觉曰：“彼法理不谙，我为易数字耳。”守礼曰：“机密重情，不即上闻，先政府耶？吾两人非谓相公甘心高公，以回天非相公不能。”居正揖谢曰：“苟可效，敢不任，第何以善后？”博曰：“相公患不任耳，任则何难善后！须得一有力世家，与国休戚者，乃可委治。”居正悟，始言上前度处之。上即命冯保与左都御史葛守礼、都督朱希孝会审。而希孝惧，与其兄成国公希忠相对泣曰：“谁画此策也，以覆吾宗。”急诣居正请命。居正曰：“第见冢宰大中丞。”希孝泣谒博，博曰：“欲借公全朝廷宰相体耳，何忍以身家陷公。顾亦何难，公第使善诇校尉入狱，讯刀剑口语所从来，杂高家仆稠众中，令别识。且问见高公何所？今在何地？立辨矣。”希孝如博言，使善诇校尉密询大臣何自来？则来自保所，语尽出保口。校尉即告大臣：“入宫谋逆者，法族。奈何甘此？若吐实，或免罪。”大臣茫然哭曰：“始绐我主使者罪大辟，自首无恙，官且赏。岂知当实言。”适高家仆逮至，希孝杂诸校中，令扬色，大臣不辨也。
及会审，风霾大晦，寻雨雹不止。东厂理刑白一清者，谓保初问官二千户曰：“天意若此，可不畏乎？高相国顾命大臣，本无影响，强我诬之。我辈皆有身家，异日宁免诛僇耶？”皆曰：“冯公已为且词，固有阴持之者，奈何？”一清曰：“东厂机密重情，安得送阁改乎？”顷之，天稍明，出大臣会问。故事，先杂治。大臣呼曰：“故许我富贵，何杂治也？”冯保即问曰：“谁主使者？”大臣瞪目仰面曰：“尔使我，乃问也？”保气夺，强再问：“尔言高相国，何也？”曰：“汝教我，我则岂识高相国？”希孝复诘其蟒袴刀剑，曰：“冯家仆辛儒所予。”保益惧。希孝曰：“尔欲污狱使耶！”遂罢。保密饮大臣生漆酒，瘖之，而内以拱行刺事上闻。有殷内监者，年七十余，奏上曰：“高拱故忠臣，何为有此？”随顾保曰：“高胡子是正直人。张居正故怀忮刻，必杀之。我辈内官，何须助彼！”保大沮。而内监张宏亦力言不可。于是上下刑部拟罪，竟论大臣斩。拱被居正齮龁，杜门屏居。仕宦中州者，不敢过新郑，率枉道他去。
六月，张居正上言：“稽劾章奏，随事考成，有迁延隐蔽者，即举劾。”上从之。
冬十月，上御文华殿，张居正进讲，言及宋仁宗不喜珠饰。上曰：“贤臣为宝，珠玉何益！”居正曰：“明君贵五谷而贱珠玉，五谷养人，珠玉饥不可食，寒不可衣。”上曰：“然。宫人好冶妆，朕岁赐未尝不节省。”居正曰：“皇上言及此，社稷生灵之福也。”上又曰：“秦始皇销兵，梃可伤人，何销兵为？”居正曰：“人君布德修政，以结民心为本。天下之患，每出所防之外。秦亡于戍卒，故天时不如地利，地利不如人和。”上曰：“然，人定真能胜天也。”
二年春正月，大学士张居正请上引见廉能官，仿祖宗午朝之仪。从之。甲午，上御皇极门，引见朝觐清廉卓异浙江布政使谢鹏举等二十五人，特加奖励。各赐金币，并宴。张居正进《讲章疏》，略曰：“义理必时习而后能悦，学问必温故而知新。臣今将今岁所进讲章，重复删定《大学》一册，《虞书》一册，《通鉴》四册，进呈睿览。虽浅近之言，然亦行远登高之一助。”
四川西南都蛮平。初，隆庆时，都蛮作乱，张居正荐曾省吾往讨之。省吾有伟略。而四川总兵刘显以在闽事被弹，居正曰：“临敌易将，兵家所忌。倘蜀事不效，当并闽事逮治之。”于是显奋不顾身，受省吾方略，以平蛮自效。凡六阅月，诸寨悉平，俘蛮长三十六人，拓地四百里。
上御文华殿讲毕，问建文果出亡否？张居正曰：“国史不载。但故老相传，披缁云游，题诗于田州，有‘流落江湖四十秋’之句。”上太息，命录诗进。居正曰：“此亡国之事，不足观也。”请录《皇陵碑》及高皇《御制集》以上，见创业之艰，圣谟之盛。明日，辅臣进《皇陵碑》。上览毕，谓居正曰：“朕览碑，读之数过，不觉感伤欲泣。”居正曰：“祖宗当日艰难，盖以天心为心，故能创制显庸。皇上以圣祖之心为心，乃能永保洪业。”因述圣祖微时事及即位勤俭。上怆然曰：“朕敢不黾勉法祖，然尚赖先生辅导也。”
秋九月辛巳，刑部请录囚，慈圣太后欲停之。上问张居正，对曰：“春生秋杀，天道之常。皇帝即位以来，停刑者再矣。稂莠不除，反害嘉禾，凶恶不去，反害良民。”上为请，太后从之。
十二月壬子，张居正率大臣上御屏。屏绘天下疆域及职官姓名，用浮帖以便更换。上命设于文华殿后，时加省览。闰十二月丁亥，上御书“弼予一人，永保天命”，赐张居正。明日，居正侍，进谏曰：“帝王之学，当务其大。自尧、舜至唐、宋贤主，皆修德行政，治世安民，不以一艺。汉成帝知音律，能吹箫度曲；梁武帝、陈后主、隋炀帝、宋徽宗皆能文，善书画，无救于乱亡。则君德之大，岂沾沾一艺哉！”他日，上日讲毕，问居正：“元夕烟火鳌山，祖制乎？”曰：“非也。成化间，以奉母后，时多谏阻。今新政宜裁。”上曰：“然。”居正曰：“明年虽禫，继此当大婚，又皇弟潞王出阁，诸公主厘降，所费甚烦，宜预节省。”上曰：“朕极知民穷。”居正请减元日赐赉，上大然之。上又尝语辅臣曰：“昨日禁中花盛开，侍母后赏宴甚欢。”盖指慈宁也。居正奏曰：“仁圣太后处多时寂寞，惟皇上念之。”起还宫，白慈圣，即自驾往迎仁圣过大内，赏花传觞，欢宴而罢。
三年夏五月，大学士张居正上言：“近郡县入学大滥，宜敕学臣量加裁省。并敕吏部，凡所在督学臣，非方正勿遣。”辽东告警，上深以为忧。张居正对曰：“暑月非北骑狂逞之时，必无虑。”既而蓟辽总兵戚继光报称：“诸部解散无警。”居正因上疏论边事曰：“昨辽东抚臣张学颜报称：‘寇众二十余万谋犯辽东，前锋已抵大宁。’皇上面谕臣，臣已面奏，料其无事。今据总兵戚继光报称：‘寇久解散。’臣又使人于宣府密侦西人青把都动静，则把都在巢驻牧，未尝东行。辽东所报，皆属虚声。臣等因此，反切忧虑。夫兵家之要，必知彼已，审虚实，而后可以待敌取胜。今无端听一讹言，仓皇失措，则是彼己虚实茫然不知，其与‘风声鹤唳，草木皆兵’者何异。敌情狡诈，万一彼常以虚声恐我，使我惊惶疲于奔命，久之懈弛不备，然后卒然而至，措手不及。是在彼反得先声后实，多方以误之之策。而在我顾犯不知彼己，百战百败之道。他日边臣失事，必由于此。故臣等不以寇之不来为喜，而深以边臣不知敌情为虑也。兵部以居中调度为职，犹贵审察机宜，沈谋果断，乃能折冲樽俎，坐而制胜。今一闻奏报，便尔张皇，事已之后，又寂无语。徒使君父焦劳于上，以忧四方。岂仅以题覆公牍，谓已毕本兵之事耶！乞传谕兵部，诘以寇情虚实之由，使之知警。并请赈各边饥卒。”俱从之。
八月，张居正请增阁臣，许之。即日进吏部左侍郎张四维为礼部尚书，入东阁。故事，入阁者，止曰“同某人办事”。至是，上手注：“随元辅入阁办事。”四维恂恂若属吏矣。
十一月，张居正上《郊祀图考》，为书三册。首叙分合沿革之由，次具坛壝陈设，次列仪注乐章。大意遵高皇定制，岁一合祀，奉二祖并配。上褒答之。
四年春正月，御史刘台劾大学士张居正专擅威福，如逐大学士高拱，私赠成国公朱希忠王爵，引用张四维、张瀚为党，斥逐言官余懋学、傅应桢，罔上行私，横黩无厌。居正怒甚。见上辞政，曰：“臣之所处者，危地也。言者以为擅作威福，而臣之所行，正威福也。将巽顺以悦下耶？则负国。竭公以事上耶？无以逃端擅之讥。”伏地不肯起。上下御座，手掖之曰：“先生起，朕当责台以谢先生。”诏下台狱，杖之百，远戍之。时议藉藉，居正不自安，复具疏为解，免杖，夺职为民。然心终恨之，后竟置之死。
三月戊戌，上御文华殿，言及唐玄宗于勤政楼宴安禄山。上曰：“楼名勤政，而佚乐何也？”张四维曰：“玄宗开元之治有三代风，至天宝荒佚，乃致播迁。”居正曰：“无论往代，我世宗皇帝初年，西苑建无逸殿，省耕劝农。末年崇尚玄修，不复临幸，治平之业亦寝。故《大宝箴》云：‘民怀其始，未保其终。’”上嘉纳之。
五月辛酉，上视朝，张居正等请览奏章时，阅圣祖所亲批疏稿为法。上曰：“然。”居正因简内阁所藏圣祖手谕六十三道、御制四十四道、圣旨并帖共七十道上之。
秋七月丁酉，张居正上言：“致治之道，莫要于安民。安民之法，莫重于守令。守土牧民者，削下奉上以希声誉，奔走趋承以求荐，举征发期会以完簿书，苟且草率以逭罪责，其实心爱民者，未尝概见。明春外计考察，举错乃向背所系，惟以安静宜民为最。虚文矫饰，虽浮誉素隆，当列下考。”居正又请行考成法，有司以征解为殿最。于是奉行者，督责小民，不胜朴楚，相率为怨言，然赋以时起。居正上言：“近者仰赖皇上爱人节用，京、通储粟，足支八年，太仓银库，所积尚少。宜将明年漕粮量折十三，足国裕民，一举兼得。”上从之。时府库充溢，太仆寺亦积金四百余万。
冬十月丙子，进张居正左柱国太傅，仍加伯爵。敕曰：“先生亲受先朝顾命，辅朕冲年。今四海升平，实赖匡弼。精忠大勋，言不能殚。惟我祖宗列圣，佑尔子孙，与国咸休。钦哉！”居正固辞伯爵，许之。
山东抚按劾昌邑知县孙鸣凤贪贿。上怒甚，欲遣逮。张居正曰：“贪人固当尽治，但故事俱下台讯。”上曰：“然。鸣凤之婪，乃出进士乎？”居正曰：“此人惟恃进士，故尔恣肆。若乙科明经，尚有畏忌。今后用人，但问功能，不可拘资格。”上深然之。
十二月，上御文华殿，举袍示辅臣曰：“此何色也？”居正以为青。上曰：“紫也，久而色渝。”居正曰：“紫易渝。昔皇祖不尚袨服，御衣敝甚始易，享国长久，未必不由此。愿皇上以皇祖为法，节一衣，民间有数十人得其暖者；轻一衣，民间有数十人受其寒者，不可不念也。”时左右亦言民穷，至鬻妻子应上供。上深然之。
五年春正月庚午，上御文华殿。大学士张居正言：“殿之东堂，祀伏羲以下数圣君，皇上所当法也。法古圣，惟在省览章奏。日阅一二，讲明国事，则他年躬揽万机无难矣。”上嘉纳之。
五月戊申，谕修慈庆、慈宁南宫。张居正言：“两宫于万历二年落成，今壮丽如故，足以娱圣母。乃欲坏其已成，更加藻饰，非所急也。请辍工。”从之。
岭西罗旁平。罗旁据山海间，惊江急峡，岩壑险绝，诸瑶窟穴其中，前代不入版籍。国初，甫一定之。世宗朝，诸瑶转相寇掠，不可扑灭。督抚殷正茂既讨平惠、潮寇，上疏言罗旁当诛。廷议不能决。居正毅然言当诛，举兵部尚书凌云翼，请赐玺书，属之讨贼。云翼濒行，居正谓之曰：“虽鞭之长，不及马腹。即今两广诸瑶，虽所在都有，然乘间窃发，要当审所缓急耳。”云翼既至，部诸路兵号三十万，八道并进。克木衣山，破诸峒五百六十有四，俘斩四万二千有奇，拓地数百里，置郡县。捷闻，赐赉有差。先是，四方多草窃，有司秘不以闻。张居正特严其禁。匿盗者，虽循吏必黜。得盗即报决。有司凛凛，盗亦衰止。闰八月丁亥，上视朝。张居正因言：“近因阴雨，朝讲暂辍。恐中外不知，谓皇上勤学渐不如初。愿日慎一日，非有他事及风雨不得辍。”上深然之。
九月，上谕停刑，盖慈圣太后以大婚期近也。居正上言：“春生秋杀，天道所以运行；雨露霜雪，万物因之发育。明王奉若天道，刑赏予夺，皆奉天意以行事。若弃有德而不用，释有罪而不诛，则刑赏失中，惨舒异用矣。且臣近详阅所开诸犯，皆逆天悖理，其所戕害，含冤蓄愤。圣主明王不为一泄，彼以其怨恨冤苦之气郁而不散，或上蒸为妖沴氛祲之变，下或致凶荒疫疠之疾，则其为害又不止一人一家也。请俟明年吉典告成，然后概免一年。”从之。
己卯，张居正父丧讣至，上以手谕宣慰，视粥止哭，络绎道路，又与三宫赙赠甚厚，然亦无意留之。所善同年李幼孜等倡夺情之说，于是居正惑之，乃外乞守制，示意冯保，使勉留焉。
冬十月，居正再上疏乞终制，不允。乃请在官守制，不造朝，许之。居正既父丧夺情，吉服视事。编修吴中行、检讨赵用贤因星变陈言。刑部员外艾穆、主事沈思孝合疏言“居正忘亲贪位”，居正大怒。时大宗伯马自强曲为营解，居正跪而以一手捻须曰：“公饶我，公饶我！”掌院学士王锡爵径造丧次，为之解。居正曰：“圣怒不可测。”锡爵曰：“即圣怒，亦为公。”语未讫，居正屈膝于地，举手索刃作刎颈状曰：“尔杀我，尔杀我。”锡爵大惊，趋出。
十月二十二日，中行等四人同时受杖。中行、用贤即日驱出国门，人不敢候视。许文穆方以庶子充日讲，镌玉杯一，曰：“斑斑者何？卞生泪。英英者何？蔺生气。追追琢琢永成器。”以赠中行。镌犀杯一，曰：“文羊一角，其理沈黝。不惜剖心，宁辞碎首。黄流在中，为君子寿。”以赠用贤。穆、思孝复加镣锁，且禁狱。越三日，始佥解发戍，为更惨毒。时邹元标观政刑部，愤甚，视四人杖毕而疏上。越三日，受杖，谪戍贵州都匀卫。
罢吏部尚书张瀚。先是，瀚为南京工部尚书，廷推吏部，瀚名第三。以居正言，上越次用之。居正以为德，希瀚报。夺情议起，遂邀中旨，属瀚留居正。居正亦自牍，风之使留已。瀚若不喻其意者，谓：“政府奔丧，当以殊典恤之，宗伯事也，何关吏部？”居正乃令所善客说瀚。瀚不听，又不欲显居其名，乃偕三尚书密晤居正，动以微言。居正大不悦，于是有诏切责瀚，谓瀚奉谕不复，无人臣礼。是时，廷臣争惴栗，各倡保留之议。瀚拊膺太息曰：“三纲沦矣！”居正益怒，嗾台省劾之，以为昏耄，勒令致仕。
丙午，上戒谕群臣曰：“奸臣小人，藐朕冲年，忌惮元辅。乃借纲常之说，肆为诬论。欲使朕孤立于上，得以任意自恣。兹已薄处，如或党奸怀邪，必罪不宥。”时言夺情者得罪，都人士皆愤怒。作谤书悬长安门，谓居正且反。上闻之，故宣谕于朝，谤议稍息。己而召居正于平台，慰谕甚至，即日入直。初，居正丧次，凡阁中事，令吏赍奏就拟处分。手诏称元辅，称太师，称先生，皆尽古师臣之礼。
十一月癸丑朔，以星变考察群臣。始张居正自矫饰，虽或任情，而英敏善断，中外群誉之，居正亦自负不世出。迨刘台论居正得罪，志意渐恣。至是，益知天下不见与，思威权劫之矣。
令天下度田。国初，天下土田八百五十万顷。至后渐减，岁久滋伪。豪民有田不赋，贫民曲输为累。民穷逃亡，故额顿减。张居正请料田，凡庄田、民田、职田，荡地、牧地，皆就疆理无有隐。其挠法者，下诏切责之。
六年春正月，将举大婚，首辅张居正充纳采问名副使。给事中李涞疏言：“居正有服制，不宜与执事，乞改命。”上不允。以圣母谕谕居正，遂从吉。
三月甲寅，张居正乞归治葬，许之。辞朝，上召见于平台，劳谕之曰：“朕不能舍先生，恐重伤先生怀，是以忍而允所请。虽然，国事至重，朕将焉依！”居正奏言：“皇上大婚之后，宜撙节爱养，留心万机。”因伏地而哭。上亦为之哽咽堕泪，曰：“先生虽行，国事尚宜留心。”乃赐银印，曰“帝赉忠良”，令得密封言事。进辞两宫，各赐赆金，慰谕有加。
庚辰，辽东再奏大捷，上归功张居正，使使驰谕，俾定爵赏以闻。召趣还朝，居正以母老，俟秋上道。命锦衣归驰趣之。六月乙未，张居正还朝，上召见于文华西室。问沿途所见，稼穑何如？民生何如？边事何如？居正对甚悉。上大悦，赐休沐十日。
十二月，命纂《宗藩要例书》，颁示诸王。先是，世宗朝公族繁盛，国用困竭，以故颇知损抑。至是，居正等念诸藩裁削，非天子亲亲意，乃略举事例未当者十一条，请敕礼官集议，着为令。诸藩于是感激亲上，而厚薄亲疏有体矣。
七年二月，上患疹，慈圣太后命僧于戒坛设法度众。张居正上言：“戒坛奉皇祖之命，禁止至今。以当时僧众数万，恐生变败俗也。今岂宜又开此端？圣躬违豫，惟告谢郊庙社稷，斯名正言顺，神人胥悦，何必开戒坛而后为福哉！”事遂寝。
二月，河工成。先是，淮安有水患，河决入淮。淮势不敌，淮扬咸为巨浸，直逼泗洲，患近陵寝。上以问张居正，因上言：“故河道都御史潘季驯可使。”乃降玺书，即其家拜都御史，使持节治河。一切假以便宜久任，帑藏不问出入。诸奉行不及事者，下诏狱鞫治之。于是当事者日夜焦劳，盖踰年而堤成，转漕无患。
三月，上疹愈，征光禄寺十万金。张居正上言：“财赋有限，费用无穷。使积贮空虚，不幸有四方水旱之灾，疆场意外之变，可为寒心。此后望力加撙节，若再征金，臣等不敢奉诏矣。”时上渐备六宫，太仓所储，屡有宣进。居正上户部所进御览钱粮数目，请置之坐隅，时赐省览，量入为出。因言：“万历初年，所入四百三十五万有奇。六年，所入仅三百五十五万有奇，则已少八十余万矣。五年，岁出四百四十九万有奇，则已多四十余万矣。夫岁出则浮于前，岁入则损于前，此不可不留心也。《王制》量入为出，计三年之出，必有一年之余而后可。况财用止有此数，设法巧取，不能增多。惟加意撙节，则用自足。”上嘉纳之。
夏四月，上以内库缺钱，赏赉不足，命部铸大钱以进。张居正上言：“先朝铸钱呈式，非供上用也。万历二年，进钱一千万，其后岁半之，己非本意。若阙钱铸进，是以外府之储取供内府，大失旧制矣。”上从之，乃罢铸钱。
癸卯，张居正上《肃雝殿箴》，命书于御屏。
五月，封辽东总兵李成梁为宁远伯。张居正言：“成梁屡立战功，忠勇为一时冠，加以显秩，此鼓励将士之法也。”己而成梁使使馈以金，居正曰：“而主以百战得功勋，我受其金，是得罪高皇帝也。”却不受。
七月甲子，给事顾九思、王道成等以江南水灾，请罢浙、直织造内臣。上以示张居正，居正奏民重困，宜召还孙隆。上曰：“彼织币且完，当俟来春耳。”居正曰：“地方多一事，则有一事之扰；宽一分，则受一分之惠。灾地疲民，不堪催督，暂去之，俟稍稔可复也。”上从之。时给事中李涞请恤江南水灾，并言四事。上怒其讥讪。居正曰：“水灾请恤，亦言官之常。虽或触忤，恐伤圣度。”上意乃解。
冬十月，蓟辽总督梁梦龙报土蛮大举入寇。张居正奏言：“臣谕边臣，如敌骑入，勿轻战，坚壁清野。野无所掠，彼将自阻。请令梦龙驻永平，戚继光驻一片石。伺间邀击。”上善之。既而土蛮以四万骑犯前屯，梁梦龙、李成梁率兵御却之。
十二月，张居正服阕，召见于平台。
八年春正月己未，先是，永丰梁汝元聚徒讲学，吉水罗巽亦与之游。汝元扬言：“张居正专政，当入都颂言逐之。”居正微闻其语，授指有司捕治之。己，湖广、贵州界获妖人曾光，窜入汝元、巽姓名，云谋不轨。汝元、巽俱先死，湖广守臣具爰书下法司讯之，并曾光亦非真也，第据律论罪。
三月，大学士张居正具疏乞休。再上，上慰留恳切。最后，手书传慈圣口谕：“张先生受先帝付托，岂忍言去！俟辅尔至三十，却再审处，让后人非晚也。”居正因复就职。
甲子，赐进士张懋修等三百人及第、出身有差。懋修兄敬修，亦成进士，得礼部主事。俱居正子。
八月戊子，刑部侍郎刘一儒移书张居正曰：“窃闻论治功者贵精明，论治体者尚浑厚。自明公辅政，立省成之典，复久任之规，申考宪之条，严迟限之罚。大小臣工，鳃鳃奉职，治功既精明矣。愚所过虑者：政严则苛，法密则扰。今综覆既详，弊端剔尽。而督责复急，人情不堪，非所以培元气而养敦浑之体也。昔皋陶以宽简赞帝舜，姬公以惇大告成王，沦洽当代，矩矱后世，愿明公法之。”居正得书不怿。
十一月戊寅，上以夜宴，惑于内侍孙海客等，挞二内使几毙。慈圣太后闻之，切责上，令取《霍光传》入览。上悔悟，降孙海客等。明日，上谕阁臣：“朕在冲年，自多过愆，惟藉诸先生力谏，使朕为尧、舜之君。”张居正因奏：“诸内臣老成廉慎者存之，谄佞放恣者汰之。皇上亦宜痛改，戒宴饮以重起居，专精神以广继嗣，节赏赉以省浮费，却玩好以定心志，亲万机以明庶政，勤讲学以资治理，端趋向以肃士风，则圣德愈光矣。”上深嘉纳之。
十二月甲辰，张居正请属儒臣，以累朝《宝训》、《实录》，分四十余则：“曰创业艰难，曰励精图治，曰勤学，曰敬天，曰法祖，曰保民，曰谨祭祀，曰崇孝敬，曰端好尚，曰慎起居，曰戒游佚，曰正宫闱，曰教储贰，曰睦宗藩，曰亲贤臣，曰去好邪，曰纳谏，曰守法，曰敬戒，曰务实，曰正纪纲，曰审官，曰久任，曰重守令，曰驭近习，曰待外戚，曰重农，曰兴教化，曰明赏罚，曰信诏令，曰谨名分，曰却贡献，曰慎赏赉，曰甘节俭，曰慎刑狱，曰褒功德，曰屏异端，曰饬武备，曰御寇盗。”仍敕次第进呈，俟明年开讲。其诸司章奏切要者，即讲毕面裁。时上留意翰墨，居正以为笔札小技，非君德治道所系，故有是请。上嘉纳之。
九年春正月，大学士张居正请令翰林分番入直，应和文章。或令侍上清燕，质问经义，陈说治理，如唐、宋故事。夏四月辛亥，上御文华殿，张居正以给事中傅作舟疏进览云：“今江北淮、凤及江南苏、松连被灾伤，民多乏食，至以树皮充饥。或相聚为盗，大有可忧。”上曰：“淮、凤频年告灾，何也？”居正对曰：“此地从来多荒少熟，元末之乱，皆起于此，今当破格赈之。”上曰：“然。”居正极言：“今有司负职，如积谷一事，屡旨申饬，竟成虚文。”上作色曰：“有司忽民，宜重处之。”居正曰：“以后犯者当如圣谕。”又曰：“江南、北旱，河南风灾，畿内不雨，势将蠲赈。惟皇上量入为出，加意撙节。如宫费及服御，可减者减之，赏赉可裁者裁之。至若施舍缁黄，不如予吾赤子也。”上曰：“然。今宫费俱节，赏赉不溢。”居正曰：“皇上谓从旧，亦近例耳。如今年暂行，明年即为例，非祖制也。臣不敢远引，如皇祖用度最繁，然内帑尚有余积。隆庆初库贮尚有余万，今岁入百二十万，犹称乏。惟皇上省察。”上是之。
十一月，张居正一品考满，赐金币及酒果甚厚。手敕褒谕，有“精忠大勋，言不能尽，官不能酬”之语。加上柱国、太师，支伯爵俸。居正固辞，允之。
十年二月丁酉，大学士张居正上言：“安民之道，在察其疾苦。今尚有一事为民害者，带征税粮也。夫百姓财力有限，一岁之入，仅足供一岁。不幸岁歉，目前尚不能辨，岂复有余力更完累岁积逋乎！有司避责，往往将今年所征抵完旧逋。即今岁所欠，又为将来带征矣。况征输额绪繁多，年分淆杂，小民竭脂膏，胥吏饱溪壑。甚者，不肖有司因而渔猎。夫与其朘民以实奸贪之橐，孰若尽蠲以施旷荡之恩。乞谕户部，核万历七年以前积负，悉行蠲免。将见年正额，责令尽完。在百姓易办，在有司易征，是官民两利也。”上从之。诏下，中外大悦。
三月丁卯，张居正有疾，求私宅票拟。从之。
六月甲午，居正以疾再乞休，不允。上以细务委张四维，大事即居正家平章。以辽左大捷，斩速把孩功，进张居正太师。
甲辰，上遣司礼太监赉手敕谕张居正曰：“闻先生糜饮不进，朕心忧虑。国家大事，当一一为朕言之。”居正力疾疏谢，并上密奏，荐礼部尚书潘晟、吏部左侍郎余有丁。明日，上即命二人入阁。
丙午，大学士张居正卒。上震悼辍朝，遣司礼太监张诚监护丧事，赐赙甚厚。两宫太后及中宫，俱赐金币。赐祭十六坛，赠上柱国，谥文忠。居正性深沈机警，多智数。为史官时，尝潜求国家典故，及时务之切要者者剖晰之，遇人多所咨询。及揽大政，登首辅，慨然有任天下之志。劝上力行祖宗法度，上亦悉心听纳。十年来海内肃清。用李成梁、戚继光，委以北边，壤地千里，荒外警南。蛮累世负固者，次第遣将削平之。力筹富国，太仓粟可支十年，冏寺积金，至四百余万。成君德，抑近幸，严考成，核名实，清邮传，核地亩，一时治绩炳然。惜其褊衷多忌，刚愎自用。初入政府，即以私憾废辽王。久直信任，奸佞好谀成风。六曹之长，咸唯唯听命。至章疏不敢斥名，第称元辅。始誉以伊、周，渐进以五臣，且谀之舜、禹，居正亦恬然居之。而中允高启愚至以“舜亦以命禹”题试士，当时目为劝进。居正卒，余威尚在，言官奏事，尚称先太师。方夺情时，威权震主。上虽虚己以听，而内顾不堪。身死未几，遂遭削夺，并籍其家，子孙皆不保云。初，上在讲筵，读《论语》“色勃如也”，误读作“背”字。居正忽从旁厉声曰：“当作‘勃’字。”上悚然而惊，同列皆失色。上由此惮之。及居正卒后蒙祸，时比之霍氏之骖乘。
御史郭维贤疏荐吴中行等降调，然上意已渐移。御史杨寅秋劾王国光。罢之。发冯保南京闲住。吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝、王用汲、余懋学、朱鸿谟、赵应元、傅应祯、赵世卿、邹元标俱复官。会潞王昏礼，所需朱宝未备，太后间以为言。上曰：“办此不难，年来廷臣无耻，尽献张、冯二家耳。”太后曰：“已抄没矣，必可得。”上曰：“保黠猾，尽窃而逃。”自此内中“张先生”、“张太岳”称谓，绝以为讳。而籍没之举，亦胎于此。
十二年，上从辽府次妃王氏奏请，籍没张居正家，其产不及严嵩二十分之一。株连颇多，荆、川骚动。上曰：“辽府废革，既奉先帝宸断，又无应继之人，着推举亲枝，以本爵奉祀，仍准王归葬。原封抱养子述玺，准依亲居住，给兴庶粮二百石，本折中半支。王氏从厚，援徽府例赡养。张居正诬蔑亲藩，箝制言官，蔽塞朕聪。私占废辽地亩，假以丈量遮饰，骚动海内。专权乱政，罔上负恩，谋国不忠。本当斲棺戮尸，念效劳有年，姑免尽法。伊属张居易、张嗣修、张顺、张书，俱令烟瘴地面充军。”
谷应泰曰：
闻之《虞书》良弼，义取协恭；《秦誓》介臣，都无他技。盖下吏奉职，乃在才具，而端揆裁物，则在度量；卿贰奔奏，不越章程，而宰相坐论，必资道术也。矧承平之相，与创制异；冲人之相，与长君异。周公以惇大告成王，韩琦以才偏贬公着。凡以养蒙作圣，不专在于宣之综核，明之察察耳。世称张居正相业，誉者或许其干略，毁者仅恶其专恣。然予以皆非事实，真知居正者也。考居正大节，特倾危陗刻，忘生背死之徒耳。而其它缘饰以儒术，炫耀以智数，譬之杨子艾墙高基下，阳处父华而不实。求其论思密勿之地，表帅百寮之间，此实难矣。
方夫穆宗凭几，显帝冲龄，居正、拱、仪同受顾命，而内臣冯保窃丛于侧。斯时逐刁之议未行，吊让之谋潜固。卖交附珰，漏言市重。彼商鞅之因景监，相如之藉缪贤。揆之结主，固如是乎？卒之会极传宣，新郑被斥。而冯保以快已之怨者，即以酬次辅之恩。居正以去保之疾者，还以固纶扉之宠。鬻权夸毗，若互市然。及乎九龄远引，颐浩外徙，始乃宫府交通，更唱迭和。冯倚执政则言路无忧，张恃中涓即主恩罔替。以故扇殿清暑，铺毡御寒，居正所蒙，壹皆媚珰之力也。至于犯跸具狱，词连拱奴，谋发宰臣，风生内侍，苟非天变见于上，公议格于下，则上官黠诈，立碎奉车，易之飞文，赤诛魏氏。居正之包藏祸心，倾危同列，真狗彘不食其余矣。若夫父丧夺情，太阿不释，李幼孜倡之于外，冯保应之于内。而居正貌乞持服，心冀慰留，无鲁伯禽之东郊不启，蹈翟方进之脱衰视事。语云：“求忠于孝。”又云：“移孝作忠。”居正其无人心者乎？何相倍之戾也！矧乃三月归葬，六月还朝。宰我之意，惟在短丧；曹瞒之心，恐失兵柄。而且吴中行、赵用贤俱以星变陈言，艾穆、沈思孝、邹元标各以忘亲入告，乃复横被锁镣，咸加杖戍。又且论死刘台，瘦毙士期。锡爵以刎颈惊奔，张瀚以拊膺被斥。虽王巨君之芟除忤恨，梁将军之收拷太史，淫刑以逞，不是过也。又况懋修、敬修，非列巍科，则跻清秩。是岂向、歆之学冠于汉廷，抑亦京、绦之派相援宋室乎？盖至身死踰年，辽妃诉阙。而东园秘器，甫赐泉门；缇骑金吾，旋围府第。匪汉元亏师傅之恩，亦田蚡贻灭族之衅也。
乃论者以居正之为相也，进《四书经解》而圣学修明，进《皇陵碑》、《帝鉴图》而治具克举，请词林入直而清燕无荒，请宫费裁省而国用以裕，任曾省吾、刘显而都蛮悉平，用李成梁、戚继光而边陲坐拓，厥罪虽彰，功亦不泯焉然。予以居正救时似姚崇，褊礉则似赵普，专政似霍光，刚鸷则类安石。假令天假之年，长辔获骋，则吏道杂而多端，治术疵而不醇。斯岂贞观之房、杜，而元佑之司马乎？更可异者，自居正以钱谷为考成，而神宗中叶大启矿税。居正以名法为科条，而神宗末造丛脞万机。呜呼！手实之祸，萌自催科，申、商之后，流为清静，则犹居正之贻患也。
