十月初八日（壬寅），孫士毅奏言：委守備沈德清、千總莊大進帶同兵丁三十二名，將赴台兵丁棉衣、鞋、褲、帳房等項，分載兩船，運送廈門。九月初五日，在粵東澄海縣開行。九月十八日，接護南澳鎮副將鄭元好稟稱：『前赴閩省銅山沿海一帶巡查，至虎仔嶼收泊，沈德清等船隻亦收至虎仔嶼，告知：於十五日灣泊銅山營仔汛港，三更有賊船四隻，每隻數十人，前來行劫。千總莊大進船內裝載鞋、褲、帳房等項，被劫去一百餘簍，並失去隨帶兵器數件、千總戳記一個。因賊多兵少，兵丁三名被打落水，千總及各兵均各受傷。其守備沈德清船內裝載棉衣，未曾被劫』等因。臣查該護鎮鄭元好既在閩省銅山沿海一帶巡哨，何至一任盜賊充斥，毫無顧忌。其銅山營汛，是否該護鎮所轄，抑另有專管之員，應聽閩省查明參辦外，臣現於粵東境內各海口，一體委員上緊跴緝，嚴密查拏。奏入。
上命軍機大臣傳諭李侍堯、孫士毅、徐嗣曾曰：鞋、褲、帳房等項，俱係運送台灣軍裝物件，被劫至一百餘簍之多，看來竟係林爽文夥匪在洋面潛出邀劫，不可不嚴拏究辦。此案被劫係在閩省洋面，李侍堯自應飭屬一體嚴拏。但該督駐劄廈門辦理軍務、照料官兵配渡，事務繁多，無暇兼顧，徐嗣曾現在省城並無經辦要件，竟著責成該撫督率所屬實力查拏，務期按名弋獲，毋使漏網。徐嗣曾於台灣剿捕事務，初時尚知留心，隨時陳奏，後見賊匪肆擾日久，一時未能辦結，未免心存畏難，轉似置身局外，緘默不語，若與己無干者。徐嗣曾係本省巡撫，何得漠不相關若此？著傳旨嚴行申飭。
同日，保成奏言：黔省頭起官兵，距古州水次較近，是以咨會古州鎮總兵馬詔蛟，即將頭起官兵，會同貴東道尼堪富什渾先行點驗開行。總兵馬詔蛟親至丙妹照料。嗣臣趕赴古州，即將二起官兵查點開行，隨親督前抵丙妹。撫臣李慶棻於遵義、大定、平遠、黔西官兵過省，亦即親赴沿途督催。鉛彈等項，俱加倍帶往，以資備用。奏入，報聞。
初九日（癸卯），孫士毅奏言：黔兵赴閩，計程雖遠，而自貴州一帶至廣西梧州府，均係溪河急水順流而下，無需多日。其自梧州至廣東省城，水勢亦順，不致稽遲。唯自廣州至惠州老龍地方，逆水居多。自老龍過山之後，如過溪河水勢不致過淺，亦止數日可到潮州。查廣西柳州以上，提臣三德在彼督催。撫臣孫永清現駐梧州照料。其入粵東境後，撫臣圖薩布、提臣高■〈王〈艹佘〉〉，於廣惠兩處上緊催趲。其自老龍過山，清溪下船至潮，臣妥為料理；中間復派委文武大員，分段催查，務期加緊遄行，斷不令稍有遲滯。至粵西兵三千，分作六起，其頭起五百名，即日可到黃岡點送入閩。其餘五起，因營分較遠，於九月初十日以前，由梧州起程，約計月盡、月初，亦由黃岡全數出境。奏入，報聞。
十四日（戊申），恆瑞奏言：鹽水港附近民人，多有從賊。九月初四日，有賊匪二、三千猝至，經恆瑞督令岱森寶屢次堵禦。初五日早，又有賊萬餘前來滋擾，恆瑞督率富剋精額奮力剿殺。賊匪人數眾多，官兵不能抵禦，富剋精額被砲打傷陣亡。恆瑞欲進不能，即欲棄鹽水港退回常青處，亦不能達，現在續到兵五百名，唯有悉力固守鹽水港。奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、海蘭察、恆瑞、李侍堯、孫士毅、柴大紀曰：該處賊勢尚在猖獗，恆瑞兵力有限，未免進退掣肘，幸所帶之兵又續到五百名，可資接應。恆瑞此時，亦不必過於焦急，唯當在鹽水港悉力固守，以待福康安到。若賊匪眾多，勢難守禦，不妨竟棄鹽水港，同至常青處，再圖進取，亦是一策；但用兵之道，以攻擊為先著，堵禦為後著。今官兵所到，轉被賊人攻擾，我兵日以抵禦為事，是官兵祗辦接應，著著落後，而賊人轉得占先，客主之勢，豈不倒置？恆瑞此時，既不能帶兵前抵諸羅，又不能回至府城，亦斷無在彼株守之理。況恆瑞在彼，賊匪不時滋擾，仍須堵禦剿殺，不得休息。與其賊來始應，何若偵探附近賊匪何處單弱，有隙可乘，即帶兵直前攻剿，使賊人救應不暇，以成反客為主之勢，豈不甚善？恆瑞當察看光景，酌量妥辦，亦不必過於拘泥遵旨也。至福康安自九月二十四日在大擔門發摺後，迄今未據續有奏報。前於陛辭時，曾令到廈門後，察看情形，如台灣府城及諸羅設有疏虞，福康安應俟添調官兵到齊，再行放洋前進。計此時，福康安自早得有順風徑渡鹿仔港。現在鹽水港有賊滋擾，恆瑞勢不能支。儻此旨到日，福康安尚在守風待渡，竟當俟川、黔等省官兵到齊，再行開駕。若已得風配渡前抵鹿仔港，不妨稍為等候，俟川、黔、粵西官兵陸續到彼，再行統領進剿。或先赴鹽水港一帶剿殺賊匪，援應恆瑞；或經由鹿仔港直攻大里杙賊莊，使賊人回顧巢穴，前後牽綴，則鹽水港等處賊匪，自必紛紛解散，其圍不攻自解。福康安唯當審度機宜，不可畏難，亦不可冒險輕進，總以持重為要。至福建、廣東二省召募新兵，未經訓練，若即用以剿賊，難期得力；著傳諭李侍堯、孫士毅，如遇福康安續有添調之處，先將各營練習之兵，派令前往。其新募之兵，留於該省巡查防守，仍一面督飭將弁，上緊訓練，務期精熟可用，庶於戰守均為有益。又徐鼎士處，未據續有奏報。就目下情形而論，如賊匪盡往南路，大里杙賊莊祗係家屬老弱，則徐鼎士自應由大甲溪乘虛進搗賊巢，以分賊勢。若北路賊匪屯聚尚多，徐鼎士且勿輕進。福康安到鹿仔港後，距彼更近，自悉該處確信，其應如何籌辦之處，即當檄知徐鼎士遵照辦理。
上又命軍機大臣傳諭李侍堯、舒常、俞金鰲、何裕城、浦霖曰：前經降旨令浦霖於湖南挑選兵二千名，以備徵調，自已豫為挑備。今台灣剿捕逆匪尚未蕆事，現須添兵協剿，該省兵丁從前調赴金川軍營，於馳陟山險較為便捷，今調往台灣助剿，自更得力。著舒常、浦霖即將挑備兵二千名，派鎮筸鎮總兵尹德禧為總統，並著於副將內曾經身歷行陣者，酌派一、二員，隨同帶兵前往；亦照運米路徑，由江西一路迅速赴閩，聽候福康安調用。所有軍裝、火藥等項，俱著妥協備帶，勿致稍有缺乏。至湖南鳳凰廳地方，前因苗匪滋事，甫經該鎮尹德禧搜捕淨盡，該處係苗疆緊要，必須大員在彼駐劄以資彈壓。著俞金鰲即行前往該處駐劄，兼理總兵印務。並著何裕城於兵丁抵境時，妥為料理趲程前進。
十五日（己酉），上命軍機大臣傳諭福康安、常青、海蘭察、恆瑞、李侍堯曰：福康安統兵進剿，所帶官兵，多係派調勁旅。其閩省本地兵丁，屢經挫失，自不能如川、黔兵丁之得力。但現在台灣統兵大員內，如蔡攀龍等，即籍隸閩省，其餘偏裨千把籍隸本省者，諒復不少。福康安仍當加以策勉鼓勵，俾伊等各思振奮勉圖出力，不可因現帶巴圖魯侍衛章京等皆驍勇絕倫，所調各兵俱係生力可恃，遂置閩省官兵於不齒，致阻伊等效用之心。況現在各省調往兵力雖多，於該處路徑情形未能熟悉，必須本省官兵為之向導。福康安務須隨時留意，於閩省將弁兵丁中，視其出力者，鼓勵數人，以作其氣，而收其用，不可稍存岐視也。再前據常青等奏，官兵與賊打仗，屢因遇雨路窄，不能擺列隊伍，但我兵因路窄難行，不能整隊，豈賊人獨能悉眾全來，坦行無阻？且我兵因雨水泥濘，難以前進，何以賊眾獨不避雨水泥濘，時出滋擾，殊不可解？福康安到彼，詳悉查明該處實在情形，悉心籌畫，務出萬全。
臣等謹按，閩省兵丁，當屢經挫失之後，其氣已餒。我皇上特簡巴圖魯侍衛章京等，及調集川、黔勁旅，皆驍勇絕倫，可期迅速集事；尚垂念閩省弁兵執殳隨行，不肯稍存岐視，以阻其效用之心。特命於將弁兵丁內，視有出力者，錄用數人，以作其氣，俾得人人自效，踴躍爭先。斯真天地之量，而為鼓勵人才之極則歟！
十六日（庚戌），福康安奏言：臣此次由鹿仔港進剿，必須南北兩路併力攻圍，使賊匪處處防備，疲於奔命；賊勢既分，軍威壯盛，不難一鼓殲擒。現已繕就咨文，俟放洋時，差人乘坐哨船，知會常青、恆瑞、柴大紀、蔡攀龍等。約計臣到鹿仔港之時，各路大舉進攻，鹿仔港大兵即可乘機迅發，直抵諸羅，將沿途賊匪痛加剿殺。一面撫諭附近被脅民人，令其各保村莊，殺賊自效；不必零星派撥，逐處留兵，道路自無虞梗阻。中路既通，聲勢益加聯絡，然後整兵進逼大里杙，約會淡水官兵由烏日莊夾攻。另派巴圖魯侍衛數員，帶兵在牛馬、快官等莊，杜其奔竄之路。巢穴既傾，南路賊勢益孤，殲擒更易為力。臣遙揣情形，似應如此辦理；到彼後，如有應行布置之處，再當相機妥辦。
同日，李侍堯奏言：閩省駐防滿兵，除恆瑞帶領一千赴台郡外，尚有一千五百餘名。省城地方亦屬緊要，若分撥八百名來駐廈門，亦足資彈壓。隨飛移副都統鄂岳，令其如數調派，並明諭各兵，以將軍赴台灣，恐將來或需派撥，是以先調至廈門豫備。至廈後，仍飭隨時操演，不稍露端倪，亦已足壯聲勢。至將軍福康安既赴鹿仔港，將來解送要犯，或由蚶江入口，該處附近泉州有陸路提標兵，自足彈壓，可毋庸分撥滿兵駐劄。
其漳州一帶地方，尤當靜鎮，是以臣諸事只照常辦理，不露形跡。再，密飭平和縣查訪林爽文祖墳，據稟：『林姓各支，多者千餘丁，少也數百丁。現在進士林屏南稱：康熙年間，有林恪者隻身渡台營生，後即家於大里杙。乾隆四十年，屏南之堂姪林任觀往台販易，寓大墩林訪家，曾有大里杙人林爽，年約二十以內，常來閒遊，詢係林恪之孫。現在造逆之林爽文，或即是此人。但事隔多年，彼此不通信息，是否的係此人，不能知其確實』等語。查漳、泉風土，往往人名有兩字者，只呼一字，以便稱謂。今林任觀所遇之林爽，既居大里杙，當即係現在之逆匪林爽文，則伊祖林恪以上墳墓，即應刨掘。但據林任觀所供，林恪之孫與現在逆匪是一、是二，尚未有的據；該姓支族甚多，方且各懷畏懼，未便因疑似之間，遽行辦理，恐遂致驚疑不安；容再行密訪，務得確切根據辦理。均奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、海蘭察、恆瑞、柴大紀、蔡攀龍、李侍堯曰：福康安所奏籌辦剿捕事宜，與朕節次所降諭旨，雖有大同小異，然已俱得要領。現在添調川省屯練兵，不過七、八日即可前抵廈門，若福康安在大擔門守風尚須數日放洋，則此項兵丁當已陸續到彼，福康安即可帶領一同渡洋。即福康安已得順風先行開駕，而屯練兵隨後配渡，計其前抵鹿仔港，亦不過於福康安到後一、二日即可到齊。其貴州、廣西兵，亦當接續全到。且福康安前此原請添調四川、湖南、貴州兵各二千；今湖北之兵，雖因路遠未經調發，但朕已豫為籌及，派調廣西兵三千，現又添派湖南兵二千。而川、黔之兵，於福康安未經奏調之先，亦俱預為調派，此時俱可絡繹前抵該處，正資進剿，何慮不所向剋捷耶！唯恆瑞在鹽水港有被賊滋擾之信，該參贊前日奏到之摺，係由廣東轉遞，福康安未經啟閱，自尚未得信，已降旨詳諭一切。就此時情形而論，自先以援救諸羅為要。福康安到鹿仔港後，等候川、黔、廣西兵齊到，即直抵諸羅。柴大紀、蔡攀龍在彼日久，於該處情形自為熟悉，福康安當與之悉心籌畫。至台灣府城，現有常青在彼，看來雖未能進取，而自守尚屬有餘。即使府城守禦難支，或竟有疏虞之事，亦不難再為收復。福康安不必因身當重寄，不能為郡城保全，即為有負任使，心懷疑慮，以致顧此瞻彼，轉不能併力一處，決機製勝。朕亦不怪福康安之不救也。所帶巴圖魯侍衛章京等，皆係久經行陣，於行軍機要皆能熟悉，統兵進剿時，其旁路、後路或有賊匪潛出滋擾，伊等自能隨時察看，豫行防範，不致墮賊狡計。至林爽文祖墳，未得確據，自未便因疑似之間概行刨挖，轉致林姓支族聞信驚疑，應俟查有確切根據，再行辦理。即使一時未能查出，亦無甚關係，不妨稍從緩辦。
同日，何裕城奏言：四川屯練降番兵二千三十一名，先於九月二十六日全抵江西九江府境；嗣接奉諭旨，飭令加緊兼程行走，又飛飭各地方官並添派文武大員，分布各站，節節趲催。而該官兵等亦各踴躍爭先，由南康、南昌、饒州、廣信等府，行抵河口鎮。經藩司李承鄴率同府、縣等在彼經理，分起過鉛山縣之分水嶺，至初八日全抵閩省之崇安縣迅速前進。奏入，報聞。
十七日（辛亥），孫士毅奏言：前因諸羅急需應援，即一面知會粵西兵起程來潮，一面於粵東再湊調一千名，實屬失當。至粵西兵三千，於十月初四日全數照料入閩，黔兵二千，計日應抵粵東境內。奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、李侍堯、孫士毅、徐嗣曾曰：今台灣剿捕賊匪尚未能剋期竣事，正需兵力；則孫士毅豫行派撥以聽調遣，殊為得用，甚資其力，何必引以為罪耶！此時，屯練二千已抵該處，粵西兵三千亦已早抵廈門，合之鄭國卿候風待渡之兵，又有八千生力雄兵，加以鹿仔港原有之漳州兵二千、廣東兵三千，以及義民、番社，而以巴圖魯侍衛章京等，分領進剿，何向不剋！但恐將來大功垂成，賊匪勢窮力絀之時，此輩狡獪性成，斷不肯束手待斃，或思由海道搶船避竄。笨港、鹽水港、鹿仔草一帶，俱曾被賊匪焚搶，此等處均係通海口岸；將來賊匪避竄時，其大里杙巢穴留存家屬甚多，賊人顧戀家室，自必思搶船隻，同載逃逸。若逃在洋面，則大海廣闊，蹤跡匪易，豈有福康安亦駕船追捕之理？福康安等務須豫行留心。今兵力既多，如沿海口岸，一經將賊殺散，即揀派水陸弁兵嚴行看守，並留一、二大員往來稽察，勿被賊人搶佔。若有商販船隻，亦當全行調開，勿令近岸。其運載軍需兵米等項船隻，於到後即令原船仍回內地。使賊人無船可奪，絕其逃竄入海之路，方為妥善。再漳、泉各屬，向藉台灣運米接濟，今台灣被賊滋擾，雖米石不能源源運送，但該撫現稱內運無多，則是台灣地方小民尚能耕種，有米運至內地。且昨據福康安奏，常青在府城與賊打仗情形，其信息即係得之船戶，可見該處商販雖少，尚有船隻往來。其台灣產米，是否常有運送內地者？為數約計若干？現在台灣南北兩路，何處尚照常耕種？並著福康安、李侍堯於便中訪查，據實具奏。
十九日（癸丑），上命軍機大臣傳諭福康安、李侍堯曰：台灣地方奸民糾眾械鬥之事非止一次，皆由該處多係漳、泉二郡及廣東民人在彼居住，而漳、泉兩郡民人素有嫌隙，及與廣東民人彼此不睦。其里居田土互相錯處，往往分爭搆釁械鬥滋事，而地方官並不實力查辦，惟思將就完案，以致奸民無所儆畏，因而釀成事體。此次林爽文等倡亂不法、劫縣戕官，亦即因糾眾倡會而起。今福康安等統領大兵，鼓勇進剿，自可剋期蕆事。惟該處刁民，惡習相沿已久，若將來撤兵之後，未免故智復萌，辦理匪易。現經此番大加懲創，不可不悉心籌辦，妥為經理，以期一勞永逸。因思廣東、漳、泉三處民人互相搆釁，若能令其彼此分處，各不相涉，自屬其善。但伊等在彼居處多年，各有田產，安土重遷，一時概令離析，勢有所難。將來賊匪蕩平後，福康安應酌量情形，設法妥辦。如義民內居住山豬毛廣東莊者，久經官給「懷忠里」、「效忠里」匾額，該處義民最為奮勇急公，自應令其照舊安居，各守本業。此外各處義民，實在隨同官兵打仗殺賊者，既經奮勉出力，豈可轉令遷徙，失其世業。若賊匪莊業例應入官，當召募別處良善之民居處。至各近處村莊民人，雖無從逆實跡，而與賊匪同住一莊、心持兩端者，究不可信。或趁此兵威，將該處村莊民人酌為遷徙。其籍貫分隸廣東、漳、泉者，令其各為一莊，俾相離較遠，以杜爭端。至台灣府城，為五方離處之區，自難逐一清釐，轉滋煩擾。況鎮、道大員俱駐府城，原可隨時彈壓，無虞滋事，則不必辦及。至台灣南北各處村莊，多被賊焚燬，民人俱遭戕害，並賊人頭目及被賊脅從之眾所遺田土房產，既未便仍撥給漳、泉之民，令其徒享利益，且恐遊手無籍之徒，從而聚處，又致滋事，自應將其田產查明入官，另行分撥。因念該處熟番向化日久，此次逆匪滋事，熟番並無從賊者，且淡水等處現在召募番勇甚多，莫若將此項入官田產，如四川屯練之例，即給與熟番耕種，按則陞科，令其安居管業，自為守護，既可以示綏戢，又可招撫生番，豈不一舉兩得。再諸羅、彰化等處，地方遼闊，亦須酌量添設兵丁，以資防禦。該處止設知縣一員，恐職分較小，不能彈壓，或應酌添丞倅將弁在該處駐劄，更為有益。福康安等歸入善後事宜酌辦，不必過於拘泥。將來應行籌辦之事甚多，若令李侍堯渡洋前往辦理，恐內地乏人，而常青於此等要務未經諳練，恐亦不能籌辦裕如，福康安既遠涉重洋，於該處整頓地方、戢暴安良一切善後之事，正應乘此大兵得勝之後妥為區畫，不必急於回京。至海蘭察及巴圖魯侍衛章京等，事竣後自應令其先回；不妨酌留數人，以資臂指。其閩、浙駐防滿兵，亦應令其各回本處。惟屯練黔兵，既經遠調到彼，將來辦理善後事宜，或有應須兵力鎮撫之處，亦不妨暫留該處，於諸事辦完後，應撤回時，再行撤回也。
二十日（甲寅），徐嗣曾奏言：四川屯練降番二千名調赴來閩，二起兵五百名，於初四日入境，其頭起兵巳於今日到省。先准督臣咨會調撥駐防滿兵，駐劄廈門備調，經酌派八百名分起前往。臣與副都統臣鄂岳商同料理，趁川兵未到之時，先令滿兵兩起於初八、初十日起身。此時川兵已到，應先儘該屯練等逐起過竣後，再遣後起滿兵前進。臣親赴沿途照料彈壓。火藥、鉛彈均已備貯泉廈兩處。經臣酌定川兵由蚶江配渡赴鹿仔港，已飭總辦局司道於泉州存貯軍火內，就近按照撥給，以資帶往。至廣西兵三千名，據報三、四起已抵廈門，貴州兵二千名，計已可抵粵境，俟各兵到時，即可迅速配渡。奏入，報聞。
二十一日（乙卯），孫永清、三德同奏言：黔省官兵二千名，分四起行走，頭起官兵於九月二十一日入粵西之梅寨界，第二、三、四起，俱間日前來。自梅寨至蒼梧出境，共水程一千八百餘里，每多灘淺難行之處，先期飭令各地方官多備人夫，在灘伺候，兵船一到，立即拉送，毋詐片刻停留。並飭沿途督護各員弁，加緊嚴催，俾各起接續行走。茲於十月初三日至初六日，四起兵船，已全數出境入廣東封川縣界，交明廣東道、府員弁押護前進。其流領各兵之總兵許世亨並各將弁，均能約速兵丁，安靜守法，並無生事滋擾之處。奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、李侍堯曰：現在川、黔、廣西等省兵丁，即日陸續前抵鹿仔港，伊等遠涉數省，行走奮勉、安靜，自應酌加獎賞，以示鼓勵。此內屯練兵丁，屢經調派，素為得力，但此次甫經新到，尚未與賊打仗、獨著勞績，既未便先加恩賞，轉使他省調撥之兵，不無觖望。且台灣節次所調粵東、浙江及閩省滿漢官兵甚多，久經在彼防守堵剿，其中傷亡、病故及疲弱不能得力者，一時亦難分晰查明、普行給賞；自應核其功過，分別賞罰，用示勸懲。著福康安到彼後，於打仗時，務須隨時留心查察。至新舊派調各兵，有打仗出力者，亦有怯懦不前者。福康安於進剿時，應將各該省中奮勉驍健之兵，臨時查明，酌加賞賚。庶出力者倍加感奮，而懦怯者亦知所激勵、爭先劾用，於剿捕機宜，方可收臂指之效。
二十三日（丁巳），李侍堯奏言：九月以來，海風連作，台灣久無文報。本月初九日，始接同知吳元琪九月初六日來稟。內稱：『初一日柴大紀有信至府城稱，蔡攀龍等援兵，惟蔡攀龍、孫全謀帶兵七、八百名及運送糧餉之義民三千名到諸羅。其貴林、楊起麟、杭富，俱在正音莊陣亡。賊在諸羅城十數里外周圍邀截，使道路不通，米糧不入。現在米價甚貴，且無買處。又聞近縣各莊田禾正熟，賊與莊民分收，運歸斗六門。官兵常出城截用，似尚可支持。恆瑞在鹽水港連日打仗，常青又添派梁朝桂、謝廷選帶兵一千，前往應援』等語。是諸羅仍未解圍，而鹽水港又多賊匪滋擾。梁朝桂等到彼，雖可增助兵力，萬一賊益鴟張，鹽水港水口截斷，則恆瑞等進退兩難，或有疏失，益不成事體。是以臣飛札常青速派水師鳥鎗兵數百名，駕船數十號往鹽水港。倘賊由水路來擾，即行截殺，務當保往水口，兼可作萬一退步之用。臣因風帆不順，特令廈防廳選募舵工水手，將此信冒險折戧前往，但未知是否必能迅速送到。至粵西兵三千，現已到齊登舟，緣東風甚大，不能放洋。福康安等亦尚在大擔候風。川省屯練，本月初二日頭起兵亦已入閩境。此項兵係從江西取道府城而來，應即從蚶江配渡。其船隻亦已豫備妥當，俟將到時，臣即前往蚶江料理。貴州兵，聞已在途，想亦迅速可到。福康安等一得順風，自當即行開駕。
同日，普吉保奏言：臣帶領官兵於九月初六日由大突溪前往笨港，分路剿捕，留遊擊葉有光帶兵八百名，防守糧道後路。十三日行抵麥子寮，有賊眾數千苛派良民銀、米，民苦不能應。賊剋期次日燒莊，百姓驚惶無措。適官兵踵至，賊眾奔逸，百姓懽聲動地。是日，劄營該處，仍一面分兵偵探追逐。十五日，劄營元長莊，離笨港八里。密探賊匪均屯集笨港及前途一帶村莊。至夜，賊匪暗放火號，繼以砲聲；並聞諸羅一帶，砲聲徹夜不絕。臣當飭將弁嚴為戒備。四鼓，將兵分作三隊，臣帶領司馬元勳由中路直衝賊巢，遊擊海亮由西路夾攻，護副將琢靈阿為之接應，參將張朝龍帶領守備宋國興、署守備沈勇云從東路橫衝。賊眾蜂擁迎敵。臣督率官兵奮勇攻殺，鎗砲並施，打死賊匪數百人。生擒賊夥楊意、蘇媽、張固三名，審明正法。獲器械三十餘件、鞭炮二門，米谷、薯幹約計百餘石，當分散出力各官兵、鄉勇。焚燒坂頭厝等莊七處，火煙起後，諸羅砲聲亦遂不聞。查遊擊海亮奮力督兵，復用鎗砲打斃逃散賊匪數人。正在收軍，據報有賊匪數百人乘大路前進，由崙仔頂一路來犯大營。經署同知黃嘉訓督率鄉勇，會同遊擊夏承熙，帶領官兵奮勇堵禦，殺賊十餘人，當將崙仔頂賊莊燒燬，賊眾退散。查笨港地方分南北二港，離諸羅二十餘里，離鹽水港三十里，離海口三十里。自五月失陷後，北港竟成片土，南港一帶搭蓋草寮，約計二百餘間，悉係賊巢，賊匪得以肆行無忌。今頓遭焚殺，賊眾未必不為喪膽，若經乘勢直追至諸羅，似覺便捷。第恐賊匪詭計多端，一俟我兵前進，在後繞襲，阻隔糧路，貽害非輕，故仍劄住元長莊，並可覘賊匪動靜。臣一面親督官兵焚燒一帶賊莊，痛加剿殺，廓清後路；一面密遣妥人移咨參贊臣恆瑞、柴大紀，定期三路會合，併力夾攻。奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、李侍堯、恆瑞、柴大紀、普吉保曰：笨港離諸羅二十餘里，離鹽水港亦止三十里。該處經普吉保帶共收復，與諸羅密邇，聲息相聞，是諸羅縣城儘可無慮。而鹽水港亦距笨港甚近，恆瑞處有續到之閩兵一千五百名，又經常青派令梁朝桂等帶兵一千名前往援應，則鹽水港一路軍勢亦已大振。至常青處，既能分兵援應鹽水港，看來府城自必防守裕如。計福康安此時，諒已順風前抵鹿仔港，其四川、廣西兵，自已與福康安先後放洋。福康安統領多兵及巴圖魯侍衛章京等前往督剿，又經笨港收復之後，軍聲倍振，惟當督率將弁相機進剿。再該處民人被賊匪勒索銀米、焚燒住莊，不堪其苦，一聞官兵到彼，喜獲更生，可見賊匪經過地方，其附從民人本非甘心從賊，特因賊匪逼迫，無奈聽從。即如麥仔寮地方，幸官兵前往該處，民人得所倚仗，否則必致被賊脅從。是前此業經從賊民人，其中為賊所迫勉強附從者，自復不少，福康安此時尤應將安分良民，妥為撫慰安戢。即已經從賊者，亦應設法招徠、分別辦理，不可因已從賊，概予殲除，轉致阻其自新之路，堅其助逆之心，此為最要。其貴林所遺溫州鎮總兵員缺，著福康安於帶兵勇往之副將中如徐鼎士、謝廷選，並此外奮勇出力者，保舉一員，奏明陞補。又遊擊海亮、署同知黃嘉訓，督率兵民鼓勇殺賊，均屬奮勉，亦著福康安查明，酌量陞用，以示獎勵。再，朕恭閱雍正年間實錄，舊例：閩、粵民人往台灣耕種者，所有妻眷一概不許攜帶，止許隻身居住台灣，而全家仍住本籍。嗣經高其倬疏請，將在台灣墾田耕種及有房屋民人，准期搬眷居住，經九卿議駁。自因台灣係海洋重地，是以不令內地民人挈眷前往。今台灣民人俱有家屬，與前定之例不符。其准令攜帶眷屬，起於何時？著福康安、李侍堯查明具奏。即如現在林爽文等糾眾滋事，設其家屬俱在內地，賊首等自必有所牽顧，何致敢於肆逆若此！是台灣民人禁止搬眷居住，未必非杜漸防微之一法。將來事定後，應如何趁此兵威酌定章程，妥協辦理，抑或從來已久，有所不能之處，並著李侍堯歸入善後事宜，一併妥議。
上又諭內閣曰：貴林、楊起麟同都司杭富，因剿捕賊匪，臨陣捐軀，殊屬可憫！貴林著照總兵例議卹；楊起麟前在鹽水港一帶堵禦防守，尤為出力，著加等照副將之例議卹；其都司杭富，亦著照例議卹，以示憫卹。
上又諭內閣曰：台灣逆匪林爽文等糾眾不法、肆行滋擾、搶佔村莊，實為罪大惡極。今普吉保督率將弁兵丁，由大突溪一路偵探賊蹤，奮勇殺賊，燒燬賊寮，生擒賊夥，奪獲器械、銀、米甚多，收復笨港，實為出力可嘉！普吉保著交部議敘，出力兵弁，著福康安查明，咨部一體議賞。
