五月十一日（丁丑），上命軍機大臣傳諭常青、李侍堯、藍元枚曰：昨據李侍堯奏，黃仕簡、任承恩業經委員起解。伊二人既經送回內地，而藍元枚未抵臺灣，所有水師、陸路兩提督印務，是否遵照前旨分交柴大紀、普吉保二人署理，何以前此常青摺內未經奏明？又閱常青初到臺灣奏到情形摺內，稱任承恩雖未能向前，但北路避賊人民俱在鹿仔港，若遽行撤動，恐賊人乘虛竊發，請暫留任承恩帶罪督兵等語。常青既因鹿仔港緊要，欲留任承恩在彼，嗣因接奉諭旨，即將任承恩解任，送回內地，是該處止有普吉保一人，勢力單薄；何以常青於送回任承恩時，並未將如何傳旨將伊解任，是否需人協助之處，籌畫奏及？且閱李侍堯摺內，稱接據普吉保咨稱，但能於打仗出力，至調度籌畫實非所長，是普吉保亦自知限於才力，不能獨當一面等語。又似常青令彼暫署任承恩之任矣。朕早經慮及該鎮到任未久，於地方情形未能熟悉，且不通閩省語音，遇有調遣官兵及曉諭鄉勇義民等事，恐多未便。是以諭令藍元枚不必在漳浦留滯，速即前赴鹿仔港。今藍元枚尚未奏報放洋日期，而該處止有普吉保一人，鹿仔港距大里杙賊巢最近，恐賊匪聞而生心，乘虛竊發，深為廑念。已節次降旨令藍元枚星速前赴鹿仔港，以資守御。昨又念及藍元枚所統領之浙省兵丁，素性脆弱，殊不足恃，特諭藍元枚到鹿仔港時，止須合同柴大紀、普吉保整頓兵力，遙為聲援，牽綴賊勢，總俟常青到彼，定期夾攻。藍元枚務須凜遵前旨，迅赴鹿仔港，審察遲速緩急機宜，養精蓄銳，以期併力會剿。再常青前奏賊匪佔踞斗六門，我兵南北兩路信息梗阻，此事最關緊要；藍元枚尤應會同柴大紀、普吉保先將斗六門、大武隴等佔踞之賊匪，盡力殲除，以通南北大路，庶常青統兵前進全無阻隔，可成破竹之勢。再常青前次奏到之摺，有彰化、諸羅、鳳山等縣被搶掠一空，聞官兵將至即捨城而去，官兵既已入城，即以克復城池咨報。並聞彰化城中仍有賊人來往，何得謂之克復等語。所奏自屬實在情形，鳳山一縣得而復失，業將郝壯猷治罪，而彰化、諸羅，前柴大紀、陳邦光等，亦俱稱率領兵民奮勇殺退賊匪、克復城池，亦不免有冒功謊報情事矣。但現在該二縣究竟有無賊匪往來佔踞？況從前陳邦光恢復彰化後，自必領兵在彼駐剳，茲常青查奏，該處尚有賊匪往來，是陳邦光恢復後又捨此何往？斷無與賊同在一城，互相坐視之理。該鎮、將等從前有無藉事鋪張捏飾之處，常青何以尚未據覆奏？若此時該鎮、將等，皆知過奮勇效力，又當以功贖罪。總在常青善為駕馭，鼓勵用之而已。再副將徐鼎士前經常青等派令帶兵剿賊，而該副將復以艋舺民人懇求留駐，尚在未行。曾諭常青嚴查，該副將有無托詞規避之處，亦未據查明具奏，著常青一併詳查，不可稍存姑息之見。

十二日（戊寅），上命軍機大臣傳諭常青、李侍堯、藍元枚、普吉保曰：常青初抵台灣，存城兵數無多，賊匪分路攻犯府城，常青親率官兵、鄉勇迎捕截殺，斬獲甚多，賊匪敗退。續調官兵未到以前，尚能如此連得勝仗，現在大兵雲集，軍威壯盛，常青統領廓清後路，無難將竄聚賊黨，盡數殲除。是此時南路情形，盡可無慮。惟北路鹿仔港一帶，前據常青奏稱避賊難民俱在該處，恐賊人乘虛竊發，欲留任承恩在彼帶罪督兵。今既將任承恩遵旨送回內地，則該處止有柴大紀、普吉保二人，恐兵勢單薄，難以支持；且兵民人等見提督解任送回內地，未免心生疑懼。而鹿仔港距大里杙賊巢最近，深慮賊匪聞而生心，乘間竊發，著傳諭藍元枚速赴鹿仔港，會同柴大紀、普吉保整頓兵力，遙為聲援，牽綴賊勢。藍元枚未到以前，北路係專交柴大紀、普吉保二人在彼辦理，柴大紀、普吉保皆系總兵大員，雖調度籌畫非其所長，而臨陣打仗情形，亦應隨時奏報，何二人近來無一摺奏耶？況前據常青奏，柴大紀駐劄諸羅，屢有勝仗。賊匪既至諸羅滋擾，柴大紀與之打仗；普吉保駐剳鹿仔港，與大里杙賊巢尤近，自亦必有賊匪來擾，斷無互相坐視之理，何以俱未據該鎮等奏及？著再傳諭柴大紀、普吉保將現在北路堵剿及賊匪曾否在鹿仔港滋擾，暨官兵有無剿殺打仗情形，各行迅速據實奏聞。

十六日（壬午），常青奏言：四月十九日將郝壯猷押赴軍前正法，在軍將弁無不儆懼。並飛剳柴大紀、普吉保令其戴罪圖功，奮勉出力，以郝壯猷為前鑒。至鳳山退歸之兵，其初止存四百餘名，現奉恩旨貸其一死，盡皆感戴輸誠，願效死力。其餘尚有未回官兵，是否陣亡抑係潰散躲避，容即逐一確查辦理。從此，軍令益明，士氣倍奮；現在南北賊匪稍知歛跡。但察看各路鎮將遇賊侵犯，尚能殺獲取勝，而俱未能掃穴擒渠，固由從前彼此觀望，亦由道路未通，勢分力薄。茲福州將軍恆瑞、提督藍元枚親身領兵，前來臺灣會合進剿，俱各授為參贊大臣，正可與之悉心籌畫。惟立定主見，不以零星打仗，致稽時日。惟俟粵省兵四千名及駐防滿兵一千名，不日到齊後，即親自統領，厚集聲勢，嚴整紀律，一鼓作氣，從南路以至中路、北路，務期乘勝長驅，克期蕆事。再查遊擊鄭嵩，在鳳山殺賊陣亡；此外，尚有遊擊延山，在南門山埔御敵，被賊圍害；原任同知王雋，在鳳山之石佛頭地方，罵賊被害，理合附奏。至總兵普吉保，自調赴北路後，在八卦山打仗尚知出力。柴大紀保守諸羅，屢據該鎮稟報賊眾來攻，該鎮親督將弁，帶領兵丁、義民將賊殺退。臣覆查無異，是柴大紀、普吉保，尚無畏葸情事。副將徐鼎士前抵淡水，經任承恩調赴鹿仔港，以艋舺民人懇留未行。查淡水地方遼廓，亦有賊匪嘯聚，現無文武大員在彼，則該處民人請留彈壓，尚係實情；臣到臺灣後，節經札查。茲於四月十九日，副將徐鼎士、遊擊吳秀等稟報，三月初二、二十一等日，在淡水屬之三貂、金包裏等處，與遊擊易連、護參將羅禮璋等，帶領官兵、義民剿殺賊匪，俱各得有勝仗等情。自是由淡水至臺灣府城南路梗塞，所以稟報稽遲。但淡水距府既遠，所報打仗殺賊，尚須確查；如有捏飾，定按軍法懲治。再調赴臺灣之粵兵四千名，總兵陸廷柱所帶之二千五百名，已到。派往鹿仔港之一千五百名，檄令全赴鹿耳門，現已陸續改赴，已到一千三百餘名。其二百餘名，以及總兵梁朝桂，俱計日可到。臣現於舊存及散回各兵內，挑其壯健可用者，間入新兵，令勇往之將弁各帶領數百名，於附近府城賊匪往來之處，先行逐一搜捕，除俟添調內地官兵到後，立即起程進剿。

同日，柴大紀奏言：自本年正月二十二日克復諸羅，賊匪四散竄匿，當將城內安撫，隨剳營北門外田洋，就附近村莊遍處搜捕。至二月初八日，有奸匪張慎徽假充義民，先將與逆首林爽文不和之偽先鋒吳聰擒交武舉黃奠邦解獻，以為憑信，是日帶匪夥三十八名前來，求在軍前效力，希圖內應。臣見其形跡可疑，令張慎徽一人進見，餘人俱在營外。詢其言語枝梧，隨密飭將備將匪夥盡行擒獲。臣將張慎徽擒拿研訊，據供實系謀為內應，隨將該犯等盡押教場梟首示眾。當差把總李春魁帶兵並縣役林秀等，往該犯家中拿獲該犯之母吳氏、妻董氏、子張振傳、女隨娘並幼子一口；搜出林爽文約單一紙，內開「速撥勇夥一千名，候齊攻取諸羅」字樣。隨將該犯家屬人等，發交署諸羅縣收禁。又十二日探得賊匪聚集二千餘人，離諸羅縣城二十里之大坪頂，隨飭遊擊楊起麟、林光玉、守備陳明德、邱能成帶兵八百名，又武舉陳宗器、黃奠邦帶領義民，臣帶兵二百名隨後接應，於十二夜五更起行，黎明齊赴大坪頂圍拿。殺斃賊匪多名，生擒蔡慶、翁月等七名；又義民縣役獲賊黃專等，共十七名。除蔡慶一名傷重，旋即身死；其翁月等十六名，審明隨賊打仗、燒莊，即行正法。又二十五夜、二十六日，賊匪蔡福約會南路賊匪陳靈光，兩路夾攻諸羅。蔡福賊眾先來攻北門營盤，臣督率官兵、義民，奮勇力戰，自亥至卯，賊被槍砲打死者數百，殺獲首級三十餘顆，生獲賊匪張淡等二十三名，搶獲行營砲一門，百子砲二門，餘匪遠逃。正在追趕間，適南路賊匪陳靈光等數千人，來攻東南門營盤，隨即將兵收回，與遊擊李隆、林光玉合兵一處，協力剿殺。自未至酉，賊匪被槍砲打死者百餘人，餘匪四散奔逃；生獲賊匪林洗、謝蒲、許進三名。因近黑夜，不敢遠追。其許進被槍傷重，解至軍營身斃，梟首。是日，兩處獲賊張淡、林洗等共二十五名，其張淡、林洗、黃潤、胡炎、張力、吳道、王沈、周春、楊輔、王玉、周文、謝蒲等十二犯，解送提臣究辦。其黃光興、陳洪、盧力、盧罕、李圭、林硯、陳光弼等七犯，因受傷重，越日身死，僇屍。又三月初二日，探賊目李阿七並南路賊目陳靈光等，率眾數千人，聚集牛稠山北勢莊。臣酌留遊擊林光玉仍守營盤，督率遊擊楊起麟、李隆、守備邱能成等，帶領兵丁、義民，前往剿拿，槍砲打死賊匪數百名，殺死者亦多。內殺死騎馬賊一名，搜出偽輔國帥印一顆，餘匪四散奔逃。生獲賊匪張炎等十七犯，審明正法。其偽印暫存另解。再三月初八日，南路鳳山縣復被賊陷，逆首林爽文復肆鴟張，於三月二十九日，糾眾數萬，分路復攻諸羅。臣飛飭駐剳東門外遊擊林光玉、駐剳南門外遊擊李隆，實力防御；又派署把總蔡開祥、孫朝亮帶領槍砲兵丁，赴西門外要路截拿；臣親督遊擊楊起麟、守備陳明德、楊彲、邱能成等，仍在北門外田洋堵御。賊眾將近營盤，臣率將弁兵丁向前抵御，連放大砲轟擊，自卯至未，打死賊匪甚多，賊眾奔逃。隨率將備、兵丁、義民乘勢追過兩條溪，至火燒莊地方，因日暮收軍。奪獲百子砲一門、火藥一桶、布帳房一架，斬獲賊首八十六顆；生獲賊匪蔡瑞等一十名，又諸羅縣役生獲賊匪蕭光明一名，俱審明正法。再四月初四日，逆匪林爽文等糾眾數萬，分作三路來攻，東、北、西三門營盤。臣督率將弁兵丁齊放槍砲，自卯至午，打裂大砲二門。賊匪雖被槍砲打死數百名，尚冒死前來，臣親率楊起麟、邱能成，飭將大砲往前上緊連轟，官兵並各義民及壯番一齊奮勇沖殺，賊始敗退。追至白石莊，賊被槍砲打死者數百，賊匪奔逃。又南門外草店尾賊匪數千來攻，即收兵帶赴南門，督率官兵、義民向前力戰，打死賊匪百餘名，賊匪逃遁。追至火燒莊，因天晚收軍。番民阿里稍被傷，吧咆陣亡。奪獲砲一門、器械等項，斬獲賊首三十餘顆。生獲賊匪陳全、陳立、呂憲等三名，審明正法。再安平右營兵丁陳恩成，私往雲霄厝強取民人張陳氏衣服，拿解研訊屬實，隨將衣服追出，給還張陳氏領去，即將該兵丁正法示眾。並將管束不嚴之署把總黃春陽，捆責示儆。又四月初十日卯刻，賊匪萬餘人，分作三路來攻東、西、北三路營盤。臣督令各營官兵、義民抵敵，自卯至未，我兵連放大砲數十門，打死賊匪數百名，賊尚恃眾不退。臣率遊擊楊起麟、守備邱能成等並武舉陳宗器、黃奠邦、監生徐宜玉、貢生楊振魁、武生王得祿等，各義民壯番一齊向前力殺，連放大砲，打死騎白馬賊一名、騎紅馬賊一名，餘賊被砲打死甚多，賊眾向北飛逃。臣分兵三路直前進殺，殺死賊匪數十名，追至牛稠山後，賊匪四散逃竄。將賊匪所搭草寮，盡行焚燒。因營盤空虛，未便遠追，隨即收軍。查鎮標外委劉欽、兵丁程忠、吳森三名，遇賊懼怯，不放槍砲即行逃回，以致賊沖入隊，兵丁鄭得洪、林義、傅起龍、張應選、李日全等五名，被賊殺死。當經遊擊楊起麟、把總陳洪猷等，奮力殺賊，隊伍得以不亂。似此臨陣退縮之弁兵，若不速正典刑，無以儆戒將來，隨將劉欽、程忠、吳森等三名，在軍前正法，將首級遍遊各營示眾。奪獲大、小旗十五桿、鉛子一簍、帳房二架、牛皮牌、竹牌、半斬刀等項，斬獲賊首五十八顆。生獲賊匪蕭全、劉科、郭元、林清元等四名，審明正法。十二日寅刻，賊眾萬餘復來攻西、北二處營盤，先放槍砲。臣督令將備官兵義民與賊對放槍砲，自寅至午，賊被大砲打死百餘名，我兵奮勇前進，又打死騎馬賊二名。內一名身邊搜出偽單一紙，寫股頭陳葛名字。賊隨退怯。臣督率將弁、官兵、義民，向前追殺，至火燒莊地方，賊匪四散飛奔。又據報南邊賊匪數千來攻南門。臣見北路賊眾逃去已遠，隨將兵收回，趕赴南門，督令奮勇力戰，齊放槍砲，賊被大砲轟死甚多。督飭遊擊李隆等帶領兵丁、義民，前往追趕至八獎溪邊，賊匪遁遠，日暮收軍。奪獲馬蹄砲一門、鉛子一包、牛皮牌、竹牌、長槍等項，斬獲賊首四十八顆。生獲賊匪陳諧、洪乾、郭苞、劉淺、李俊、黃魯、呂送、李報，又縣役拿獲簡宗一名，共九名，審明正法。伏思諸羅地居臺灣之中，為南北要區，逆匪林爽文復糾南路賊目陳靈光等，日來侵犯，雖經臣疊次殺敗，乃匪徒尚多。諸羅陸續收到潰回兵丁五百餘名，俱無器械，惟就地設法制辦長槍配用。臣所帶之兵，共止一千九百餘名，若統帶北剿，誠恐縣城難守；如酌留守城，則臣之兵亦覺單薄，難以剿捕。現已呈請督臣常青撥兵來守諸羅縣城，隨即督兵長驅直前，會合總兵普吉保並剿賊巢，擒獲渠惡，以期迅速蕆事。又臺灣額兵並外委額外共一萬二千一百六十八名。內北路協中左右上淡水等四營額兵共三千零二十二名，當逆匪滋擾之時，該四營兵丁自守不敷。南路營、下淡水營兩營額兵共一千五百一十四名，北路既被賊擾，南路亟宜防備，惟有飭該兩營嚴加守御，所有兵丁，難以抽調。鎮標中左右三營額兵，共二千五百四十五名，內先經調撥鎮標中營遊擊耿世文等帶兵三百名，赴彰化查緝；續又撥鎮標左營遊擊李中楊、千總蘇明耀、魏大鵬等共帶兵六百名，往諸羅接濟；又臣帶本標兵三百名，在鹽埕橋堵御外，尚有兵一千三百四十五名。臣前奏調度水陸官兵四面守御，俱系離城稍遠之各總要處所剳營，而城內地方遼闊，亦不得不再加防範。城守兩軍額兵共九百三十二名，內派撥左右兩軍守備帶兵五百名，駐剳小東門外舊萬壽亭，尚有兵四百三十二名，不敷分守，東、西、南、北，大小八門。且府城周圍所安木柵，原屬稀疏，每根俱離數寸，處處可以偷鑽。當與臺灣道永福相商，飭署中營遊擊守備王天植，會同左右營將弁，將鎮標三管所存兵丁一千三百四十五名，除管理火藥軍裝外，俱令添防各城門，並於城內挨靠木柵節節安兵，晝夜嚴守。台協水師三營額兵共二千二百九十七名，內遊擊楊起麟、林光玉共帶兵七百名，跟隨臣在鹽埕橋營盤，又遊擊鄭嵩帶兵一百名，在郡城巡查彈壓外，尚有兵一千四百九十七名，分防鹿耳門並北路鹿仔港、南路打狗、東港等處；各洋面口岸，均關緊要。澎湖協兩營額兵共一千八百五十八名，內調遊擊蔡攀龍帶兵七百名，來臺灣駐紮南門外桶盤棧，餘兵仍守澎湖。上年十二月，臣在鹽埕橋御賊，實僅有兵一千餘名，此實在情形也。當時急忙，未將臺灣原設兵額一萬餘名，奏明現作何用，實屬糊塗，咎無可辭。茲蒙總督臣常青轉飭，理合明白具奏。均奏入。

上命軍機大臣傳諭常青、李侍堯、藍元枚、柴大紀曰：柴大紀駐守諸羅，在大里杙賊巢之南；普吉保駐守鹿仔港，在大里杙賊巢之北。若柴大紀一俟添兵到彼，即率領進剿，直搗賊巢，設賊匪一面負嵎死守，一面分佈黨羽，從山僻小路繞出官兵之後，復滋擾諸羅，則柴大紀前後受敵，退無所歸，兵心未免惶惑，於事大有關係，不可不慮。前經有旨諭令藍元枚一到鹿仔港，祗須會同柴大紀、普吉保，整頓兵力，作為進攻大里杙，以牽綴賊勢，無庸念於進兵，想常青亦見及此矣。此時，柴大紀即有常青續撥官兵來到諸羅，仍應固守該處；或會同普吉保先將南北通衢斗六門、大武隴等處之佔踞賊匪，剿除廓清。總俟常青統領大兵到時，合力直搗賊巢，無難一舉集事；不可冒昧輕進，置諸羅於不顧。行軍之道，有欲速而反遲，似緩而轉急者，該鎮不可不審度機宜，權衡悉當也。現在，審訊賊夥林家齊，有：賊首林爽文事勢窮蹙，欲逃往內山；生番不愛銀兩、只愛花紅布疋之語。雖系賊匪混供，不足憑信，但賊匪將來勢窮力極，明知一經官兵擒獲，萬無生理，或竄入內山勾結生番，希圖苟延殘喘，亦事理所有，不可不預行籌辦。生番伏處內山，性同禽獸，未必通曉理義，但利害或知所趨避。常青即可先趁此時，懸立賞格，令其縛獻首夥各犯，即給以花紅布疋，生番貪圖貨利，自必踴躍樂從。並廣行出示，開誠曉諭該生番，以賊匪數千人竄入爾境，必將佔踞爾之地界、侵奪爾之牲畜，日久受其擾累；若能擒獲獻出，既可得受恩賞花紅布疋，又可免賊人侵害。如此，令明白通事愷切宣諭，生番自為生計，貪圖利便，自不致容留藏匿。常青仍應揀派奮勇能事將領，帶兵於通內地各要隘處所，嚴密防堵，將來進兵時四路截拿，更可一鼓殲擒，搜捕淨盡，不留餘孽。至鳳山潰回兵丁，常青處前後有一千一百餘名；柴大紀處，又稱有潰回兵五百餘名，想來，自系在鳳山敗逃之數。如果該兵丁等，逃後仍敢去而從賊，查獲自當即行駢誅；今竟尚知大義，不敢從賊，仍自行投到，隨同官兵打仗出力，尚有一線可原，自可貸以一死，令其戴罪圖功。至副將徐鼎士，所稟被百姓留於艋舺剿捕賊匪之處，是否確實，統俟事竣之後查明；如有捏飾，再行參處；尚可從緩，非此時之急務也。再柴大紀摺內，稱所獲賊匪張淡等犯，解送提督黃仕簡究辦，黃仕簡曾否審訊明確，作何辦理，並著常青查明，據實覆奏。

上又諭內閣曰：柴大紀駐守諸羅，兩月有餘，賊匪屢次滋擾，連得勝仗，斬獲甚多；並能識破內應奸匪，擒拿正法，柴大紀前此保衛郡城，及此次駐守諸羅堵御賊匪，始終奮勉出力，朕心深為嘉獎！並將私往村莊強取民人衣物之兵丁陳恩成，審明正法，衣物給還原主，所辦尤為得當。柴大紀著交部議敘，並賞大小荷包。仍賞常青、恆瑞奶餅各一匣；藍元枚、柴大紀、普吉保奶餅共一匣，著各查明打仗出力將備官員，分散賞給，俾得均霑恩賚，以示鼓勵。至常青所奏，遊擊鄭嵩、延山，在鳳山殺賊陣亡；又委解兵餉之原任同知王雋一員，罵賊被害，俱屬可憫！鄭嵩、延山、王雋，均著交部照例賜卹。又柴大紀連次打仗，所有陣亡受傷弁兵，俱著該部查明照例賞卹。至鄉勇、義民隨同官兵晝夜防範，奮勇殺賊，實屬可嘉！其陣亡受傷者俱著遵奉前旨，照兵丁之例，加倍卹賞，以示鼓勵。又番民吧咆被賊砲打死，阿里稍被砲受傷，較之鄉勇、義民更當優賞，著常青分別妥為賞卹。其隨同柴大紀打仗出力之武舉陳宗器、黃奠邦，亦著常青酌量獎賞具奏。